Echinobase - Echinobase

Echinobase
Urchin.png
Содержание
ОписаниеМорской еж
ОрганизмыИглокожие
Контакт
Исследовательский центрhttp://beckmaninstitute.caltech.edu/crg.shtml
Доступ
Интернет сайтhttp://www.echinobase.org/

Echinobase это информационная веб-система, которая каталогизирует различные геномные и биологические данные об иглокожих клады. Система предоставляет механизм поиска генов, браузер геномики и другие инструменты биоинформатики для исследования геномных и транскриптомных данных. Информационная система Echinobase фокусируется на информации из восьми исследовательских моделей иглокожих: Стронгилоцентротус пурпуратус, Strongylocentrotus fransciscanus, Аллоцентротус ломкий, Lytechinus variegatus, Патирия миниата, Parastichopus parvimensis и Ophiothrix spiculata, Eucidaris tribuloides. Целью Echinobase является поддержка молекулярной биологии, включая процессы развития и сети регуляции генов.[1]

Программное обеспечение, оборудование и платформа

Echinobase представляет собой платформу для сравнительной геномики клады иглокожих, которая включает геномы и транскриптомы Strongylocentrotus purpuratus, Lytechinus variegatus, Patiria miniata, Parastichopus parvamensis и Ophiothrix spiculata. Echinobase была создана с помощью программного обеспечения, инструментарий для создания генов Apollo Конвейер RepeatModeler, генбанк, сканирование IPR, NCBI, BLAST, PubMed. Echinobase работает в облачной среде, которая использует Drupal, PHP, CSS, JavaScript и PostgreSQL.

Инструменты и контент

  • Об иглокожих по видам (trongylocentrotus purpuratus, Патирия миниата, Lytechinus variegatus, Аллоцентротус ломкий, Eucidaris tribuloides, Parastichopus parvimensis, Ophiothrix spiculata, Strongylocentrotus franciscanus).
  • Jbrowse
  • ВЗРЫВ
  • Инструменты: браузер ATAC-seq, поиск генов, таблица Bac, библиотека изображений, поиск транскриптомов
  • Поиск генов S purp
  • Рекомендации по номенклатуре генов
  • Материалы и методы
  • Ресурсы (фильтры, bacs, таблица использования кодонов SU, QPCR праймеры, Nanostring Codeset.
  • Поиск литературы: Textpresso для Echinoidea

Публикации и исследования с использованием Echinobase

  • Ремоделирование внеклеточного матрикса и матрикс металлопротеиназы (ajMMP-2-подобный и ajMMP-16-подобный) характеристика во время регенерации кишечника морской огурец Apostichopus japonicus.[2]
  • Короткие тандемные повторы, сегментарные дупликации, делеции генов и геномная нестабильность в быстро диверсифицированном семействе иммунных генов.[3]
  • Анализ цитокинез к электронная микроскопия.
  • Передний сигнальный центр формирует и измеряет переднюю нейроэктодерму эмбриона морского ежа.[4]
  • Развитие и эволюция иглокожих в постгеномную эпоху.[5]
  • SpBase: база данных и веб-сайт морских ежей[6]
  • Геном морского ежа Стронгилоцентротус пурпуратус[7] (Консорциум по секвенированию морских ежей. Наука.)

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Кудтаркар, Парул; Кэмерон, Р. Эндрю (2017-01-01). «Echinobase: расширяющийся ресурс геномной информации иглокожих». База данных. 2017. Дои:10.1093 / база данных / bax074. ЧВК  5737241. PMID  29220460.
  2. ^ Мяо, Тин; Ван, Цзысюань; Солнце, Лина; Ли, Сяони; Син, Лили; Бай, Юсен; Ванга, Фанг; Ян, Хуншэн (октябрь 2017 г.). «Ремоделирование внеклеточного матрикса и характеристика матриксных металлопротеиназ (ajMMP-2-подобный и ajMMP-16-подобный) во время регенерации кишечника морского огурца Apostichopus japonicus». Сравнительная биохимия и физиология. Часть B, Биохимия и молекулярная биология. 212: 12–23. Дои:10.1016 / j.cbpb.2017.06.011. ISSN  1879-1107. PMID  28687360.
  3. ^ Орен, Матан; Барела Хаджелл, Меган А .; Д’Аллура, Брайан; Агронин, Яков; Гросс, Александра; Подини, Даниэле; Смит, Л. Кортни (09.11.2016). «Короткие тандемные повторы, сегментарные дупликации, делеции генов и геномная нестабильность в быстро диверсифицированном семействе иммунных генов». BMC Genomics. 17 (1): 900. Дои:10.1186 / с12864-016-3241-х. ISSN  1471-2164. ЧВК  5103432. PMID  27829352.
  4. ^ Range, Ryan C .; Вэй, Чжэн (2016-05-01). «Передний сигнальный центр формирует и определяет размеры передней нейроэктодермы эмбриона морского ежа». Разработка. 143 (9): 1523–1533. Дои:10.1242 / dev.128165. ISSN  1477-9129. ЧВК  4909856. PMID  26952978.
  5. ^ Кэри, Грегори А .; Хинман, Вероника Ф. (15.07.2017). «Развитие и эволюция иглокожих в постгеномную эпоху». Биология развития. 427 (2): 203–211. Дои:10.1016 / j.ydbio.2017.02.003. ISSN  1095-564X. PMID  28185788.
  6. ^ Кэмерон, Р. Эндрю; Саманта, Манодж; Юань, осень; Он, Донг; Дэвидсон, Эрик (январь 2009 г.). "SpBase: база данных и веб-сайт генома морского ежа". Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Проблема с базой данных): D750 – D754. Дои:10.1093 / nar / gkn887. ISSN  0305-1048. ЧВК  2686435. PMID  19010966.
  7. ^ Консорциум по секвенированию генома морского ежа; Содергрен, Э; Weinstock, G.M; Дэвидсон, Э. Н; Cameron, R.A; Гиббс, Р. А; Angerer, R.C; Ангерер, Л. М; Arnone, M. I; Берджесс, Д. Р.; Берк, Р. Д; Коффман, Дж. А; Дин, М; Элфик, М. Р.; Ettensohn, C.A; Foltz, K. R; Хамдун, А; Hynes, R.O; Klein, W.H; Марзлуфф, В; McClay, D.R; Моррис, Р. Л; Мушегян, А; Раст, Дж. П.; Смит, Л. С; Thorndyke, M.C; Vacquier, V.D; Wessel, G.M; Рэй, G; и другие. (2006-11-10). «Геном морского ежа Strongylocentrotus purpuratus». Наука. 314 (5801): 941–952. Дои:10.1126 / science.1133609. ISSN  0036-8075. ЧВК  3159423. PMID  17095691.

внешняя ссылка

Сети регуляции генов