Эдвард Маркотт - Edward Marcotte

Эдвард Маркотт это профессор из биохимия в Техасский университет в Остине, работает в генетика, протеомика, и биоинформатика.[1] Маркотт является примером компьютерный биолог кто также полагается на эксперименты для проверки прогнозов, основанных на биоинформатике.[2]

Образование и должности

Бакалавриат Маркотта получил в Техасский университет в Остине, где он получил степень бакалавра наук. в Микробиология в 1990 году. Он получил докторскую степень. в биохимии из Техасский университет в Остине в 1995 г. и защитил докторскую диссертацию как в UT Austin, так и в Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе с профессором Дэвид Айзенберг. Маркотт был профессором UT Austin с 2001 года.[нужна цитата ]

Исследование

Основные исследования Маркотта относятся к области биоинформатики, протеомики, системная биология, и синтетическая биология.

Биоинформатика и системная биология

В начале своей работы Маркотт и его коллеги создали первую в масштабе генома карту функциональных связей между белками в любом сложном организме (дрожжевой Saccharomyces cerevisiae ), подход, который позволил им предсказать функцию более чем половины всех не охарактеризованных дрожжевых белков.[3] Маркотт также разработал несколько методов определения функциональных взаимодействий между белками, включая филогенетическое профилирование,[4][5][6] Слияние генов Розеттского камня,[7] коэкспрессия мРНК,[3] и зеркальное дерево[8] подходы.

В 2010 году Маркотт и его коллеги определили алгоритм для выявления случаев глубокая гомология на основе фенотипа.[1][9]

Протеомика

В области протеомики вклад Маркотта включает разработку ранних версий сети взаимодействия белков человека.[10][11] и картирование более 7000 взаимодействий белков человека.[12] Маркотт и его коллеги разработали технику микрочипов с пятнами для высокопроизводительного измерения экспрессии белка, субклеточного местоположения и функции.[11][13][14][15] разработаны алгоритмы анализа данных масс-спектрометрии,[16][17][18][19] запустила базу данных с открытым доступом для данных масс-спектрометрии, протеомики,[20] и разработал метод APEX для абсолютного количественного определения белка в масштабе протеома.[21][22] Используя APEX, Маркотт и его коллеги продемонстрировали, что обилие белка в низших эукариотах преимущественно определяется уровнями мРНК, тогда как обилие белков человека примерно одинаково определяется транскрипционной и посттранскрипционной регуляцией.[23]

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ а б Циммер, Карл (26 апреля 2010 г.). «Поиск генов ведет в неожиданные места». Нью-Йорк Таймс.
  2. ^ "Эдвард М. Маркотт". Люди. Институт клеточных и молекулярных исследований Техасского биологического университета в Остине. Получено 16 августа 2016.
  3. ^ а б Marcotte, E.M .; Pellegrini, M .; Томпсон, М. Дж .; Йейтс, Т .; Айзенберг, Д. (1999). «Комбинированный алгоритм для общегеномного предсказания функции белков». Природа. 402 (6757): 83–86. Bibcode:1999Натура 402 ... 83М. Дои:10.1038/47048. PMID  10573421. S2CID  144447.
  4. ^ Pellegrini, M .; Marcotte, E.M .; Томпсон, М. Дж .; Eisenberg, D .; Йейтс, Т. О. (1999). «Выявление компонентов белковых комплексов и путей с помощью сравнительного анализа генома: филогенетические профили белков». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 96 (8): 4285–4288. Дои:10.1073 / пнас.96.8.4285. ЧВК  16324. PMID  10200254.
  5. ^ Marcotte, Эдвард М .; Ксенариос, Иоаннис; ван дер Блик, Александр М .; Айзенберг, Дэвид (2000). «Локализация белков в клетке по их филогенетическим профилям». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (22): 12115–12120. Bibcode:2000ПНАС ... 9712115М. Дои:10.1073 / pnas.220399497. ЧВК  17303. PMID  11035803.
  6. ^ Date, S.V .; Маркотт, Э. М. (2003). «Открытие нехарактеризованных клеточных систем с помощью анализа функциональных связей в масштабе всего генома». Природа Биотехнологии. 21 (9): 1055–1062. Дои:10.1038 / nbt861. PMID  12923548. S2CID  1093077.
  7. ^ Marcotte, Эдвард М .; Пеллегрини, Маттео; Нг, Хо-Люн; Райс, Дэнни У .; Йейтс, Тодд О .; Айзенберг, Дэвид (1999). «Определение функции белков и белок-белковых взаимодействий по последовательностям генома». Наука. 285 (5428): 751–753. CiteSeerX  10.1.1.535.9650. Дои:10.1126 / science.285.5428.751. PMID  10427000.
  8. ^ Ramani, A.K .; Маркотт, Э. М. (2003). «Использование совместной эволюции взаимодействующих белков для обнаружения специфики взаимодействия». J. Mol. Биол. 327: 273–284. Дои:10.1016 / с0022-2836 (03) 00114-1. PMID  12614624.
  9. ^ МакГэри К.Л.; Park TJ; Woods JO; Cha HJ; Уоллингфорд Дж. Б.; Маркотт Э.М. (Апрель 2010 г.). «Систематическое открытие неочевидных моделей болезней человека через ортологичные фенотипы» (PDF). Труды Национальной академии наук. 107 (14): 6544–9. Bibcode:2010ПНАС..107.6544М. Дои:10.1073 / pnas.0910200107. ЧВК  2851946. PMID  20308572.
  10. ^ Ramani, A.K .; Bunescu, R.C .; Mooney, R.J .; Маркотт, Э. М. (2005). «Консолидация набора известных человеческих белок-белковых взаимодействий при подготовке к крупномасштабному картированию человеческого интерактома». Геномная биология. 6 (5): R40.1–12. Дои:10.1186 / gb-2005-6-5-r40. ЧВК  1175952. PMID  15892868.
  11. ^ а б Narayanaswamy, R .; Niu, W .; Scouras, A .; Hart, G.T .; Дэвис, Дж .; Ellington, A.D .; Айер, В. Р .; Маркотт, Э. М. (2006). «Систематическое профилирование клеточных фенотипов с помощью микрочипов пятнистых клеток позволяет выявить новые гены ответа на феромоны». Геномная биология. 7 (1): R6. Дои:10.1186 / gb-2006-7-1-r6. ЧВК  1431703. PMID  16507139.
  12. ^ Ramani, A.K .; Ли, З .; Hart, G.T .; Карлсон, М. У .; Boutz, D .; Маркотт, Э. М. (2008). «Карта взаимодействий белков человека, полученная в результате совместной экспрессии мРНК человека и их ортологов». Мол. Syst. Биол. 4: 180. Дои:10.1038 / msb.2008.19. ЧВК  2387231. PMID  18414481.
  13. ^ Zhao, J .; Niu, W .; Yao, J .; Mohr, S .; Marcotte, E.M .; Ламбовиц, А. М. (2008). «Полифосфат влияет на локализацию и сайты встраивания интронного белка группы II». PLOS Биология. 6 (6): e150. Дои:10.1371 / journal.pbio.0060150. ЧВК  2435150. PMID  18593213.
  14. ^ Narayanaswamy, R .; Moradi, E.K .; Niu, W .; Hart, G.T .; Дэвис, М .; McGary, K. L .; Ellington, A.D .; Маркотт, Э. М. (2009). «Систематическое определение белковых составляющих по главной оси поляризации показывает адаптивное повторное использование механизма поляризации в почкующихся дрожжах, обработанных феромонами». Журнал протеомных исследований. 8 (1): 6–19. Дои:10.1021 / пр800524г. ЧВК  2651748. PMID  19053807.
  15. ^ Narayanaswamy, R .; Леви, М .; Цечанский, М .; Stovall, G.M .; О’Коннелл, Дж .; Mirrielees, J .; Ellington, A.D .; Маркотт, Э. М. (2009). «Широко распространенная реорганизация метаболических ферментов в обратимые сборки при недостатке питательных веществ». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 106 (25): 10147–52. Bibcode:2009ПНАС..10610147Н. Дои:10.1073 / pnas.0812771106. ЧВК  2691686. PMID  19502427.
  16. ^ Ramakrishnan, S .; Mao, R .; Накорчевский, А. А .; Prince, J. T .; Willard, W. S .; Xu, W .; Marcotte, E.M .; Миранкер, Д. П. (2006). «Быстрый метод грубой фильтрации для идентификации белков с помощью масс-спектрометрии». Биоинформатика. 22 (12): 1524–31. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl118. PMID  16585069.
  17. ^ Prince, J.T .; Маркотт, Э. М. (2008). "mspire: Масс-спектрометрическая протеомика в Ruby". Биоинформатика. 24 (23): 2796–7. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn513. ЧВК  2639276. PMID  18930952.
  18. ^ Рамакришнан, С.Р .; Vogel, C .; Prince, J. T .; Ли, З .; Penalva, L.O .; Myers, M .; Marcotte, E.M .; Миранкер, Д. П. (2009). «Объединение протеомики дробовика и данных экспрессии мРНК для улучшения идентификации белков». Биоинформатика. 25 (11): 1397–1403. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp168. ЧВК  2682515. PMID  19318424.
  19. ^ Prince, J.T .; Маркотт, Э. М. (2006). «Хроматографическое выравнивание наборов протеомических данных ESI-LC-MS с помощью упорядоченного биективного интерполированного деформирования». Аналитическая химия. 78 (17): 6140–6152. Дои:10.1021 / ac0605344. PMID  16944896.
  20. ^ Prince, J.T .; Карлсон, М. В.; Wang, R .; Lu, P .; Маркотт, Э. М. (2004). «Потребность в публичном хранилище протеомики». Природа Биотехнологии. 22 (4): 471–2. Дои:10.1038 / nbt0404-471. PMID  15085804. S2CID  3220616.
  21. ^ Lu, P .; Vogel, C .; Wang, R .; Яо, X .; Маркотт, Э. М. (2007). «Профиль абсолютной экспрессии белка оценивает относительный вклад регуляции транскрипции и трансляции». Природа Биотехнологии. 25 (1): 117–20. Дои:10.1038 / nbt1270. PMID  17187058. S2CID  13061107.
  22. ^ Фогель, Кристина; Маркотт, Эдвард М. (2008). «Расчет абсолютного и относительного содержания белка по данным экспрессии белка на основе масс-спектрометрии». Протоколы природы. 3 (9): 1444–1451. Дои:10.1038 / nprot.2008.132. PMID  18772871. S2CID  17456044.
  23. ^ Фогель, Кристина; де Соуза Абреу, Ракель; Ко, Дайдзин; Ле, Шу-Юнь; Шапиро, Брюс А; Бернс, Сюзанна С; Сандху, Деврадж; Boutz, Daniel R; Marcotte, Эдвард М .; Пенальва, Луис О (2010). «Сигнатуры последовательностей и концентрация мРНК могут объяснить две трети вариаций содержания белка в линии клеток человека». Молекулярная системная биология. 6: 400. Дои:10.1038 / msb.2010.59. ЧВК  2947365. PMID  20739923.