LiSiCA - LiSiCA - Wikipedia
| Разработчики) | Insilab (Национальный институт химии Словении) |
|---|---|
| изначальный выпуск | 2015 |
| Написано в | Python |
| Операционная система | Unix-подобный, Windows |
| Тип | плагин |
| Интернет сайт | инсилаб |
LiSiCA (ЛиGand Siсхожесть с использованием Cжидкость Аlgorithm) представляет собой программное обеспечение виртуального скрининга на основе лигандов, которое ищет 2D- и 3D-сходства между эталонным соединением и базой данных целевых соединений, которая должна быть представлена в формате Mol2. Сходства выражаются с помощью Коэффициенты Танимото и соответственно ранжируются целевые соединения. LiSiCA также доступен как LiSiCA. PyMOL плагин для операционных систем Linux и Windows.
Описание
В качестве входных данных для LiSiCA требуется как минимум одно эталонное соединение и база данных целевых соединений. Для трехмерного скрининга эта база данных должна быть предварительно созданной базой данных конформаций мишени, а для двумерного скрининга - топологией, то есть списком атомов и связей для каждого целевого соединения. На каждом этапе алгоритм сравнивает эталонное соединение с одним из соединений из целевых соединений на основе их 2D или 3D представления. Оба соединения (молекулы) преобразуются в молекулярные графы. В 2D и 3D просмотре вершины молекулярного графа представляют собой атомы. В 2D-экранировании ребра молекулярного графа представляют собой ковалентные связи, а в 3D-экранировании рёбра рисуются между каждой парой вершин и не имеют химического значения. Затем выполняется поиск графа продукта, созданного на основе молекулярных графов, с помощью быстрого алгоритм максимальной клики[1][2] найти самую большую субструктуру, общую для обоих соединений. Сходство между соединениями рассчитывается с использованием коэффициентов Танимото, а целевые соединения ранжируются в соответствии с их коэффициентами Танимото.
Обзор возможностей
LiSiCA может искать 2D и 3D сходства между эталонным соединением и базой данных целевых соединений. Он принимает в качестве входных данных по крайней мере одно эталонное соединение и базу данных целевых соединений. По умолчанию он возвращает только соединение, наиболее близкое к эталонному соединению из всех соединений в базе данных целевых соединений. Другие необязательные параметры, которые использует LiSiCA:
- Количество используемых потоков ЦП
Значение по умолчанию: по умолчанию - попытаться определить количество процессоров и использовать их все или, в противном случае, использовать 1 - Размер диаграммы продукта
Возможный ввод: 2, 3
Значение по умолчанию: 2 - Максимально допустимая разница пространственных расстояний между атомами для трехмерного графика продукта, измеренная в ангстремах
Значение по умолчанию: 1.0 - Максимально допустимая разница кратчайших путей для двухмерного графа продукта, измеренная в количестве ковалентных связей между атомами
Значение по умолчанию: 1 - Учитывайте водород
Значение по умолчанию: False - Количество молекул с наивысшим рейтингом для записи в вывод
Значение по умолчанию: 0 - Максимально допустимое количество выводимых конформ с наивысшей оценкой
Значение по умолчанию: 1
Кроме того, плагин LiSiCA PyMOL также предлагает загружать сохраненные результаты.
История
Интересен тот факт
Слово lisica в Словенский язык означает лису, поэтому логотип программного обеспечения LiSiCA - лиса, держащая две молекулы.
использованная литература
- ^ Янез Конц; Душанка Янезич (2007). «Улучшенный алгоритм ветвей и границ для задачи максимальной клики» (PDF). MATCH-коммуникации в математической и компьютерной химии. 58 (3): 569–590.
- ^ Матяз Деполли; Янез Конц; Кати Розман; Роман Тробец; Душанка Янежич (2013). «Точный параллельный алгоритм максимальной клики для общих и белковых графов». Журнал химической информации и моделирования. 53 (9): 2217–2228. Дои:10.1021 / ci4002525. PMID 23965016.
- ^ Само Лешник; Таня Штулар; Борис Брус; Дамиджан Кнез; Станислав Гобец; Душанка Янежич; Янез Конц (2015). «LiSiCA: программное обеспечение для виртуального скрининга на основе лигандов и его применение для обнаружения ингибиторов бутирилхолинэстеразы». Журнал химической информации и моделирования. 55 (8): 1521–1528. Дои:10.1021 / acs.jcim.5b00136. PMID 26158767.
- ^ Атира Дилип; Само Лешник; Таня Штулар; Душанка Янежич; Янез Конц (2016). «Интерфейс виртуального скрининга на основе лигандов между PyMOL и LiSiCA». Журнал химинформатики. 8 (46): 46. Дои:10.1186 / s13321-016-0157-z. ЧВК 5013575. PMID 27606012.