Аскалаф Дизайнер - Ascalaph Designer

Аскалаф Дизайнер
Компьютерный рендеринг цветного пространства, заполняющего молекулярную диаграмму дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), созданную с помощью Ascalaph Designer
Ascalaph Designer отображает дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК )
Оригинальный автор (ы)Алексей Никитин
Разработчики)Agile Molecule
Стабильный выпуск
1.8.94 / 3 декабря 2015; 4 года назад (2015-12-03)
Написано вC ++
Операционная системаWindows
Платформаx86
Размер138,9 МБ
Доступно ванглийский
ТипМолекулярное моделирование
ЛицензияGNU GPL и другие, включая Открытая лицензия проекта кода
Интернет сайтwww.biomolecular-моделирование.com/ Аскалаф

Аскалаф Дизайнер это компьютерная программа для общего назначения молекулярное моделирование для молекулярного дизайна и моделирования. Он предоставляет графическую среду для общих программ квантового и классического молекулярного моделирования. ORCA, NWChem, Светлячок, CP2K и MDynaMix[1] .[2] В молекулярная механика расчеты охватывают создание модели, оптимизацию энергопотребления и молекулярная динамика. Светлячок (ранее назывался PC GAMESS)[3][4][5] охватывает широкий спектр квантовая химия методы. Ascalaph Designer - это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, выпущенный под Стандартная общественная лицензия GNU, версия 2 (GPLv2).[6]

Ключевая особенность

Использует

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ А.П. Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика Коммуникации. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. Дои:10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9.
  2. ^ А.П. Любарцев, А.Лааксонен (1998). «Параллельное молекулярно-динамическое моделирование биомолекулярных систем». Прикладные параллельные вычисления Крупномасштабные научные и промышленные задачи. Конспект лекций по информатике. 1541. Гейдельберг: Springer Berlin. С. 296–303. Дои:10.1007 / BFb0095310. ISBN  978-3-540-65414-8.
  3. ^ Вычислительная химия, Дэвид Янг, Wiley-Interscience, 2001. Приложение A. A.2.3, стр. 334, GAMESS
  4. ^ М. В. Шмидт; и другие. (1993). "Общая система атомной и молекулярной электронной структуры". J. Comput. Chem. 14 (11): 1347–1363. Дои:10.1002 / jcc.540141112.
  5. ^ М. С. Гордон и М. В. Шмидт, Успехи теории электронной структуры: GAMESS десятилетие спустя, в Теория и приложения вычислительной химии, первые 40 лет, К. Э. Дикстра, Г. Френкинг. К. С. Лим и Г. Э. Скузария, Elsevier, Амстердам, 2005.
  6. ^ http://sourceforge.net/projects/asc-designer/
  7. ^ Тукан К., Рахман А. (1985). «Молекулярно-динамическое исследование движений атомов в воде». Физический обзор B. 31 (5): 2643–2648. Bibcode:1985ПхРвБ..31.2643Т. Дои:10.1103 / PhysRevB.31.2643.
  8. ^ Ю. Ченг, Н. Королев и Л. Норденшельд (2006). «Сходства и различия во взаимодействии K+ и Na+ с конденсированной упорядоченной ДНК. Компьютерное моделирование молекулярной динамики ". Исследования нуклеиновых кислот. 34 (2): 686–696. Дои:10.1093 / нар / gkj434. ЧВК  1356527. PMID  16449204.
  9. ^ К.-Дж. Хёгберг; А. М. Никитин, А. П. Любарцев (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Журнал вычислительной химии. 29 (14): 2359–2369. Дои:10.1002 / jcc.20974. PMID  18512235.
  10. ^ А. Вишняков, А.В. Неймарк (2008). «Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование молекулярного моделирования». J. Chem. Phys. 128 (16): 164902. Bibcode:2008ЖЧФ.128п4902В. Дои:10.1063/1.2899327. PMID  18447495.
  11. ^ Г. Раабе и Й. Кёлер (2008). «Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия на основе молекулярного моделирования». J. Chem. Phys. 128 (15): 154509. Bibcode:2008JChPh.128o4509R. Дои:10.1063/1.2907332. PMID  18433237.
  12. ^ X. Wu; З. Лю; С. Хуанг; В. Ван (2005). «Молекулярно-динамическое моделирование ионно-жидкой смеси [bmim] [BF при комнатной температуре4] и ацетонитрил уточненным силовым полем ». Phys. Chem. Chem. Phys. 7 (14): 2771–2779. Bibcode:2005PCCP .... 7,2771 Вт. Дои:10.1039 / b504681p. PMID  16189592.
  13. ^ Т. Кузнецова, Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода – углекислый газ». Phys. Chem. Chem. Phys. 4 (6): 937–941. Bibcode:2002PCCP .... 4..937K. Дои:10.1039 / b108726f.
  14. ^ ЯВЛЯЮСЬ. Никитин и А.П. Любарцев (2007). "Новый шестиузельный ацетонитрил модель для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси ». J. Comput. Chem. 28 (12): 2020–2026. Дои:10.1002 / jcc.20721. PMID  17450554.

внешняя ссылка