UCSF Химера - UCSF Chimera

UCSF Химера
	Главное окно химеры (ФСГ и рецептор, 1xwd) и окно последовательности (выравнивание рецепторов ФСГ разных видов).
Разработчики)	Ресурс для биокомпьютеров, визуализации и информатики (RBVI), UCSF
Стабильный выпуск	1.14 / 12 ноября 2019; Год назад
Операционная система	Майкрософт Виндоус, OS X, Linux
Тип	Молекулярное моделирование
Лицензия	Бесплатно для некоммерческого использования
Интернет сайт	www.rbvi.ucsf.edu/химера/

UCSF Химера (или просто Химера) - расширяемая программа для интерактивная визуализация и анализ молекулярных структур и связанных данных, включая карты плотности, супрамолекулярные сборки, выравнивание последовательностей, результаты стыковки, траектории и конформационные ансамбли.^[1] Можно создавать высококачественные изображения и видеоролики. Chimera включает полную документацию и может быть загружена бесплатно для некоммерческого использования.

Химера разрабатывается Ресурсом по биокомпьютингам, визуализации и информатике (RBVI) в Калифорнийский университет в Сан-Франциско. Разработка частично поддерживается Национальные институты здоровья (Грант NIGMS P41-GM103311). Программа следующего поколения - UCSF ChimeraX.^[2]

Общий структурный анализ

автоматическая идентификация атома
добавление водорода и распределение частичного заряда
высокого качества водородная связь, обнаружение контактов и столкновений
измерения: расстояния, углы, площадь поверхности, объем
расчет центроидов, осей, плоскостей и соответствующие измерения
библиотеки ротамеров аминокислот, белок Рамачандран сюжет, белок карта контактов
построение конструкции и вращение связей
молекулярная динамика воспроизведение траектории (много форматов), графики расстояний и углов
морфинг между конформациями белка или даже разными белками
отображение атрибутов (B-фактор, гидрофобность и др.) с помощью цветов, радиусов, «черви»
легкое создание настраиваемых атрибутов с помощью простых входных текстовых файлов
Инструмент ViewDock для интерактивного просмотра результатов стыковки
богатый набор команд, мощный синтаксис спецификации
читается много форматов, пишется PDB и Mol2
Интернет и загрузка из Банк данных белков, CATH или же SCOP (домены), EDS (карты плотности), EMDB (карты плотности), ModBase (сравнительные модели), CASTp (измерения карманов белков), Pub3D (структуры малых молекул), VIPERdb (капсиды икосаэдрических вирусов), UniProt (белковые последовательности с аннотациями признаков), другие
взаимодействует с PDB2PQR назначение заряда / радиуса, APBS электростатические расчеты, AutoDock Vina однолиганд стыковка

Презентационные изображения и фильмы

изображения с высоким разрешением
визуальные эффекты, включая указание глубины, интерактивные тени, края силуэтов, разноцветный фон
стандартные молекулярные представления (палочки, сферы, ленты, молекулярные поверхности)
планки для спиралей и прядей; нуклеотидные объекты, включая леденцы на палочке и ступеньки лестницы
эллипсоидов, чтобы показать анизотропные B-факторы
немолекулярные геометрические объекты
визуализации карт плотности и других объемных данных (см. ниже)
маркировка текстом, символами, стрелками, цветными клавишами
разные конструкции можно обрезать по-разному и под любым углом
дополнительная трассировка лучей со встроенным Пов-луч
экспорт сцены в X3D и другие форматы
простой графический интерфейс для интерактивного создания фильмов
сцены могут быть размещены как ключевые кадры на временной шкале анимации
в качестве альтернативы контент и запись фильма могут быть написаны по сценарию; богатый набор связанных команд
запись видеороликов интегрирована с морфингом и воспроизведением траектории MD

Инструменты объемных данных

многие форматы карт объемных данных (электронная плотность, электростатический потенциал и др.) читаются, несколько записываются
интерактивная регулировка порога, несколько изоповерхностей (сетка или сплошная), прозрачные визуализации
подгонка атомных координат к картам и карт к картам
карты плотности могут быть созданы из атомных координат
маркеры можно размещать на картах и соединять плавными дорожками
отображение отдельных плоскостей данных или нескольких ортогональных плоскостей
воспроизведение и преобразование временных рядов объемных данных
множество инструментов для сегментации и редактирования карт
Гауссово сглаживание, преобразование Фурье, другая фильтрация и нормализация
измерения: площадь поверхности, замкнутый объем поверхности, симметрия карты, другие

Инструменты структуры последовательности

много выравнивание последовательностей форматы читаются, пишутся
выравнивания последовательностей могут быть созданы, отредактированы
последовательности автоматически связываются со структурами
перекрестные помехи структуры последовательности: выделение одного подчеркивает другое
белок ВЗРЫВ поиск через веб-сервис
множественное выравнивание последовательностей через Clustal Omega и МЫШЦЫ Веб-сервисы
взаимодействует с МОДЕЛЛЕР для моделирования гомологии и построения петель
наложение структур с или без выравнивания ранее существовавших последовательностей
генерация структурных выравниваний последовательностей из множественных суперпозиций
несколько методов расчета консервации и отображения значений на связанных структурах
Заголовок RMSD (гистограмма над последовательностями), показывающий пространственную изменчивость связанных структур
определяемые пользователем заголовки, включая гистограммы и цветные символы
UniProt и CDD аннотации к объектам показаны в виде цветных рамок на последовательностях
деревья в формате Newick читаются / отображаются

Смотрите также

внешняя ссылка

[1] Петтерсен, EF; Годдард, Т. Д.; Huang, CC; Диван GS; Гринблатт, DM; Meng, EC; Феррин Т.Э. (2004). «UCSF Chimera - система визуализации для поисковых исследований и анализа». J Comput Chem. 25 (13): 1605–12. Дои:10.1002 / jcc.20084. PMID 15264254. S2CID 8747218.

[2] Годдард, Т. Д .; Huang, C.C .; Meng, E.C .; Петтерсен, Э. Ф .; Couch, G. S .; Morris, J. H .; Феррин, Т. Э. (2017). «Химеракс UCSF: решение современных задач в области визуализации и анализа». Белковая наука. 27 (1): 14–25. Дои:10.1002 / pro.3235. ЧВК 5734306. PMID 28710774.

[1]

[2]