MiRBase - MiRBase

miRBase
MiRBase logo.png
Содержание
Описаниебаза данных микроРНК
Контакт
Исследовательский центрМанчестерский университет
АвторыАна Козомара
Основное цитированиеКозомара и др. (2011)[1]
Дата выхода2010
Доступ
Интернет сайтwww.mirbase.org

В биоинформатика, miRBase это биологическая база данных что действует как архив микроРНК последовательности и аннотации.[1][2][3][4] По состоянию на сентябрь 2010 г. он содержал информацию о 15 172 микроРНК.[1] К марту 2018 года это число выросло до 38589.[5] Реестр miRBase представляет собой централизованную систему для присвоения новых имен генам микроРНК.[6]

miRBase выросла из ресурса реестра микроРНК, созданного Сэмом Гриффитс-Джонсом в 2003 году.[7]

По словам Аны Козомары и Сэма Гриффитс-Джонса, miRBase преследует пять целей:[1]

  1. Обеспечить согласованную систему именования микроРНК
  2. Обеспечить центральное место для сбора всех известных последовательностей микроРНК
  3. Предоставлять информацию, читаемую человеком и компьютером, для каждой микроРНК.
  4. Обеспечить первичные доказательства для каждой микроРНК
  5. Для агрегирования и связи с целевой информацией о микроРНК

MiRBase содержит миРНК различных видов, принадлежащих к Альвеолаты, Хромальвеолаты, Metazoa, Mycetozoa, Viridiplantae и Вирусы. Для Viridiplantae, в выпуске 21 (2014) данные доступны для 73 разновидность. Это включает 4800 уникальных зрелых миРНК и 8480 последовательностей-предшественников.[8]

Текущая версия MiRBase - выпуск 22 (март 2018 г.).

Рекомендации

  1. ^ а б c d Козомара, А .; Гриффитс-Джонс, С. (2010). «MiRBase: интеграция аннотации микроРНК и данных глубокого секвенирования». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D152–7. Дои:10.1093 / nar / gkq1027. ЧВК  3013655. PMID  21037258.
  2. ^ Гриффитс-Джонс, Сэм (2010). «MiRBase: последовательности и аннотации микроРНК». Текущие протоколы в биоинформатике. Глава 12. С. Раздел 12.9.1–10. Дои:10.1002 / 0471250953.bi1209s29. ISBN  978-0471250951. PMID  20205188.
  3. ^ Griffiths-Jones, S .; Saini, H.K .; Van Dongen, S .; Энрайт, А. Дж. (2007). «MiRBase: инструменты для геномики микроРНК». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (Выпуск базы данных): D154–8. Дои:10.1093 / нар / гкм952. ЧВК  2238936. PMID  17991681.
  4. ^ Гриффитс-Джонс, Сэм (2006). «MiRBase: база данных последовательностей микроРНК». Протоколы микроРНК. Методы молекулярной биологии. 342. С. 129–38. Дои:10.1385/1-59745-123-1:129. ISBN  1-59745-123-1. PMID  16957372.
  5. ^ «Примечания к выпуску Mirbase 22».
  6. ^ Griffiths-Jones, S .; Grocock, RJ; Ван Донген, S; Бейтман, А; Энрайт, AJ (2006). «MiRBase: последовательности микроРНК, мишени и номенклатура генов». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Выпуск базы данных): D140–4. Дои:10.1093 / nar / gkj112. ЧВК  1347474. PMID  16381832.
  7. ^ Гриффитс-Джонс С (январь 2004 г.). «Реестр микроРНК». Нуклеиновые кислоты Res. 32 (Выпуск базы данных): D109–11. Дои:10.1093 / нар / gkh023. ЧВК  308757. PMID  14681370.
  8. ^ Нитин, Чандран; Томас, Амаль; Basak, Jolly; Бахадур, Ранджит Прасад (2017-11-15). «Полногеномная идентификация miRNA и lncRNA у Cajanus cajan». BMC Genomics. 18 (1): 878. Дои:10.1186 / s12864-017-4232-2. ISSN  1471-2164. ЧВК  5688659. PMID  29141604.

внешняя ссылка