Кубит флуорометр - Qubit fluorometer

Флуорометр Qubit 2.0

В Кубит флуорометр это лабораторный прибор, разработанный и распространяемый Invitrogen (теперь часть Термо Фишер ), который, среди других приложений, используется для количественной оценки ДНК, РНК, и белок.[1][2][3][4]

Принцип

Кубит флуорометр использует флуоресцентные красители для определения концентрации либо нуклеиновые кислоты или же белки в образце. Другой распространенный метод измерения концентрации нуклеиновых кислот и белка - метод УФ-поглощения, который использует спектрофотометр для измерения естественного поглощения света при 260 нм (для ДНК и РНК) или 280 нм (для белков). Поскольку так много молекул поглощают свет с длиной волны 260 нм, это измерение может быть неточным из-за потенциального загрязнения образца этими другими молекулами и не позволяет различить ДНК, РНК, белок или свободные нуклеотиды или аминокислоты в образце.[5][6][7][8] С другой стороны, система Qubit снабжена флуоресцентными красителями, которые специфически связываются с представляющими интерес аналитами, такими как двухцепочечная ДНК (дцДНК), одноцепочечная ДНК (оцДНК), РНК, miRNA или белок, обеспечивающий более точную количественную оценку.

Флуоресцентные красители

Основная статья: Флуоресценция в науках о жизни

Анализы Qubit (ранее известные как Quant-iT) были разработаны и произведены предыдущим Молекулярные зонды (теперь часть Технологии жизни ). Каждый краситель специфичен для одного типа молекулы (ДНК, РНК или белка). У них очень низкая флуоресценция пока они не будут связаны со своей целевой молекулой. Разница во флуоресценции связанного и несвязанного красителя составляет несколько порядков. При связывании с ДНК, вероятно, вставка Между основаниями молекулы красителя (PicoGreen) принимают более жесткую форму и становятся интенсивно флуоресцентными.[9][10] После добавления в раствор ДНК краситель Qubit DNA связывается с ДНК в течение нескольких секунд и достигает равновесия менее чем за две минуты.

При определенной концентрации красителя интенсивность сигнала флуоресценции от этой смеси прямо пропорциональна концентрации ДНК в растворе, даже в присутствии других биомолекул. Флуориметр Qubit регистрирует этот флуоресцентный сигнал и преобразует его в измерение концентрации ДНК, обращаясь к зондам ДНК известной концентрации. Затем он использует это соотношение для расчета концентрации образца.

Флуорометр Qubit 2.0 с набором для анализа dsDNA BR Assay Kit

Система количественного анализа Qubit включает следующие красители, которые специфичны для различных биомолекул и концентраций (ds означает двухцепочечную, ss - одноцепочечную ДНК):

Реагент / АнализДиапазон анализаДиапазон начальной концентрации образца
Анализ Qubit dsDNA HS0,2–100 нг10 пг / мкл – 100 нг / мкл
Анализ Qubit dsDNA BR2–1 000 нг100 пг / мкл – 1 мкг / мкл
Анализ Qubit ssDNA1-200 нг50 пг / мкл-200 нг / мкл
Анализ Qubit RNA5–100 нг250 пг / мкл – 100 нг / мкл
Анализ Qubit RNA BR20–1 000 нг1 нг / мк-1 мкг / мкл
Qubit Protein Assay *0,25–5 мкг12,5 мкг / мл – 5 мг / мл

Сравнение с другими устройствами

Другие флуорометры также могут измерять флуоресценцию красителей Qubit и могут использоваться для количественного определения ДНК, РНК и белков таким же образом. Однако все другие флуорометры требуют от пользователя использования нескольких стандартов ДНК и построения графика зависимости концентрации от оптической плотности. Затем данные необходимо сопоставить с линией и, наконец, рассчитать концентрацию пробы по уравнению линии. Хотя это простой расчет для любого ученого, флуорометр Qubit выполняет эти вычисления для пользователя, что делает его быстрее и проще, а также является менее дорогим, чем типичный флуориметр.[нужна цитата ]

Версии

Второе поколение, флуорометр Qubit 2.0, было выпущено в 2010 году, третье поколение - как Qubit 3.0 в 2014 году. Самая новая версия - Qubit 4, выпущенная в 2017 году.

Рекомендации

  1. ^ Acar E, et al. (2009). «Исследования по оптимизации и валидации набора MentypeR Argus X-8 для случаев установления отцовства». Forensic Sci Int Genet Suppl. 2: 47–48. Дои:10.1016 / j.fsigss.2009.08.189.
  2. ^ Бакос Дж. И др. (2009). «Обогащенная среда влияет на гормональный статус и нейротрофический фактор гиппокампа в зависимости от пола». Неврология. 164 (2): 788–797. Дои:10.1016 / j.neuroscience.2009.08.054. PMID  19723563. S2CID  23809910.
  3. ^ Halaihel N, et al. (2009). «Новый анализ на основе ПЦР в реальном времени для диагностики Renibacterium salmoninarum у радужной форели (Oncorhynchus mykiss) и сравнение с другими методами». J Microbiol Meth. 76 (1): 75–80. Дои:10.1016 / j.mimet.2008.09.014. PMID  18938198.
  4. ^ Hamza IA, et al. (2009). «Обнаружение и количественное определение бокавируса человека в речной воде». Дж. Ген Вирол. 90 (Pt 11): 2634–2637. Дои:10.1099 / vir.0.013557-0. PMID  19656966.
  5. ^ Манчестер, К. (1996). «Использование УФ-методов для измерения концентрации белка и нуклеиновых кислот». Биотехнологии. 20 (6): 968–970. Дои:10.2144 / 96206bm05. PMID  8780864.
  6. ^ Глазель, Дж. (1995). «Достоверность чистоты нуклеиновых кислот, контролируемая по отношениям поглощения 260 нм / 280 нм». Биотехнологии. 18 (1): 62–63. PMID  7702855.
  7. ^ Хуберман, Дж. (1995). «Важность измерения поглощения нуклеиновых кислот при 240 нм, а также при 260 и 280 нм». Биотехнологии. 18 (4): 636. PMID  7598897.
  8. ^ Манчестер, К. (1995). «Значение соотношений A260 / A280 для измерения чистоты нуклеиновых кислот». Биотехнологии. 19 (2): 208–210. PMID  8527139.
  9. ^ Макнайт, Р.Э., Глисон, А.Б., Киз, Дж. А., Сахаби, С. (2006). «Режим связывания и исследования аффинности ДНК-связывающих агентов с использованием анализа раскручивания ДНК топоизомеразы I». Письма по биоорганической и медицинской химии. 17 (4): 1013–1017. Дои:10.1016 / j.bmcl.2006.11.038. PMID  17157016.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  10. ^ Швейцер, К., Скайано, Дж. К. (2003). «Селективное связывание и локальная фотофизика флуоресцентного цианинового красителя PicoGreen в двухцепочечной и одноцепочечной ДНК». Физическая химия Химическая физика. 5 (21): 4911–4917. Дои:10.1039 / b305921a.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)

внешняя ссылка