Институт геномики и интегративной биологии - Institute of Genomics and Integrative Biology

CSIR Институт геномики и интегративной биологии
Институт геномики и интегративной биологии.svg
СокращениеCSIR-IGIB
ДевизПартнер по знаниям в области геномики
Учредил1977
ТипПравительственная организация
ЦельПереводить концепции, разработанные в фундаментальных биологических исследованиях, в коммерчески жизнеспособные технологии для здравоохранения.
Место расположения
  • Сухдев Вихар, Матхура Роуд,
    Дели -110 025.
Директор
Анураг Агравал
Головная организация
Совет научных и промышленных исследований
Интернет сайтwww.igib.res.в
CSIR-IGIB Южный кампус

CSIR Институт геномики и интегративной биологии (CSIR-IGIB) является научным исследовательский институт посвящена в первую очередь биологическим исследованиям. Это часть Совет научных и промышленных исследований (CSIR), Индия.[1]

Институт был основан в 1977 году как Центр биохимических технологий с основным акцентом на биохимические исследования, но с тех пор сместил фокус своих исследований на интегративную биологию.

Место расположения

Институт имеет два кампуса в Дели. Северный кампус является более старым из двух кампусов и находится в кампусе Университет Дели, на Молл-роуд напротив Юбилейного зала. Новый кампус находится в Южный Дели, на дороге Матхура в Сухдев Вихар.

История

IGIB был основан в 1977 году как Центр биохимических технологий (CBT). Подразделение функциональной геномики было создано в 1998 году, и его внимание сместилось с химических исследований на геномику. В 2002 году институт был переименован в «Институт геномики и интегративной биологии».

Достижения

В 2009 году команда института выполнила геном дикого типа данио, примерно с 1,7 миллиардами пар оснований. Это сделало рыбу, которая является родной для Гималайский область, первая позвоночное животное чтобы секвенировать весь его геном в Индии, поскольку ранее индийские ученые секвенировали только геномы бактерий и растений.[2][3]

В декабре 2009 года ученые IGIB выполнили первое в Индии повторное секвенирование генома человека.[4][5][6] Институт также участвовал в расшифровке первого шри-ланкийского [7][8] геном и малазийский геном.[9] Институт также является членом Консорциума Open Personal Genomics.[10]

COVID-19 пандемия:

Исследователи института сообщили о первом высокопроизводительном[11] подход на основе секвенирования нового поколения для выявления и генетической эпидемиологии SARS-CoV-2.[12] Этот подход широко использовался для понимания генетической эпидемиологии SARS-CoV-2 в состоянии Керала,[13] что существенно повлияло на политику и готовность штата к сдерживанию распространения эпидемии.

Исследователи института также сообщили о первых случаях повторного заражения COVID-19 в стране.[14] помимо идентификации новой клады SARS-CoV-2 в Индии под названием I / A3i.[15] Поддерживается полный набор вычислительных ресурсов для понимания геномов и генетической эпидемиологии SARS-CoV-2.[16]

Исследователи из CSIR-IGIB также разработали тест под названием FELUDA на основе Редактирование генов CRISPR который является высокоэффективным и быстрым для борьбы с испытательным потенциалом страны и был одобрен Генеральный контролер по наркотикам Индии. Тест имеет лицензию на Тата Групп для коммерческого производства.[17]

Геномика редких генетических заболеваний

Институт инициировал уникальную программу по использованию передовых геномных технологий для понимания редких генетические заболевания в Индии и пионером в применении геномики для Точная медицина в клиниках. Одной из программ, инициированных в этом направлении, является «Геномика для понимания редких заболеваний», Сеть индийского альянса (ГВАРДИАН).[18] GUaRDIAN - это крупномасштабная совместная сеть клиницистов со всей Индии, пытающихся использовать геномику в клинической практике, с основной целью понять генетическую структуру редких генетических заболеваний в Индии.[19]

Консорциум стремится использовать передовые технологии геномики, чтобы позволить идентифицировать генетические вариации в заболеваниях и позволить клиницистам ставить точный диагноз для редких генетических заболеваний. Помимо тесного сотрудничества с клиницистами, консорциум нацелен на содействие просвещению, осведомленности и широкому внедрению геномных технологий в клинических условиях, а также на создание и распространение высочайших стандартов генерации и интерпретации геномных данных в Индии.[20]

За несколько лет он смог тесно сотрудничать с клиницистами в сети, чтобы иметь возможность предоставить доказательства принципов применения геномики для точной медицины.[21][22][23] Также действует комплексная программа для направления пациентов.[24]

Программа IndiGen для общественного здравоохранения

Программа IndiGen по геномике общественного здравоохранения[25] стремится провести полное секвенирование генома 1000 индейцев, представляющих различные этнические группы из Индии. Данные, полученные в рамках IndiGen, предоставят основу для частот аллелей генетических вариантов для генетической эпидемиологии и принятия политических решений. Частоты клинически значимых генетических вариантов могли бы сформировать шаблон для включения диагностических подходов для распространенных генетических заболеваний, а также для оптимизации терапии с помощью фармакогеномики. Также доступен всеобъемлющий ресурс, обеспечивающий доступ к данным с возможностью поиска.[26]

Центры расширения (филиалы)

Главный кампус IGIB расположен на Молл-Роуд, Нью-Дели, недалеко от Северного кампуса Университета Дели. Альянс IGIB с Biotech / Pharmaceuticals привел к его росту и созданию двух центров распространения знаний - одного в Южном Дели (приложение IGIB в TCGA, Охла) и другого в Западном Дели в Нарайне.

Международные встречи

IGIB был одним из организаторов 13-го заседания Организация генома человека (HUGO) в 2008 г., проходившая в Международный конференц-центр Хайдарабада.[27]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Веб-сайт Совета научных и промышленных исследований Индии В архиве 2015-09-27 на Wayback Machine.
  2. ^ Веб-страница генома данио В архиве 19 июля 2018 в Wayback Machine 'Институт геномики и интегративной биологии' (ИГИБ)
  3. ^ Расшифровка тайны генома Индийский экспресс, 5 июля 2009 г.
  4. ^ Индийские ученые расшифровали геном человека Индийский экспресс, 10 декабря 2009 г.[мертвая ссылка ]
  5. ^ * Патовари А., Пурканти Р., Сингх М., Чаухан Р.К., Бхартия Д., Двиведи О.П. и др. (Июль 2012 г.). «Систематический анализ и функциональная аннотация вариаций генома индейца». Человеческая мутация. 33 (7): 1133–40. Дои:10.1002 / humu.22091. PMID  22461382. S2CID  11466942.CS1 maint: ref = harv (связь) [1]
  6. ^ Сборник новостных статей и пресс-релизов по индийскому геному, 10 декабря 2009 г.
  7. ^ «Шри-Ланкийский геном». Архивировано из оригинал 18 февраля 2013 г.. Получено 17 января 2013.
  8. ^ Dissanayake VH, Samarakoon PS, Scaria V, Patowary A, Sivasubbu S, Gokhale RS и др. (2012). «Шри-ланкийский проект личного генома: обзор». Шри-Ланкийский журнал биомедицинской информатики. 1 (2): 4–8.CS1 maint: ref = harv (связь) [2] В архиве 5 апреля 2013 г. Wayback Machine
  9. ^ "Свадебный день Ancilleries".[постоянная мертвая ссылка ]
  10. ^ «Консорциум OpenPGx». Архивировано из оригинал 18 декабря 2017 г.. Получено 7 ноября 2018.
  11. ^ «Планируется открыть мегалабраны в четырех штатах для усиления наблюдения». Hindustan Times. 24 сентября 2020 г.. Получено 30 октября 2020.
  12. ^ Bhoyar, Rahul C .; Джайн, абхинав; Сегал, Парас; Дивакар, Мохит Кумар; Шарма, Диша; Имран, Мохамед; Веселый, Бани; Ранджан, Гьян; Рофина, Милосердие; Шарма, Сумит; Сивах, Санджай (10 августа 2020 г.). «Высокопроизводительное обнаружение и генетическая эпидемиология SARS-CoV-2 с использованием секвенирования нового поколения COVIDSeq». bioRxiv: 2020.08.10.242677. Дои:10.1101/2020.08.10.242677. S2CID  221141897.
  13. ^ Майя, К. (12 сентября 2020 г.). «Путешествие между штатами принесло в Кералу штаммы коронавируса: исследование». Индуистский. ISSN  0971-751X. Получено 30 октября 2020.
  14. ^ Гупта, Вивек; Bhoyar, Rahul C .; Джайн, абхинав; Шривастава, Саураб; Упадхайай, Рашми; Имран, Мохамед; Веселый, Бани; Дивакар, Мохит Кумар; Шарма, Диша; Сегал, Парас; Ранджан, Гьян (2020). «Бессимптомная реинфекция у 2 медицинских работников из Индии с генетически определенным тяжелым острым респираторным синдромом, коронавирусом 2». Клинические инфекционные болезни. Дои:10.1093 / cid / ciaa1451. ЧВК  7543380. PMID  32964927.
  15. ^ Бану, София; Веселый, Бани; Мукерджи, Пайел; Сингх, Прия; Хан, Шагуфта; Завери, Ламук; Шамбхави, Сакши; Гаур, Намами; Редди, Шашикала; Kaveri, K .; Шринивасан, Шивасубраманян (2020). «Отдельный филогенетический кластер индийских изолятов SARS-CoV-2». Открытый форум по инфекционным заболеваниям. Дои:10.1093 / ofid / ofaa434. ЧВК  7543508.
  16. ^ «Генетическая эпидемиология новых и появляющихся патогенов в Индии». clingen.igib.res.in. Получено 30 октября 2020.
  17. ^ Раджалакшми, Ниранджана (28 октября 2020 г.). «Разъяснение: как работает тест Feluda COVID-19 в Индии?». Проволочная наука. Получено 30 октября 2020.
  18. ^ Геномика для понимания редких заболеваний Сеть альянса Индии (ГВАРДИАН)
  19. ^ Сивасуббу С., Скария В. и др. (Консорциум GUaRDIAN) (сентябрь 2019 г.). «Геномика редких генетических заболеваний - опыт Индии». Геномика человека. 14 (1): 52. Дои:10.1186 / s40246-019-0215-5. ЧВК  6760067. PMID  31554517.
  20. ^ Скария В., Сивасуббу С. (2015). Анализ и интерпретация последовательности экзома - Руководство для врачей (Первое изд.). Читательский рай. ISBN  978-93-82110-58-3.
  21. ^ Гупта А., Шарма Ю.К., Веллариккал С.К., Джаяраджан Р., Диксит В., Верма А. и др. (Апрель 2016 г.). «Секвенирование всего экзома решает диагностическую дилемму в редком случае спорадического бородавчатого акрокератоза». Журнал Европейской академии дерматологии и венерологии. 30 (4): 695–7. Дои:10.1111 / jdv.12983. PMID  25622760. S2CID  35181817.CS1 maint: ref = harv (связь)
  22. ^ Гупта А., Шарма Ю., Део К., Веллариккал С., Джаяраджан Р., Диксит В. и др. (2015). «Отчет о клиническом случае: секвенирование всего экзома помогает в точной молекулярной диагностике у братьев и сестер с редким сочетанием унаследованной от отца дупликации 22q12 и аутосомно-рецессивного несиндромального ихтиоза». F1000 Исследования. 4: 446. Дои:10.12688 / f1000research.6779.1. ЧВК  4648218. PMID  26594337.CS1 maint: ref = harv (связь)
  23. ^ Веллариккал С.К., Патовари А., Сингх М., Кумари Р., Фарук М., Мастер Д.К. и др. (2014). «Секвенирование экзома выявляет новую мутацию p.L325H в гене KRT5, ассоциированную с аутосомно-доминантным эпидермолизом простого буллезного типа по Кёбнеру в большой семье из западной Индии». Вариация генома человека. 1 (1): 14007. Дои:10.1038 / hgv.2014.7. ЧВК  4785511. PMID  27081501.CS1 maint: ref = harv (связь)
  24. ^ Страница направления пациентов Genomics for Understanding Rare Diseases India Alliance Network (GUaRDIAN)
  25. ^ «Геномика для общественного здравоохранения». sites.google.com. Получено 3 сентября 2019.
  26. ^ Джайн, абхинав; Bhoyar, Rahul C .; Пандхаре, Кавита; Мишра, Анушри; Шарма, Диша; Имран, Мохамед; Сентхивел, Виннешвар; Дивакар, Мохит Кумар; Рофина, Милосердие; Веселый, Бани; Батра, Аруши (2020). «IndiGenomes: исчерпывающий ресурс генетических вариантов из более чем 1000 индийских геномов». Исследования нуклеиновых кислот. Дои:10.1093 / нар / gkaa923. PMID  33095885.
  27. ^ Сайт HGM-2008 В архиве 2 октября 2016 г. Wayback Machine.

внешняя ссылка