Дендрограмма - Dendrogram

Не путать с Дендрограмма.

Дендрограмма иерархической кластеризации (UPGMA) с высотой узлов (адаптирована из данных последовательности бактериальной 5S рРНК^[1]).

Выходные данные дендрограммы для иерархической кластеризации морских провинций с использованием наличия / отсутствия видов губок.^[2]

Дендрограмма Дерево жизни. Это филогенетическое дерево адаптировано из Woese et al. рРНК анализ.^[3] Вертикальная линия внизу представляет последний универсальный общий предок (ЛУКА).

Тепловая карта РНК-Seq данные, показывающие две дендрограммы на левом и верхнем полях.

А дендрограмма это диаграмма представляющий дерево. Это схематическое представление часто используется в разных контекстах:

• в иерархическая кластеризация, он иллюстрирует расположение кластеров, полученных в результате соответствующих анализов.^[4]
• в вычислительная биология, он показывает кластеризацию гены или образцы, иногда на полях тепловые карты.^[5]
• в филогенетика, он отображает эволюционный отношения между различными биологическими таксоны. В этом случае дендрограмму еще называют филогенетическое дерево.^[6]

Название дендрограмма происходит от двух древнегреческий слова δένδρον (дендрон), что означает «дерево», и γράμμα (grámma), что означает «рисунок, математическая фигура».^[7][8].

Пример кластеризации

В качестве примера кластеризации предположим, что пять таксонов (${\displaystyle a}$ к ${\displaystyle e}$) были сгруппированы UPGMA на основе матрицы генетические расстояния. В иерархическая кластеризация дендрограмма покажет столбец из пяти узлов, представляющих исходные данные (здесь отдельные таксоны), а остальные узлы представляют кластеры, к которым принадлежат данные, со стрелками, представляющими расстояние (несходство). Расстояние между объединенными кластерами монотонно, увеличиваясь с уровнем слияния: высота каждого узла на графике пропорциональна значению межгруппового несходства между двумя его дочерними элементами (узлы справа, представляющие отдельные наблюдения, все нанесены на ноль высота).

Смотрите также

• Кладограмма
• Матрицы расстояний в филогении
• Иерархическая кластеризация
• МЕГА, а бесплатное ПО для рисования дендрограмм
• yEd, бесплатное ПО для рисования и автоматического построения дендрограмм

Рекомендации

Цитаты

1. Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996). «Филогенетический вывод». В Hillis DM, Moritz C, Mable BK (ред.). Молекулярная систематика, 2-е издание. Сандерленд, Массачусетс: Синауэр. С. 407–514. ISBN  9780878932825.
2. Ван Сост Р., Бури-Эсно Н., Вэселет Дж., Дорманн М., Эрпенбек Д., Де Вугд Н., Сантодоминго Н., Ванхорн Б., Келли М., Хупер Дж. (2012). «Глобальное разнообразие губок (Porifera)». PLOS One. 7 (4): e35105. Bibcode:2012PLoSO ... 735105V. Дои:10.1371 / journal.pone.0035105. ЧВК  3338747. PMID  22558119.
3. Вёзе, Карл Р.; Кандлер, О; Уилис, М. (1990). «На пути к естественной системе организмов: предложение по доменам архей, бактерий и эукариев» (PDF). Proc Natl Acad Sci USA. 87 (12): 4576–4579. Bibcode:1990PNAS ... 87,4576 Вт. Дои:10.1073 / pnas.87.12.4576. ЧВК  54159. PMID  2112744.
4. Эверит, Брайан (1998). Словарь статистики. Кембридж, Великобритания: Издательство Кембриджского университета. п.96. ISBN  0-521-59346-8.
5. Уилкинсон, Лиланд; Дружелюбный, Майкл (май 2009 г.). «История кластерной тепловой карты». Американский статистик. 63 (2): 179–184. Дои:10.1198 / tas.2009.0033.
6. «Филогенетическое дерево (биология)». Энциклопедия Британника. Получено 2018-10-22.
7. Байи, Анатоль (1981-01-01). Abrégé du dictionnaire grec français. Париж: Ашетт. ISBN  2010035283. OCLC  461974285.
8. Байи, Анатоль. "Греко-французский словарь онлайн". www.tabularium.be. Получено 20 октября, 2018.

Источники

• Галили, Т. (2015). «dendextend: пакет R для визуализации, настройки и сравнения деревьев иерархической кластеризации». Биоинформатика. 31 (22): 3718–3720. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv428. ЧВК  4817050. PMID  26209431.

внешняя ссылка

• Дендрограмма ириса - Пример использования дендрограммы для визуализации 3 кластеров из иерархическая кластеризация используя "полный" метод по сравнению с реальной категорией видов (используя р ).