Джеффри Сколник - Jeffrey Skolnick

Джеффри Сколник
Родившийся
Бруклин, Нью-Йорк
Известенвычислительные методы анализа структуры белков
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
ТезисИсследования на стержнеобразной модели полиэлектролита. (1978)
ДокторантПрофессор Маршалл Фиксман; Кандидат наук.
Интернет сайтwww.биология.gatech.edu/люди/ Джеффри-Скольник

Джеффри Сколник американец компьютерный биолог. В настоящее время он Технологический институт Джорджии Профессор биологии, директор Центр изучения системной биологии, кресло Мэри и Мэйси Гибсон, Исследовательский Альянс Джорджии Выдающийся ученый в области вычислительной системной биологии, директор Институт интегративных биосистем, а ранее был научным консультантом в Intellimedix.[1]

Он сосредоточился на разработке вычислительных алгоритмов и их применении к протеомам для прогнозирования структуры и функции белков, прогнозирования взаимодействий низкомолекулярный лиганд-белок с приложениями к открытию лекарств, прогнозированию нецелевого использования существующих лекарств и исследование взаимодействия между физикой белка и эволюцией в определении структуры и функции белка.

Сколник наиболее известен тем, что продемонстрировал, что количество лиганд карманы для переплетов в белках довольно мало, что оправдывает вероятность того, что крупномасштабное перепрофилирование лекарств будет работать. Это в сочетании с возможностью использовать предсказанные, а также экспериментальные структуры в виртуальном скрининге лигандов с более высокой точностью и точностью, чем существующие подходы, позволит идентифицировать одобренные FDA препараты с новыми механизмами действия с помощью вычислений с высокой вероятностью успеха эксперимента.[2][3][4]

Основные открытия

Полнота библиотеки белковых структур и взаимодействий.

Сколник был первым, кто продемонстрировал, что библиотека однодоменных белковых структур, вероятно, полная, и что наблюдаемые складки в природе возникают из-за ограничения плотных полимерных цепей. Он также продемонстрировал, что ограничение этих плотных полимерных цепей плюс гидродинамические взаимодействия были доминирующим фактором диффузионных процессов в клетках. Более того, гидродинамические взаимодействия привели к крупномасштабным временным и пространственным корреляциям, которые могут иметь важные функциональные последствия.[2][3][5][6]

Моделирование гомологии лигандов

Он также был пионером в области моделирования гомологии лигандов с его основанным на потоках подходом FINDSITE для вывода функций белков, предсказания сайтов связывания и виртуального скрининга лигандов. Исследование показало, что удаленно связанные белки, идентифицированные с помощью нити, часто имеют общий сайт связывания лиганда, занятый химически подобными лигандами, которые содержат сильно консервативные якорные функциональные группы, а также вариабельную область, которая объясняет их специфичность связывания. Эти идеи позволяют использовать предсказанные структуры с низким разрешением для скрининга лигандов / предсказания позы связывания со сравнимой точностью с экспериментальными структурами с высоким разрешением. При виртуальном скрининге лигандов последняя версия FINDSITEcomb, как было показано, работает намного лучше, чем более традиционные подходы виртуального скрининга как для предсказанных, так и для экспериментальных структур с высоким разрешением.[7][8]

Прогноз структуры белка ТАССЕР

Он также разработал подход к предсказанию структуры белка TASSER, варианты которого наиболее эффективны в CASP и основа для И-ТАССЕР служба. ТАССЕР был одним из первых методов, модели которых ближе к нативной структуре, чем к исходному шаблону.[9][10]

Длина электростатической стойкости Odijk-Skolnick-Fixman

Сколник доктор философии. В диссертации «Исследования на стержнеобразной модели полиэлектролита» вместе с Фиксманом и Одийком была разработана теория длины электростатической стойкости в полиэлектролитах, ныне известных как Длина электростатической стойкости Odijk-Skolnick-Fixman который до сих пор считается классическим эталоном.[11][12]

Образование

Сколник с отличием окончил Вашингтонский университет в 1975 году со степенью бакалавра химии. После Вашингтонского университета он перешел в Йель, где получил степень магистра химии в 1977 году и доктора философии. в химии всего год спустя, в 1978 году.

Его докторская степень. Диссертация на тему «Исследования стержневой модели полиэлектролита» была посвящена статистической механике полимеров совместно с доктором Маршаллом Фиксманом. Методы, описанные Сколником и Фиксманом и независимо разработанные Тео Одийком, до сих пор используются в качестве основы для определения длины электростатической стойкости полиэлектролитов.[11]

Академическое признание

Награды

Сколник был признан членом Американской ассоциации содействия развитию науки, Биофизического общества и Академии наук Сент-Луиса. Он также был удостоен исследовательской стипендии Альфреда П. Слоана.[13][14][15][16]

Журналы и редколлегии

ДатыЖурнал
2012 – настоящее времяРедакционная коллегия PeerJ[17]
2012 – настоящее времяРедактор секции структурной биологии, Biology Direct[18]
2011 – настоящее времяРедакционная коллегия журнала Current Bioinformatics[19]
2005 – настоящее времяРедакционная коллегия Biology Direct[18]
2005 – настоящее времяРедакционный совет, Protein Science[20]
1998 – настоящее времяРедакция журнала Proteins[21]

Он также является соучредителем компании GeneFormatics, занимающейся ранней структурной протеомикой, и его программное обеспечение было коммерциализировано Tripos.[22]

Профессиональная карьера

ДатыПозиция
2010 – настоящее времяДиректор Института интегрированных биосистем Технологического института Джорджии[1]
2008 – настоящее времяМэри и Мэйси Гибсон Кафедра вычислительной системной биологии[23]
2008–2010Заместитель директора Института интегрированных биосистем Технологического института Джорджии[1]
2007–2012Адъюнкт-профессор школы химии и биохимии Технологического института Джорджии
2006 – настоящее времяДиректор Центра изучения системной биологии Технологического института Джорджии[1]
2006 – настоящее времяВыдающийся ученый GRA, вычислительная системная биология [1]
2006 – настоящее времяПрофессор школы биологии Технологического института Джорджии[24]
2002–2005Директор Центра передового опыта в области биоинформатики Буффало[25]
2002–2005Профессор структурной биологии, Университет Буффало[26]
1999–2002Директор по вычислительной / структурной биологии, Научный центр растений Данфорта[27]

Патенты

Патент № 5265030, выдан 23.11.1993. Система и метод определения трехмерной структуры белков. Джеффри Сколник и Анджей Колински Изобретатели.[28]

Патент № 5,933,819, выдан 03.08.1999. Прогнозирование относительных мотивов связывания биологически активных пептидов и пептидных миметиков. Джеффри Сколник, Мариуш Милик и Анджей Колински Изобретатели.[29]

Патент № 6631332, выдан 07.10.2003. Методы использования дескрипторов функциональных сайтов и прогнозирования функции белков. Джеффри Сколник и Жаклин С. Фетроу Изобретатели.[30]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е «SURA награждает технического биолога Джорджии выдающимся ученым». Еженедельник протеомики. NewsRX. 24 марта 2014 г. Архивировано с оригинал 29 марта 2015 г.. Получено 3 августа 2014.
  2. ^ а б Zhang, Y .; Hubner, I.A .; Аракаки, ​​А.К .; Шахнович, Э .; Сколник, Дж. (14 февраля 2006 г.). «О происхождении и весьма вероятной полноте однодоменных белковых структур». Труды Национальной академии наук. 103 (8): 2605–2610. Дои:10.1073 / pnas.0509379103. ЧВК  1413790. PMID  16478803.
  3. ^ а б Сколник, Джеффри; Чжоу, Хунъи; Брылински, Михал (14 июня 2012 г.). «Дальнейшие доказательства вероятной полноты библиотеки решенных однодоменных белковых структур». Журнал физической химии B. 116 (23): 6654–6664. Дои:10.1021 / jp211052j. ЧВК  3351587. PMID  22272723.
  4. ^ «Исследование протеина предполагает, что побочные эффекты лекарств неизбежны». Открытие наркотиков сегодня. 23 мая 2013 года.
  5. ^ Чжан, Ян (2009). «Прогноз структуры белка: когда это полезно?». Текущее мнение в структурной биологии. 19 (2): 145–155. Дои:10.1016 / j.sbi.2009.02.005. ЧВК  2673339. PMID  19327982.
  6. ^ Зальцман, Кирсти. «Моделирование движения молекул внутри клеток». Национальные институты здоровья.
  7. ^ Брылинский, М .; Сколник, Дж. (28 декабря 2007 г.). «Метод на основе потоков (FINDSITE) для предсказания лиганд-связывающего сайта и функциональной аннотации». Труды Национальной академии наук. 105 (1): 129–134. Дои:10.1073 / pnas.0707684105. ЧВК  2224172. PMID  18165317.
  8. ^ Карипис, Джордж; Рангвала, Хузефа (16 марта 2011 г.). Введение в прогнозирование структуры белка: методы и алгоритмы. Джон Вили и сыновья. п. 349. ISBN  978-1-118-09946-9.
  9. ^ Чжан, Ян; Аракаки, ​​Адриан К .; Сколник, Джеффри (2005). «ТАССЕР: автоматизированный метод предсказания третичных структур белков в CASP6». Белки: структура, функции и биоинформатика. 61 (S7): 91–98. Дои:10.1002 / prot.20724. PMID  16187349.
  10. ^ Рой, Амбриш; Кучукурал, Альпер; Чжан, Ян (25 марта 2010 г.). «I-TASSER: единая платформа для автоматизированного прогнозирования структуры и функции белков». Протоколы природы. 5 (4): 725–738. Дои:10.1038 / nprot.2010.5. ЧВК  2849174. PMID  20360767.
  11. ^ а б Сколник, Джеффри; Фиксман, Маршалл (1977). «Длина электростатической стойкости червеобразного полиэлектролита». Макромолекулы. 10 (5): 944–948. Дои:10.1021 / ma60059a011.
  12. ^ Диас, Рита; Линдман, Бьорн. Взаимодействие ДНК с полимерами и поверхностно-активными веществами. Джон Вили и сыновья. п. 26.
  13. ^ "Прошлые стипендиаты". Фонд Альфреда П. Слоана. Архивировано из оригинал 25 февраля 2016 г.. Получено 3 августа 2014.
  14. ^ "Новости и заметки AAAS". Американская ассоциация развития науки. Архивировано из оригинал 30 июля 2012 г.
  15. ^ «Стипендиат премии Биофизического общества». biophysics.org. Биофизическое общество. Получено 3 августа 2014.
  16. ^ "Товарищи Академии". academyofsciencestl.org. Академия наук Сент-Луиса. Получено 3 августа 2014.
  17. ^ «Экспертный совет и редакторы вычислительной биологии». http://peerj.com/. PeerJ. Получено 3 августа 2014. Внешняя ссылка в | сайт = (помощь)
  18. ^ а б "Редакционная коллегия". biologydirect.com. Биология Директ. Получено 3 августа 2014.
  19. ^ "Редакция ::: Современная биоинформатика". Bentham Science. Получено 3 августа 2014.
  20. ^ "Наука о протеине - Редакционная коллегия - Интернет-библиотека Wiley". Белковая наука. Дои:10.1002 / (ISSN) 1469-896X.
  21. ^ "Белки: структура, функции и биоинформатика - Редакционная коллегия - Wiley Online Library". Белки: структура, функции и биоинформатика. Дои:10.1002 / (ISSN) 1097-0134.
  22. ^ Хёрр, Дороти. «Бизнес биотехнологий». Колледж Олбрайт. Получено 3 августа 2014.
  23. ^ "ВСЕМИРНЫЙ КОНГРЕСС НАРКОТИКОВ И ТЕРАПИИ 2015". ddtwc.com/. Архивировано из оригинал 11 августа 2014 г.. Получено 3 августа 2014.
  24. ^ «Технологические исследования Джорджии показывают, что побочные эффекты лекарств неизбежны». Глобальная биозащита. Стемар Медиа Групп, ООО. Получено 3 августа 2014.
  25. ^ Друри, Трейси (1 марта 2004 г.). "Ученые-биоинформатики воодушевлены Симпсоном из UB". Buffalo Business First. Деловые журналы. Получено 3 августа 2014.
  26. ^ "UB Honors Pataki, приветствует нового директора по биоинформатике". WBFO Buffalo's NPR News Station. 10 мая 2002 г.. Получено 3 августа 2014.
  27. ^ Хопкин, Карен (12 июня 2002 г.). «Вычислительные биологи присоединяются к разряду». Bio-ITWorld. Кембриджский институт медицинских технологий. Получено 3 августа 2014.
  28. ^ Патент США 5265030 
  29. ^ Патент США 5933819 
  30. ^ Патент США 6631332 

внешняя ссылка