Марианна Фроммер - Marianne Frommer

Марианна Фроммер австралийский генетик. Она родилась в Гонконг и получил образование в Сиднейский университет - Бакалавр (с отличием) 1969 и доктор философии в 1976 году. Она наиболее известна разработкой протокола для картирования. Метилирование ДНК к бисульфитное геномное секвенирование.

Карьера

В начале своей карьеры Фроммер исследовала молекулярную биологию «сателлитных ДНК» в геноме человека. Она и ее коллега Джейн Проссер показали, что все классические спутники представляют собой простые повторяющиеся последовательности, богатые A + T.[1] Другим важным результатом была идентификация последовательности Alu (SINE) как части повторяющейся единицы в Satellite 1, тем самым показывая, что SINEs м. Быть часто повторяющимся компонентом центромерного гетерохроматина.[2]

Затем Фроммер определил хромосомные положения основных повторов простой последовательности, разработав новый метод нерадиоактивного мечения, основанный на включении бромдезоксиуридина в одноцепочечные зонды.[3] Метод был использован для очень точной локализации спутниковых повторов. Это исследование привело к наблюдению паттернов метилирования динуклеотидов CpG в секвенированной геномной повторяющейся ДНК.[нужна цитата ]

В 1984 году Фроммер провел исследовательский отпуск в лаборатории Адриана Берда и принял участие в характеристике так называемых островков HTF (HpaII Tiny Fragments) в геномах млекопитающих.[4] Она и ее аспирант Маргарет Гардинер-Гарден смогли идентифицировать эти геномные компоненты только по характеристикам последовательности ДНК, без предварительного знания статуса метилирования, и дали им название «CpG-острова».[5] Они показали, что CpG-островки являются отличительной особенностью геномов позвоночных и что CpG-острова связаны с генами. Они показали, что большинство нейральных и нейроэндокринных генов ассоциированы с CpG-островками, и поэтому предположили, что CpG-островки способствуют регулируемой транскрипции из нервных предшественников и развитию нервной ткани у ранних эмбрионов.[6]

В 1998 году Фроммер осознал, что должна быть возможность амплифицировать продукты реакции дезаминирования ДНК и различать метилированные и неметилированные молекулы с помощью дидезоксиквенирования.[7] Протокол Фроммера дал четкое положительное отображение остатков метилцитозина. Продукты ПЦР бисульфитных реакций можно секвенировать напрямую, чтобы измерить степень метилирования любого сайта CpG в популяции молекул ДНК. Особая сила метода заключалась в том, что клонирование и секвенирование продуктов ПЦР давали образцы метилирования или «карты» отдельных молекул ДНК.[8][9]

Фроммер и ее коллеги также разработали мощную модельную систему для изучения молекулярной биологии поведенческих характеристик и эволюционных процессов с использованием местных австралийских плодовых мух.[10][11]

Награды

Фроммер был избран член Австралийской академии наук в 2010 году. Два периода своей карьеры она работала неполный рабочий день.

Рекомендации

  1. ^ Фроммер М., Проссер Дж., Ткачук Д., Рейснер А.Х. и Винсент П.С. (1982). Простые повторяющиеся последовательности в сателлитной ДНК человека. Nucleic Acids Res. 10: 547-563.
  2. ^ Фроммер М., Проссер Дж. И Винсент П.С. (1984). Последовательности сателлита I человека включают специфичную для самцов тандемно повторяющуюся единицу длиной 2,47 т.п.н., содержащую одного члена семейства Alu на повтор. Nucleic Acids Res. 12: 2887-2900.
  3. ^ Фроммер М., Пол К. и Винсент П.С. (1988). Локализация сателлитных последовательностей ДНК на метафазных хромосомах человека с использованием зондов, меченных бромдезоксиуридином. Хромосома 97: 11-18.
  4. ^ Берд, А., Таггарт, М., Фроммер, М., Миллер, О.Дж. и Маклеод Д. (1985). Фракция генома мыши, происходящая из островков неметилированной, богатой CpG ДНК. Cell 40: 91-99.
  5. ^ Гардинер-Гарден М. и Фроммер М. (1987). CpG-островки в геномах позвоночных. J. Mol. Биол. 196: 261-282.
  6. ^ Гардинер-Гарден М. и Фроммер М. (1994). Транскрипты и CpG-островки, связанные с геном проопиомеланокортина и другими генами, экспрессируемыми нейронами. J. Mol. Эндокринол. 12: 365-382.
  7. ^ Фроммер М., Макдональд Л.Э., Миллар Д.С., Коллис К.М., Ватт Ф., Григг Г.В., Моллой П.Л. и Пол, К. (1992). Протокол геномного секвенирования, который дает положительное отображение остатков 5-метилцитозина в отдельных цепях ДНК. Proc. Natl. Акад. Sci. США 89: 1827-1831.
  8. ^ Кларк, С.Дж., Харрисон, Дж., Пол, К.Л. и Фроммер М. (1994). Картирование метилированных цитозинов с высокой чувствительностью. Nucleic Acids Res. 22: 2990-2997.
  9. ^ Кларк, С.Дж., Стэтхэм, А., Стирзакер, К., Моллой, П.Л. и Фроммер М. (2006). Метилирование ДНК: модификация и анализ бисульфита. Протоколы природы 1: 2353-2364.
  10. ^ Ан, X., Уилкс, К., Бастиан, Ю., Морроу, Дж. Л., Фроммер, М. и Рафаэль, К. (2002). Ген периода у двух видов плодовых мух тефритидов различается по поведению спаривания. Насекомое Mol. Биол. 11: 419-430.
  11. ^ Гилкрист, А.С., Ширман, округ Колумбия, Фроммер, М., Рафаэль, К.А., Дешпанде, Н.П., Уилкинс, М.Р., Шервин, В. и Свед, Дж. (Отправлено). Проект генома вредителя тефритиды плодовой мухи Bactrocera tryoni: ресурсы для геномного анализа гибридизующихся видов.