Кристаллографический информационный файл - Crystallographic Information File

Формат CIF
Расширение имени файла
.cif
Тип интернет-СМИ
химический / x-cif
Тип форматаформат химического файла
Расширен сСамоопределение текстового архива и поиска
Расширен доммCIF
Интернет сайтhttp://www.iucr.org/resources/cif

Кристаллографический информационный файл (CIF) - это стандартный формат текстового файла для представления кристаллографический информация, обнародованная Международный союз кристаллографии (IUCr). CIF был разработан Рабочей группой IUCr по кристаллографической информации в рамках усилий, спонсируемых Комиссией IUCr по кристаллографическим данным и Комиссией IUCr по журналам. Формат файла был первоначально опубликован Холлом, Алленом и Брауном.[1] и с тех пор была пересмотрена, последняя версия - 1.1.[2] Полные спецификации формата доступны на сайте IUCr. Многие компьютерные программы для молекулярного просмотра совместимы с этим форматом, в том числе Jmol.

формат mmCIF
Расширение имени файла
.cif
Тип интернет-СМИ
химический / x-mmcif
Тип форматаформат химического файла
Расширен сКристаллографический информационный файл
Интернет сайтhttp://mmcif.wwpdb.org/pdbx-mmcif-home-page.html

Тесно связан ммCIF, макромолекулярный CIF,[3] который задуман как альтернатива Формат банка данных белка (PDB). Теперь это формат по умолчанию, используемый Банк данных белков.[4] Также тесно связан Кристаллографическая информационная структура, более широкая система протоколов обмена, основанная на словарях данных и реляционных правилах, выражаемых в различных машиночитаемых проявлениях, включая, помимо прочего, файл кристаллографической информации и XML.

Рекомендации

  1. ^ Холл SR, Аллен FH, Brown ID (1991). «Файл кристаллографической информации (CIF): новый стандартный архивный файл для кристаллографии». Acta Crystallographica Раздел A Основы кристаллографии. 47 (6): 655–685. Дои:10.1107 / S010876739101067X.
  2. ^ Brown ID, McMahon B (2002). «CIF: компьютерный язык кристаллографии». Acta Crystallographica Раздел B Структурные науки. 58 (Pt 3 Pt 1): 317–24. Дои:10.1107 / s0108768102003464. PMID  12037350.
  3. ^ Борн, ЧП; Берман, HM; МакМэхон, B; Watenpaugh, KD; Вестбрук, JD; Фитцджеральд П.М. (1997). "Файл макромолекулярной кристаллографической информации". Методы в энзимологии. 277: 571–90. Дои:10.1016 / с0076-6879 (97) 77032-0. PMID  18488325.
  4. ^ Адамс, PD; Афонин П.В. Баскаран, К; Берман, HM; Беррисфорд, Дж; Bricogne, G; Браун, Д.Г.; Берли, СК; Чен, М; Feng, Z; Фленсбург, К; Гутманас, А; Hoch, JC; Икегава, Y; Kengaku, Y; Krissinel, E; Курису, G; Лян, Y; Либшнер, Д; Мак, Л; Markley, JL; Мориарти, Северо-Запад; Муршудов, Г.Н.; Благородный, M; Peisach, E; Персикова, Я; Пун, Б.К .; Соболев, О.В. Ульрих, EL; Веланкар, S; Vonrhein, C; Вестбрук, Дж; Войдыр, М; Йокочи, М. Янг, JY (1 апреля 2019 г.). «Объявление об обязательной отправке файлов формата PDBx / mmCIF для кристаллографических осаждений в Банк данных белков (PDB)». Acta Crystallographica Раздел D. 75 (Pt 4): 451–454. Дои:10.1107 / S2059798319004522. ЧВК  6465986. PMID  30988261.

внешняя ссылка