База данных горчицы - Mustard Database

Горчица
Содержание
ОписаниеСодержит детерминанты AR и курируемые гены AR, идентифицированные с помощью метагеномики
Типы данных
захвачен		Гены устойчивости к противомикробным препаратам и детерминанты АР
ОрганизмыБактерии
Контакт
Основное цитированиеPMID  30478291
Доступ
Интернет сайтмг / с.Европа/Горчица/
Скачать URLСкачать
Разное
Закладки
сущности		да

Горчица это база данных, которая отслеживает Детерминанты устойчивости к противомикробным препаратам (ОРДС). Метод, с помощью которого он отслеживает ARD, использует их собственный метод, адаптированный из моделирования белковой гомологии, называемый парным сравнительным моделированием (PCM), который увеличивает предсказание белков специфичности, особенно для отдаленно связанных гомологов белков.[1] Используя PCM, 6095 ARD из 20 семей в микробиоте кишечника человека. Использованы базы данных устойчивости к антибиотикам. ResFinder,[2] ARG-ANNOT,[3] ныне несуществующая клиника Лахи,[4] Веб-сайт Мэрилин Робертс, посвященный генам устойчивости к тетрациклину и макролидам[5] и метагеномика.[6][7][8]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Эрлих, С. Душко; Кеннеди, Шон П .; Доре, Жоэль; Haimet, Флоренция; Вайзер, Кевин; Левенес, Флоренция; Летур, Алина; Лежар, Вероник; Леонар, Пьер (январь 2019). «Прогнозирование кишечного резистома методом на основе трехмерной структуры» (PDF). Природная микробиология. 4 (1): 112–123. Дои:10.1038 / s41564-018-0292-6. ISSN  2058-5276. PMID  30478291. S2CID  53757858.
  2. ^ Zankari, E .; Hasman, H .; Косентино, С .; Вестергаард, М .; Rasmussen, S .; Lund, O .; Aarestrup, F.M .; Ларсен, М. В. (2012-07-10). «Идентификация приобретенных генов устойчивости к противомикробным препаратам». Журнал антимикробной химиотерапии. 67 (11): 2640–2644. Дои:10.1093 / jac / dks261. ISSN  0305-7453. ЧВК  3468078. PMID  22782487.
  3. ^ Гупта, Сушим Кумар; Падманабхан, Бабу Рошан; Диен, Сейдина М .; Лопес-Рохас, Рафаэль; Кемпф, Мари; Ландро, Люс; Ролан, Жан-Марк (2013-10-21). «ARG-ANNOT, новый биоинформатический инструмент для обнаружения генов устойчивости к антибиотикам в бактериальных геномах». Противомикробные препараты и химиотерапия. 58 (1): 212–220. Дои:10.1128 / aac.01310-13. ISSN  0066-4804. ЧВК  3910750. PMID  24145532.
  4. ^ "РЭД-ДБ". Получено 27 июля, 2019.
  5. ^ "Сайт Мэрилин Робертс".
  6. ^ Аллен, Хизер К.; Мо, Люк А; Родбумрер, Джицупанг; Гардер, Андра; Хандельсман, Джо (2008-10-09). «Функциональная метагеномика выявляет разнообразные β-лактамазы в отдаленной почве Аляски». Журнал ISME. 3 (2): 243–251. Дои:10.1038 / ismej.2008.86. ISSN  1751-7362. PMID  18843302. S2CID  16496336.
  7. ^ Мур, Эме М .; Патель, Санкет; Форсберг, Кевин Дж .; Ван, Бин; Бентли, Гейл; Разия, Ясмин; Цинь, Сюань; Tarr, Phillip I .; Дантас, Гаутам (13 ноября 2013 г.). «Педиатрическая фекальная микробиота обладает разнообразием и новыми генами устойчивости к антибиотикам». PLOS ONE. 8 (11): e78822. Дои:10.1371 / journal.pone.0078822. ISSN  1932-6203. PMID  24236055.
  8. ^ Sommer, M.O.A .; Дантас, G .; Чёрч, Г. М. (27.08.2009). «Функциональная характеристика резервуара устойчивости к антибиотикам в микрофлоре человека». Наука. 325 (5944): 1128–1131. Дои:10.1126 / science.1176950. ISSN  0036-8075. ЧВК  4720503. PMID  19713526.