Общегеномное значение - Genome-wide significance - Wikipedia

В полногеномные ассоциации исследований, общегеномное значение (сокращенно GWS) - конкретный порог для определения Статистическая значимость сообщенного ассоциация между данным однонуклеотидный полиморфизм (SNP) и заданный черта. Наиболее общепринятый порог п < 5 × 10−8, который основан на выполнении Коррекция Бонферрони для всех независимых общих SNP через человеческий геном.[1] Если п-значение оказалось ниже этого порога в исследовании ассоциации на уровне всего генома, нулевая гипотеза при отсутствии истинной ассоциации SNP обычно будет отклонен.[2] Тем не менее, этот порог подвергался некоторой критике: исследование 2012 г. показало, что значительное количество ассоциаций с п-значения чуть выше этого порога являются подлинными, воспроизводимыми ассоциациями. Авторы этого исследования пришли к выводу, что их открытие «... предполагает возможное ослабление текущего порога GWS».[3] Совсем недавно было предложено изменить обычный порог, чтобы учесть растущую распространенность низко-частота генетические варианты в полногеномных ассоциативных исследованиях.[4]

Рекомендации

  1. ^ Сюй, Чанцзян; Тачмазиду, Иоанна; Вальтер, Клаудиа; Чампи, Антонио; Зеггини, Элефтерия; Гринвуд, Селия М. Т .; Консорциум UK10K (апрель 2014 г.). «Оценка общегеномной значимости для исследований полногеномного секвенирования: общегеномная значимость для редких вариантов». Генетическая эпидемиология. 38 (4): 281–290. Дои:10.1002 / gepi.21797. ЧВК  4489336. PMID  24676807.
  2. ^ Рёдер, Кэтрин; Вассерман, Ларри (ноябрь 2009 г.). «Уровни значимости для всего генома и взвешенная проверка гипотез». Статистическая наука. 24 (4): 398–413. Дои:10.1214 / 09-STS289. ISSN  0883-4237. ЧВК  2920568. PMID  20711421.
  3. ^ Панайоту, Орестис А; Иоаннидис, Джон П.А.; для проекта общегеномной значимости (февраль 2012 г.). «Каким должен быть порог значимости для всего генома? Эмпирическое воспроизведение пограничных генетических ассоциаций». Международный журнал эпидемиологии. 41 (1): 273–286. Дои:10.1093 / ije / dyr178. ISSN  0300-5771. PMID  22253303.
  4. ^ Фадиста, Жоао; Manning, Алиса К .; Флорес, Хосе С .; Groop, Лейф (август 2016). «Известный (не) известный порог значения P GWAS пересмотрен и обновлен для низкочастотных вариантов». Европейский журнал генетики человека. 24 (8): 1202–1205. Дои:10.1038 / ejhg.2015.269. ISSN  1476-5438. ЧВК  4970684. PMID  26733288.