Lipothrixviridae - Lipothrixviridae

Lipothrixviridae
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:incertae sedis
Королевство:incertae sedis
Тип:incertae sedis
Учебный класс:incertae sedis
Заказ:Ligamenvirales
Семья:Lipothrixviridae
Роды

Lipothrixviridae это семья вирусы в порядке Ligamenvirales. Термофильный археи в королевстве Crenarchaeota служат естественными хозяевами. В настоящее время в этом семействе одиннадцать видов, разделенных на 4 рода.[1][2][3][4][5]

Таксономия

Группа: dsDNA

}}[2]

Семья состоит из четырех родов: Alphalipothrixvirus, Беталипотриксвирус, Гаммалипотриксвирус и Дельталипотриксвирус.[6] Они подразделяются на роды на основе их геномных свойств и разнообразия их концевых придатков, которые участвуют в распознавании клеток-хозяев. Первоначально предложенный род Alphalipothrixvirus, в том числе вирус 1 Thermoproteus tenax, был переименован Альфатристромавирус и переехал в семью Tristromaviridae.[7][8] В 2020 году род Alphalipothrixvirus воссоздан для классификации нитчатого вируса Sulfolobus 1 [9] и нитчатый вирус Sulfolobales Beppu 2.[10]

В роду Гаммалипотриксвирус когтеобразные структуры находятся на обоих концах вириона.

Члены Lipothrixviridae имеют общие структурные и геномные характеристики с вирусами из Rudiviridae семейство, которое содержит палочковидные вирусы без оболочки. Вирусы из двух семейств имеют линейные геномы дцДНК и имеют до девяти общих генов. Кроме того, нитчатые частицы рудивирусов и липотриксвирусов построены из структурно схожих, гомологичных основных белков капсида. Благодаря этим общим свойствам вирусы двух семейств классифицируются по порядку Ligamenvirales.[11]

Члены Ligamenvirales структурно связаны с вирусами семейства Tristromaviridae которые, как и липотриксвирусы, покрыты оболочкой и кодируют два паралогичных главных белка капсида с той же укладкой, что и у лигаменвирусов.[12] Из-за этих структурных сходств порядок Ligamenvirales и семья Tristromaviridae предлагалось объединить в класс Tokiviricetes (toki означает «нить» на грузинском языке и viricetes официальный суффикс класса вирусов).[12]

Вирусология

Вирусы бывают обволакивающими и нитевидными. Капсид значительно различается по длине - 410–1950 нанометров (нм) - и имеет диаметр 24–38 нм. Оболочка имеет однослойную структуру и включает липиды ди-фитанилтетраэфиров.

С обоих концов вирона есть выступы, идущие от ядра через оболочку. Сам капсид имеет удлиненную форму и спиральную симметрию. Сам сердечник винтовой.

Есть два основных белка капсида (MCP1 и MCP2). MCP1 и MCP2 образуют гетеродимер, который оборачивается вокруг линейного генома дцДНК, трансформируя его в А-форму. Взаимодействие между геномом и MCP приводит к конденсации генома в суперспираль вириона.[9][13][14] Геномы линейны, длиной до 40 т.п.н.[1]

РодСтруктураСимметрияКапсидГеномное расположениеГеномная сегментация
AlphalipothrixvirusНитчатыйСпиральныйОкутанныйЛинейныйОдночастный
BetalipothrixvirusНитчатыйСпиральныйОкутанныйЛинейныйОдночастный
ГаммалипотриксвирусНитчатыйСпиральныйОкутанныйЛинейныйОдночастный
ДельталипотриксвирусНитчатыйСпиральныйОкутанныйЛинейныйОдночастный

Жизненный цикл

Репликация вируса происходит в цитоплазме. Попадание в хозяйскую клетку достигается путем адсорбции на хозяйской клетке. Было обнаружено, что нитчатый вирус 1 Acidianus связывается с пили-подобными придатками клеток. Транскрипция с использованием шаблонов ДНК - это метод транскрипции. Археи служат естественным хозяином. Пути передачи - пассивное распространение.[1]

РодДетали хостаТканевый тропизмДетали входаДетали выпускаСайт репликацииСайт сборкиПередача инфекции
AlphalipothrixvirusАрчея: SaccharolobusНиктоИнъекцияНеизвестныйЦитоплазмаЦитоплазмаПассивная диффузия
БеталипотриксвирусАрчея: Ацидиан, SaccharolobusНиктоИнъекцияНеизвестныйЦитоплазмаЦитоплазмаПассивная диффузия
ГаммалипотриксвирусАрчея: АцидианНиктоИнъекцияНеизвестныйЦитоплазмаЦитоплазмаПассивная диффузия
ДельталипотриксвирусАрчея: АцидианНиктоИнъекцияНеизвестныйЦитоплазмаЦитоплазмаПассивная диффузия

Рекомендации

  1. ^ а б c «Вирусная зона». ExPASy. Получено 15 июн 2015.
  2. ^ а б ICTV. «Таксономия вирусов: выпуск 2014 г.». Получено 15 июн 2015.
  3. ^ Арнольд, Х.П., Зиллиг, У., Зизе, У., Хольц, И., Кросби, М., Аттербек, Т., Вайдманн, Дж. Ф., Кристьянсон, Дж. К., Кленк, Х. П., Нельсон, К. Э. и Фрейзер, К. (2000). Новый липотриксвирус, SIFV, чрезвычайно теплолюбивого кренархея Sulfolobus. Вирусология, 267, 252–266.
  4. ^ Janekovic, D., Wunderl S, Holz I, Zillig W., Gierl A, Neumann H (1983) TTV1, TTV2 и TTV3, семейство вирусов чрезвычайно термофильных анаэробных, восстанавливающих серу, archaeabacterium Thermoproteus tenax. Мол. Gen. Genet. 19239–19245
  5. ^ Беттштеттер, М., Пэн, X., Гарретт, Р.А. и Прангишвили, Д. (2003). AFV-1, новый вирус, поражающий гипертермофильные археи рода Acidianus. Вирусология, 315, 68–79.
  6. ^ Häring M, Vestergaard G, Brügger K, Rachel R, Garrett RA, Prangishvili D (2005) Структура и организация генома AFV2, нового липотриксвируса архей с необычными терминальными и основными структурами. J Bacteriol 187 (11): 3855–3858 Дои:10.1128 / JB.187.11.3855-3858.2005
  7. ^ Прангишвили, Д; Rensen, E; Мотидзуки, Т; Крупович, М; Отчет ICTV, Консорциум (февраль 2019 г.). "Профиль таксономии вирусов ICTV: Tristromaviridae". Журнал общей вирусологии. 100 (2): 135–136. Дои:10.1099 / jgv.0.001190. PMID  30540248.
  8. ^ "Отчет ICTV Tristromaviridae".
  9. ^ а б Лю, Y; Осинский, Т; Ванга, Ф; Крупович, М; Schouten, S; Kasson, P; Прангишвили, Д; Эгельман, EH (2018). «Структурная консервация в оболочечном нитчатом вирусе, заражающем гипертермофильный ацидофил». Nature Communications. 9 (1): 3360. Bibcode:2018NatCo ... 9.3360L. Дои:10.1038 / s41467-018-05684-6. ЧВК  6105669. PMID  30135568.
  10. ^ Лю, Y; Брандт, Д; Ишино, С; Ишино, У; Кунин, Э.В. Калиновский, Дж; Крупович, М; Прангишвили, Д (2019). «Новые вирусы архей, обнаруженные метагеномным анализом вирусных сообществ в накопительных культурах». Экологическая микробиология. 21 (6): 2002–2014. Дои:10.1111/1462-2920.14479. PMID  30451355.
  11. ^ Прангишвили Д, Крупович М (2012). «Новый предлагаемый таксон для двухцепочечных ДНК-вирусов, заказ» Ligamenvirales"". Arch Virol. 157 (4): 791–795. Дои:10.1007 / s00705-012-1229-7. PMID  22270758.
  12. ^ а б Ван, Фэнбинь; Бакеро, Диана П.; Су, Чжанли; Осинский, Томаш; Прангишвили, Давид; Эгельман, Эдвард Н; Крупович, Март (2020). «Структура нитевидного вируса раскрывает семейные связи в виросфере архей». Эволюция вирусов. 6 (1): veaa023. Дои:10.1093 / ve / veaa023. ЧВК  7189273. PMID  32368353.
  13. ^ Kasson, P; DiMaio, F; Yu, X; Lucas-Staat, S; Крупович, М; Schouten, S; Прангишвили, Д; Эгельман, EH (2017). «Модель новой мембранной оболочки нитчатого гипертермофильного вируса». eLife. 6: e26268. Дои:10.7554 / eLife.26268. ЧВК  5517147. PMID  28639939.
  14. ^ Ванга, Ф; Бакеро, Д.П .; Beltran, LC; Вс, З; Осинский, Т; Чжэн, Вт; Прангишвили, Д; Крупович, М; Эгельман, EH (2020). «Структуры нитчатых вирусов, инфицирующих гипертермофильные археи, объясняют стабилизацию ДНК в экстремальных условиях». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 117 (33): 19643–19652. Дои:10.1073 / pnas.2011125117. PMID  32759221.

внешняя ссылка