Haploview - Haploview
Haploview[1] обычно используется программное обеспечение для биоинформатики который предназначен для анализа и визуализации закономерностей нарушение равновесия по сцеплению (LD) в генетический данные. Haploview также может выполнять ассоциативные исследования, выбирая тегSNP[2] и оценка гаплотип частоты. Haploview разработан и поддерживается Доктор Марк Дэйли лаборатория в Массачусетский технологический институт /Гарвард Broad Institute.
В настоящее время Haploview поддерживает следующие функции:
- Анализ LD и гаплотипических блоков
- Оценка частоты популяции гаплотипов
- Тесты на ассоциацию отдельных SNP и гаплотипов
- Перестановка проверка значимости ассоциации
- Реализация алгоритма выбора SNP Tagger tag Пола де Баккера
- Автоматический скачать поэтапных данных генотипа из HapMap
- Визуализация и построение графиков результатов ассоциации всего генома PLINK, включая расширенные параметры фильтрации
Рекомендации
- ^ Barrett J.C .; Fry B .; Maller J .; Дэйли М.Дж. (2005). «Haploview: анализ и визуализация LD и карт гаплотипов». Биоинформатика. 21 (2): 263–5. Дои:10.1093 / биоинформатика / bth457. PMID 15297300.
- ^ де Баккер П. И .; Еленский Р .; Pe'er I .; Габриэль С.Б .; Дэйли М. Дж .; Альтшулер Д. (2005). «Эффективность и мощность в исследованиях генетических ассоциаций». Природа Генетика. 37 (11): 1217–23. Дои:10,1038 / ng1669. PMID 16244653.