Jmol - Jmol

Для юридической процедуры см. решение по закону.
Jmol
Логотип J (S) mol 2013.svg
Jmol визуализация трехмерной структуры стрептавидина
Jmol трехмерная структура рендеринга стрептавидин
Разработчики)Команда разработчиков jmol
изначальный выпуск2001; 19 лет назад (2001)
Стабильный выпуск14.6.4 (15 октября 2016 г.; 4 года назад (2016-10-15)) [±]
Предварительный выпуск14.5.0 (7 ноября 2015 г.; 5 лет назад (2015-11-07)) [±]
РепозиторийSourceforge.сеть/ проекты/ мкмоль
Написано вЯва
Операционная системаКроссплатформенность
ПлатформаСистемы с Ява и Веб-браузеры без Java
Доступно в16 языков
Список языков
Каталонский, китайский, чешский, датский, голландский, английский, французский, немецкий, венгерский, индонезийский, итальянский, корейский, португальский, испанский, турецкий, украинский[1]
ТипМолекулярное моделирование
ЛицензияLGPL 2.0
Интернет сайтwww.jmol.org

Jmol компьютер программного обеспечения для молекулярное моделирование химические структуры в 3-х мерный.[2] Jmol возвращает трехмерное представление молекула который можно использовать как обучающий инструмент,[3] или для исследования, например, в химия и биохимия Написано на языке программирования. Ява, поэтому он может работать в операционных системах Windows, macOS, Linux, и Unix, если установлена ​​Java. это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом выпущен под Стандартная общественная лицензия ограниченного применения GNU (LGPL) версии 2.0. Автономное приложение и комплект для разработки программного обеспечения (SDK), который можно интегрировать в другие приложения Java, такие как Биоклипс и Таверна.

Популярной функцией является апплет, который можно интегрировать в веб-страницы для отображения молекул различными способами. Например, молекулы могут отображаться как клюшечные модели, модели, заполняющие пространство, ленточные диаграммы, так далее.[4]Jmol поддерживает широкий спектр форматы файлов химических веществ, в том числе Банк данных белков (PDB), Кристаллографический информационный файл (cif), MDL Molfile (моль) и Язык химической разметки (CML). Также есть JavaScript -только (HTML5 ) версия, JSmol, который можно использовать на компьютерах без Java.[5]

Апплет Jmol, среди других возможностей, предлагает альтернативу Перезвон плагин[3] который больше не находится в активной разработке. Хотя Jmol имеет множество функций, которых не хватает Chime, он не претендует на воспроизведение всех функций Chime, в первую очередь, Лепить Режим. Перезвон требует плагин установка и Internet Explorer 6.0 или Firefox 2.0 на Майкрософт Виндоус, или Коммуникатор Netscape 4.8 на Mac OS 9. Jmol требует Ява установка и работает на самых разных платформах. Например, Jmol полностью работает в Mozilla Firefox, Internet Explorer, Опера, Гугл Хром, и Сафари.

Скриншоты

  • Кристаллическая структура РНП H / ACA-бокса из Pyrococcus furiosus.

  • Выделение двух солевых мостиков в тетрамере гемоглобина (гемогруппа в виде палочек внизу справа).

  • Фрагмент фактора транскрипции TFIIIA, образующий три последовательных мотива «цинковые пальцы», связанный с участком ДНК.

  • Эубактериальная рибосома 70S из Термус термофильный.

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Jmol переводы
  2. ^ Чен, Джим X. (2008), Springer (редактор), Руководство по графическим программным средствам, п. 471, ISBN  978-1-84800-900-4
  3. ^ а б Herráez, A (2006), "Биомолекулы в компьютере: Jmol на помощь", Биохимия и молекулярная биология образование, 34 (4): 7, Дои:10.1002 / bmb.2006.494034042644, PMID  21638687, S2CID  36319720
  4. ^ Herráez, A (2007), Лулу (ред.), Как использовать Jmol для изучения и представления молекулярных структур, том 1, п. 21, ISBN  978-1-84799-259-8
  5. ^ «ЖСмол». Архивировано из оригинал на 2018-01-01. Получено 2015-11-02.

внешние ссылки