ГИМИАС - GIMIAS

ГИМИАС
GimiasLogo.jpg
Графический интерфейс GIMIAS включает мультисрезовый просмотр мультимодальных биомедицинских изображений и инструменты навигации по сигналам
Графический интерфейс GIMIAS включает мультисрезовый просмотр мультимодальных биомедицинских изображений и инструменты навигации по сигналам.
Стабильный выпуск
1.5.r4 / октябрь 2012 г.; 8 лет назад (2012-10)
Написано вC ++
Операционная системаWindows, Linux
ТипНаучная визуализация и вычисление изображений
ЛицензияBSD-стиль
Интернет сайтГимиас.org

ГИМИАС это рабочий процесс -ориентированная среда, ориентированная на биомедицинский обработка изображений и симуляция. В Открытый исходный код фреймворк расширяется через плагины и ориентирована на создание исследовательского и клинического программного обеспечения. прототипы. Гимиас использовался для разработки клинических прототипов в области сердечный визуализация и моделирование, ангиография визуализация и моделирование, а также неврология[1][2]

GIMIAS финансируется несколькими национальными и международными проектами, такими как cvREMOD, euHeart или VPH NoE.[3]

О ГИМИАС

GIMIAS означает графический интерфейс для анализа и моделирования медицинских изображений. GIMIAS предоставляет графический интерфейс пользователя со всеми основными данными ввода-вывода, функциями визуализации и взаимодействия для изображений, сеток и сигналов. Возможности GIMIAS включают:

  • DICOM браузер и PACS связь
  • Поддержка разных методы визуализации
  • Визуализация биомедицинских данных в 2D и 3D: мультипланарное преобразование, просмотр ортосрезов, просмотр нескольких срезов, объемный рендеринг, Рентгеновская визуализация, проекция максимальной интенсивности
  • Несколько форматов ввода и вывода: DICOM, vtk, stl, изящный, анализировать.
  • Управление фильмом: воспроизведение, пауза, контроль скорости
  • Несколько объектов данных: 2D-изображения DICOM, 3D-изображения, поверхностные сетки, объемные сетки, сигналы или аннотации.
  • Аннотации к изображениям и поверхностным сеткам: ориентиры, измерения и области интереса
  • Навигация по клиническим рабочим процессам, которая может помочь пользователю переходить от данных пациента к полезной информации для лечения пациента.[4]
  • Другие дополнительные инструменты для сегментация изображения, управление сеткой и навигация по сигналам.[5]

GIMIAS - это среда разработки, которая позволяет разработчикам создавать свои собственные медицинские приложения с использованием различных подключаемых модулей, которые можно динамически загружать и комбинировать. Прототипы, разработанные на GIMIAS, могут быть проверены конечными пользователями в реальных сценариях и с реальными данными на ранних этапах разработки.[6]

Разработан с использованием C ++ язык, имеет плагин архитектура, и кросс-платформенный с помощью стандарта CMake орудие труда. Можно интегрировать новые библиотеки с помощью инструмента CSnake и основан на общих библиотеках с открытым исходным кодом, таких как VTK, ITK, МИТК, УВЕЛИЧЕНИЕ и wxWidgets. Подключаемый модуль может расширять структуру, добавляя новые компоненты обработки, компоненты графического интерфейса пользователя, такие как панели инструментов или окна, новые типы обработки данных или новые библиотеки визуализации.[7]

GIMIAS поддерживает несколько типов плагинов, начиная с простой DLL, 3D слайсер совместимый плагин командной строки или более сложный плагин GIMIAS с настраиваемым графическим интерфейсом. Автоматизированное создание графического интерфейса пользователя и расширяемая объектная модель данных позволяют использовать плагины совместно с другими платформами и расширять возможности взаимодействия.

Программное обеспечение доступно на Windows и Linux, 64-битный и 32-битный.[8]

История

Первые версии фреймворка с открытым исходным кодом были выпущены к концу 2009 года (GIMIAS 0.6.15 был выпущен в октябре 2009 года).[9]

В 2010 году было приложено больше усилий для расширения возможностей самой платформы с открытым исходным кодом, предоставляющей больше функций, таких как диспетчер рабочих процессов, 3D слайсер совместимость плагинов, средство просмотра сигналов и настраиваемые представления. В этом году были выпущены версии GIMIAS 0.8.1, 1.0.0, 1.1.0 и 1.2.0.

Команда ГИМИАС сотрудничала с:

  • Команда cmgui: протестировать использование промежуточного cmgui API на программной платформе GIMIAS[10][11]
  • Группа CTK[12]
  • Группа B3C (MAF)[13]

ГИМИАС - один из инструментов, используемых в Виртуальный физиологический человек.[14]

Клинические прототипы

  • Ангиолаб это программный инструмент, разработанный в рамках GIMIAS и являющийся частью более амбициозной программы комплексного лечения аневризм головного мозга. В настоящее время AngioLab включает четыре дополнительных модуля: ангиосегментация, виртуальное стентирование ангиоморфологии и виртуальная ангиография. В декабре 2009 г. 23 врача заполнили оценочную анкету по AngioLab. Это мероприятие было частью учебного курса, проведенного во время 2-го учебного курса Европейского общества минимально инвазивного нейроваскулярного лечения (ESMINT), который проводился в Университете Помпеу Фабра, Барселона, Испания. Были оценены автоматический морфологический анализ (модуль ангиоморфологии) и планирование эндоваскулярного лечения (модуль стентирования). В целом результаты, полученные с помощью этих инструментов, были признаны актуальными и возникающими в их клинической сфере.[15][16]
  • Кардиолаб: Пакет CardioLab для GIMIAS позволяет выполнять весь рабочий процесс от медицинских изображений до характеристики и количественной оценки миокард болезни и Сердечная ресинхронизирующая терапия (CRT) планирование.[17]
  • FocusDET: Точная локализация эпилептогенных очагов при трудноизлечимой парциальной эпилепсии имеет важное значение для оценки возможности хирургического вмешательства в качестве лечения. Был разработан специальный пакет программного обеспечения для определения эпилептогенного очага с использованием изображений Ictal и Inter-ictal SPECT и МРТ с использованием методологии SISCOM. FocusDET был разработан с использованием средств GIMIAS.[18]
  • QuantiDopa представляет собой программное обеспечение, которое позволяет выполнять полуавтоматическую количественную оценку поглощения полосатым телом в исследованиях нейротрансмиссионной ОФЭКТ дофаминергической системы.[19]

использованная литература

  1. ^ И. Ларрабиде, П. Омедас, Ю. Мартелли, X. Плэйнс, М. Нибер, Дж. А. Мойя, К. Бутакофф, Р. Себастьян, О. Камара, М. Де Краене, Б. Бийненс, А. Ф. Франги, GIMIAS: среда с открытым исходным кодом для эффективной разработки инструментов исследования и клинических прототипов, в Functional Imaging and Modeling of the Heart, 417-426, 2009.
  2. ^ «Требования VPH и упражнения по оценке технологий». Виртуальная физиологическая сеть передового опыта человека. п. 95. Архивировано с оригинал на 2011-07-20.
  3. ^ "Веб-сайт cvREMOD". Архивировано из оригинал на 30.05.2010.
  4. ^ ahc. "Я делаю изображения".
  5. ^ П. Омедас; Ю. Мартелли; И. Ларрабид; Б. Х. Бийненс; А. Ф. Франги. «Продвинутый инструмент для визуализации мультимодальных и многомасштабных кардиологических данных» (PDF). UPF. п. 42. Архивировано с оригинал (PDF) на 2011-06-15.
  6. ^ "Домашняя страница GIMIAS". Архивировано из оригинал на 2011-07-20.
  7. ^ Команда ГИМИАС. «Архитектура ГИМИАС». Slideshare.
  8. ^ Хамза Эмадин Муса. «Решение GIMIAS для анализа и моделирования медицинских изображений для Windows и Linux». goomedic.
  9. ^ Команда ГИМИАС. "ГИМИАС на SourceForge". SourceForge.
  10. ^ «CMGUI и слияние данных». Виртуальная физиологическая сеть передового опыта человека. п. 30. Архивировано с оригинал на 2011-07-20.
  11. ^ "Введение в cmgui". Оклендский институт биоинженерии.
  12. ^ "CTK-Hackfest-May-2010".
  13. ^ «B3C сотрудничество» (PDF). Архивировано из оригинал (PDF) на 2011-07-25.
  14. ^ «Виртуальный физиологический человек». Архивировано из оригинал на 2011-05-07.
  15. ^ M.C. Вилла-Уриол, И. Ларрабиде, Дж. М. Посо, Х. Богунович, П. Омедас, В. Барбарито, Л. Каротенуто, К. Риккобене, X. Planes, Ю. Мартелли, А.Дж. Гирс и А.Ф. Франги, AngioLab: интегрированная технология для индивидуального лечения внутричерепных аневризм, 32-я ежегодная международная конференция Общества инженеров IEEE в медицине и биологии (EMBS), Буэнос-Айрес, Аргентина, 2010 г.
  16. ^ «Набор инструментов ГИМИАС для разрыва аневризмы». вф-ное. Архивировано из оригинал на 2011-07-20.
  17. ^ «Создание конвейера для моделирования сердечной ресинхронизирующей терапии in-silico». вф-ное. п. 11. Архивировано из оригинал на 2011-07-20.
  18. ^ Б. Марти; Ó. Эстебан; X. Самолеты; П. Омедас; Г. Волльни; Детская кроватка; X. Сетоаин; А. Франги; М. Ледесма-Карбайо; Дж. Павия (2009). «FocusDET: программный инструмент для определения эпилептогенных очагов при трудноизлечимой парциальной эпилепсии». ENAM.[постоянная мертвая ссылка ]
  19. ^ «Расписание презентаций конференции VPH2010». вф-ное. Архивировано из оригинал на 2011-07-20.

внешние ссылки