Редактор молекул - Molecule editor
 | Эта статья содержит встроенные списки который может быть плохо определен, непроверенный или же неизбирательный. (август 2013) |
А редактор молекул это компьютерная программа для создания и изменения представлений химические структуры.
Редакторы молекул могут манипулировать представлениями химической структуры в симулированных двумерное пространство или же трехмерное пространство, через 2D компьютерная графика или же 3D компьютерная графика, соответственно. Двумерный вывод используется в качестве иллюстраций или для запроса химические базы данных. Трехмерный вывод используется для построения молекулярных моделей, обычно как часть молекулярное моделирование программные пакеты.
Молекулярные редакторы баз данных, такие как Leatherface,[1] РЕКАП,[2] и слайсер молекул[3] позволяют автоматически изменять большое количество молекул в соответствии с такими правилами, как «депротонировать карбоновые кислоты» или «разрывать экзоциклические связи», которые могут быть указаны пользователем.
Редакторы молекул обычно поддерживают чтение и запись как минимум одного формат файла или же строчная запись. Примеры каждого включают Molfile и упрощенная спецификация ввода строки молекулярного ввода (УЛЫБАЕТСЯ) соответственно.
Файлы, созданные редакторами молекул, могут отображаться молекулярная графика инструменты.
Автономные программы
| Программа | Разработчики) | Лицензия | Платформы | Информация | |
|---|---|---|---|---|---|
| ACD / ChemSketch | ACD / Labs | Проприетарный | Windows | Химически интеллектуальный интерфейс для рисования, который позволяет рисовать практически любую химическую структуру, включая органические, металлоорганические, полимеры и структуры Маркуша. бесплатное ПО версия доступна | |
| Амира (программное обеспечение) | Визаж изображения Институт Цузе Берлин | Проприетарный | Окна, macOS, Linux | Доступна 14-дневная пробная версия | |
| Аскалаф Дизайнер | Agile Molecule | GNU GPL | Linux, Windows | бесплатное ПО | |
| Авогадро | Команда проекта Авогадро | GNU GPL | Linux, macOS, Windows | 3D редактор молекул, визуализатор | |
| BALLView | Команда проекта BALL | GNU GPL -LGPL | Linux, macOS, Windows | просмотрщик, редактор, инструмент моделирования | |
| Биоклипс | Разработчики Bioclipse | EPL | кросс-платформенный | Ява, Затмение Платформа богатого клиента (RCP) на основе | |
| БКХИМ | Беда Косата | GNU GPL | кросс-платформенный | 2D редактор молекул, написанный на Python | |
| ChemDraw | ПеркинЭлмер | Проприетарный | macOS, Windows | Редактировать химические структуры и реакции | |
| Денеб | АтельГрафика | Проприетарный | Linux, Windows | Доступна пробная версия; удобный графический пользовательский интерфейс рабочего стола для пакетов SIESTA, VASP, QE и др. | |
| ChemWindow | Wiley | Проприетарный | Windows | доступны как часть программной среды KnowItAll; Бесплатное ПО для академических исследований и преподавания | |
| Габедит | Абдулрахман Аллуш | BSD | Linux, macOS, Windows | 3D-редактор молекул, визуализатор | |
| JChemPaint | GNU LGPL | кросс-платформенный | Редактор 2D структурных формул, написанный на Ява | ||
| Молекулярная операционная среда (MOE) | Группа химических вычислений | Проприетарный | Windows, Linux, Mac; Язык программирования SVL | Платформа для приложений молекулярного моделирования / открытия лекарств с трехмерным построением и редактированием молекулярных эскизов, двухмерным изображением и преобразованием двухмерных изображений в трехмерные. | |
| САМСОН | Inria | Проприетарный | Windows, Linux, macOS | Программная платформа для интегрированной вычислительной нанонауки. Настраивается с помощью SAMSON Elements (модули для SAMSON) | |
| Спартанский | Wavefunction, Inc. | Проприетарный | Linux, macOS, Windows | ||
| XDrawChem | GNU GPL | Linux, macOS, Windows | на основе OpenBabel |
Апплеты Java
| Ap | JChemPaint | GNU LGPL | Апплеты редактора и просмотра | |
|---|---|---|---|---|
| Редактор молекул JME | Питер Эртль | Проприетарный | бесплатное ПО Доступна с Молинспирация; Бесплатное ПО для некоммерческого использования |
Встраиваемые редакторы JavaScript
| Программа | Разработчик | Настольный браузер IE6-7-8 | Настольный браузер другое | iPad | iPhone | Android | телефон с операционной системой Виндоус | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Программа Кекуле | Лаборатория Kekule.js | да | да | Неизвестно | Неизвестно | Неизвестно | Неизвестно | Опубликовано под лицензией MIT |
Смотрите также
- ChemSpider
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
Примечания и ссылки
- ^ Кенни, Питер В .; Садовски, Йенс (2005). «Модификация структуры в химических базах данных». Хемоинформатика в открытии лекарств. Методы и принципы медицинской химии. стр.271–285. Дои:10.1002 / 3527603743.ch11. ISBN 9783527307531.
- ^ Льюэлл, Сяо Цин; Джадд, Дункан Б.; Уотсон, Стивен П .; Ханн, Майкл М. (1998). «RECAP-ретросинтетическая комбинаторная процедура анализа: новый мощный метод идентификации привилегированных молекулярных фрагментов с полезными приложениями в комбинаторной химии». Журнал химической информации и компьютерных наук. 38 (3): 511–522. Дои:10.1021 / ci970429i. PMID 9611787.
- ^ Вьет, Михал; Сигел, Майлз Дж .; Хиггс, Ричард Э .; Уотсон, Ян А .; Робертсон, Дэниел Х .; Савин, Кеннет А .; Дерст, Грегори Л .; Хипскинд, Филип А. (2004). «Характерные физические свойства и структурные фрагменты продаваемых пероральных препаратов». Журнал медицинской химии. 47: 224–232. Дои:10.1021 / jm030267j. PMID 14695836.