FlexAID - FlexAID

FlexAID
Оригинальный автор (ы)Франсис Годро, Луи-Филипп Моренси, Рафаэль Ж. Наджманович
Репозиторийgithub.com/ NRGlab/ FlexAID
Написано вC, C ++
Операционная системаLinux
ТипДокинг белок-лиганд
ЛицензияЛицензия Apache
Интернет сайтбиофизика.umontreal.ca/ nrg/Ресурсы.html

FlexAID это молекулярный док программное обеспечение, которое может использовать небольшие молекулы и пептиды в качестве лигандов, а белки и нуклеиновые кислоты в качестве мишеней для стыковки. Как следует из названия, FlexAID поддерживает полную гибкость лиганда, а также гибкость боковой цепи мишени. Он использует функцию мягкой оценки на основе комплементарности двух поверхностей (лиганда и мишени).

Было показано, что FlexAID превосходит существующее широко используемое программное обеспечение, такое как AutoDock Vina и FlexX в предсказании поз связывания. Это особенно верно в случаях, когда решающее значение имеет целевая гибкость, например, что, вероятно, имеет место при использовании моделей гомологии.[1][2] Исходный код доступен на GitHub под Лицензия Apache.[3]

Графический пользовательский интерфейс

А PyMOL плагин для FlexAID, NRGsuite, также был разработан авторами оригинала.[4]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ biophys.umontreal.ca http://biophys.umontreal.ca/nrg/resources.html. Получено 2019-05-22. Отсутствует или пусто | название = (помощь)
  2. ^ Годро, Франциск; Найманович, Рафаэль Дж. (27.07.2015). «FlexAID: возвращение к стыковке с несистемными сложными структурами». Журнал химической информации и моделирования. 55 (7): 1323–1336. Дои:10.1021 / acs.jcim.5b00078. ISSN  1549-9596. PMID  26076070.
  3. ^ GitHub - NRGlab / FlexAID: гибкая стыковка с искусственным интеллектом., НРГлаб, 2018-02-28, получено 2019-05-22
  4. ^ Годро, Франциск; Моренси, Луи-Филипп; Найманович, Рафаэль Дж. (01.12.2015). «NRGsuite: плагин PyMOL для моделирования стыковки в реальном времени с помощью FlexAID». Биоинформатика. 31 (23): 3856–3858. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv458. ISSN  1367-4803. ЧВК  4653388. PMID  26249810.

внешняя ссылка