Проект сравнения генома Fiocruz - Fiocruz Genome Comparison Project

В Проект сравнения генома Fiocruz это совместные усилия, включающие Бразилия с Институт Освальдо Круза и IBM с Сетка мирового сообщества, предназначенный для производства база данных сравнивая гены от многих геномы друг с другом с помощью SSEARCH.[1] Программа SSEARCH выполняет строгий Выравнивание Смита – Уотермана между белковая последовательность и другая последовательность белков, база данных белков, ДНК или библиотека ДНК.


Природа вычислений в проекте позволяет легко использовать преимущества распределенных вычислений. Это, наряду с вероятной гуманитарной пользой исследования, привело к Сетка мирового сообщества (распределенная вычислительная сеть, использующая часы простоя компьютера) для запуска проекта Fiocruz. Все продукты находятся в открытом доступе по контракту с WCG.

Описание

Проблема в том, что к записям базы данных белков прикрепляется очень большой объем информации (структурный, функциональный, перекрестные ссылки и т. Д.). Однажды введенная информация редко обновляется или исправляется. Эта аннотация предсказанной функции белка часто бывает неполной, использует нестандартную номенклатуру или может быть неправильной при перекрестных ссылках на предыдущие, иногда неправильно аннотированные последовательности. Кроме того, многие белки, состоящие из нескольких структурных и / или функциональных доменов, игнорируются автоматизированными системами. Сравнительная информация сегодня огромна по сравнению с ранними днями геномики. Одна ошибка усугубляется, а затем усложняется.

Проект Genome Comparison Project выполняет полное попарное сравнение всех предсказанных белок последовательности, получение используемых индексов (вместе со стандартизированной генной онтологией[2]) в качестве справочного репозитория для сообщества аннотаторов. Проект предоставляет бесценные источники данных для биологов. Программа сравнения сходства последовательностей, используемая в проекте сравнения генома, называется SSEARCH. Эта программа математически находит наилучшее локальное выравнивание между парами последовательностей,[3] и является свободно доступной реализацией алгоритма Смита – Уотермана.[4]

Использование SSEARCH делает возможным точное аннотирование, исправление несоответствий и возможное назначение функций гипотетическим белкам с неизвестной функцией. Более того, белки с множеством доменов и функциональных элементов распознаются правильно. Выявляются даже далекие отношения.

Смотрите также

Примечания

  1. ^ Веб-страница SSEARCH.
  2. ^ Сайт генной онтологии
  3. ^ У. Р. Пирсон (1991) Геномика 11:635–650
  4. ^ Т. Ф. Смит и М. С. Уотерман (1981) J. Mol. Биол, 147:195–197

внешняя ссылка