NAMD - NAMD
Разработчики) | Университет штата Иллинойс в Урбане-Шампейн: Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB), Лаборатория параллельного программирования (PPL) |
---|---|
изначальный выпуск | 1995 |
Стабильный выпуск | 2.14 / 5 августа 2020 г. |
Репозиторий | |
Написано в | C ++ |
Операционная система | Кроссплатформенность: Windows, Linux, macOS, Unix |
Платформа | x86, x86-64 |
Доступно в | английский |
Тип | Молекулярная динамика симуляция |
Лицензия | Проприетарный, бесплатное ПО для некоммерческого использования |
Интернет сайт | www |
Наноразмерная молекулярная динамика (NAMD, ранее Не другая программа молекулярной динамики)[1] компьютер программного обеспечения за молекулярная динамика моделирование, написанное с использованием Очарование ++ модель параллельного программирования. Он известен своей параллельной эффективностью и часто используется для моделирования больших систем (миллионы атомы ).[2] Он был разработан в сотрудничестве с Группой теоретической и вычислительной биофизики (TCB) и Лабораторией параллельного программирования (PPL) Университет штата Иллинойс в Урбане-Шампейн.
Он был представлен в 1995 году Нельсоном. и другие. как параллельный код молекулярной динамики, позволяющий интерактивное моделирование путем связывания с кодом визуализации VMD. С тех пор NAMD повзрослел, добавив множество функций и увеличив масштаб до 500 000 процессорных ядер.[3]
NAMD имеет интерфейс для квантовая химия пакеты ORCA и MOPAC, а также скриптовый интерфейс для многих других квантовых пакетов.[4] Вместе с Визуальная молекулярная динамика (VMD) и QwikMD,[5] Интерфейс NAMD обеспечивает доступ к гибридным QM / MM моделирования в интегрированном, всеобъемлющем, настраиваемом и простом в использовании пакете.[6]
NAMD доступен как бесплатное ПО для некоммерческого использования отдельными лицами, академическими учреждениями и корпорациями для внутреннего использования.
Смотрите также
- Очарование ++
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Список пакетов бесплатного и открытого программного обеспечения
Рекомендации
- ^ «Гибкость и функциональная совместимость в коде параллельной молекулярной динамики» (постскриптум).
- ^ «NAMD - Программа параллельной объектно-ориентированной молекулярной динамики» (PDF).
- ^ «NAMD: масштабируемая молекулярная динамика». Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB). Иллинойсский университет в Урбана-Шампейн. Получено 1 августа 2016.
- ^ «Гибрид QM / MM NAMD». Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB). Иллинойсский университет в Урбана-Шампейн. Получено 26 марта 2018.
- ^ «QwikMD - Набор инструментов для интегративной молекулярной динамики для новичков и экспертов». Научные отчеты. Получено 24 мая 2016.
- ^ «NAMD выходит на новый уровень: комплексный пакет для гибридного моделирования». Методы природы. Получено 26 марта 2018.
внешняя ссылка
Этот физика -связанная статья является заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |
Этот химия -связанная статья является заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |