Роберт Ф. Мерфи (вычислительный биолог) - Robert F. Murphy (computational biologist)

Боб Мерфи
Боб Мерфи.png
Альма-матер
Научная карьера
Поля
Учреждения
ДокторантДжеймс Ф. Боннер
Интернет сайтwww.Андрей.cmu.edu/Пользователь/ Мерфи/

Роберт Ф. Мерфи является профессором Рэя и Стефани Лейн Вычислительная биология и глава Кафедра вычислительной биологии в Университет Карнеги Меллон,[1] а также профессором биологических наук, биомедицинской инженерии и машинного обучения. Он был директором-основателем (с Елена Ковачевич[2]) Центра информатики биоизображений в Карнеги-Меллон. Он также основал (с Ивет Бахар ) Совместная работа CMU-Pitt Ph.D. Программа по вычислительной биологии.

биография

До прибытия в Карнеги-Меллон Мерфи был Фонд исследования рака Дэймона Руньона постдокторант с доктором Чарльз Р. Кантор учился в Колумбийском университете с 1979 по 1983 год. Мерфи получил степень бакалавра биохимии в Колумбийском колледже в 1974 году и степень доктора философии. в биохимии из Калифорнийский технологический институт в 1980 г. Он получил Президентская премия молодому исследователю[3] от Национальный фонд науки вскоре после поступления на факультет в Карнеги-Меллон в 1983 году. В 2005 году NIH выбрал его первым постоянным председателем своей новой секции исследования управления и анализа биоданных.[4] В 2006 году он был назван членом Американский институт медицинской и биологической инженерии.[5] В 2019 году он был избран Член IEEE за его вклад в алгоритмы машинного обучения для биологических изображений.[6] Мерфи получил исследовательские гранты от Национальные институты здоровья, то Национальный фонд науки, то Американское онкологическое общество, то Американская Ассоциация Сердца, то Фонд артрита, а Фонд братьев Рокфеллеров. Он является соредактором двух книг и двух специальных выпусков журнала на тему «Клеточная и молекулярная визуализация» и опубликовал более 200 научных работ.[7] Он был избранным президентом Международного общества по развитию цитометрии.[8] был назван первым старшим научным сотрудником Школы наук о жизни в Фрайбургский (Германия) институт перспективных исследований, и был назван почетным профессором Фрайбургский университет. Он был членом Национального консультативного совета по общим медицинским наукам и Национальные институты здоровья Совет Советов.[9]

Карьера Мерфи сосредоточена на сочетании методов измерения клеток на основе флуоресценции с количественными и вычислительными методами. Он и его сотрудники проделали большую работу по применению проточной цитометрии для анализа мембранного движения эндоцитов, начиная с начала 1980-х гг.[10][11][12] и впервые применил машинное обучение методы с высоким разрешением флуоресцентный микроскоп изображения, изображающие субклеточное расположение паттерны в середине 1990-х гг.[13][14] Эта работа привела к разработке первых систем для автоматического распознавания всех основных структур органелл в 2D и 3D изображениях.[15][16][17] Он основал и возглавляет проект CellOrganizer по изучению генеративных моделей клеточной организации непосредственно по изображениям с микроскопа. Он также возглавляет работу по анализу изображений и моделированию для Национального центра многомасштабного моделирования биологических систем.

Лидерский опыт Мерфи включает разработку первой формальной программы бакалавриата по вычислительной биологии в 1987 году и основание Merck Программа вычислительной биологии и химии в Карнеги-Меллон в 1999 г. Эти программы были важными предвестниками создания в 2005 г. докторской степени. программа по вычислительной биологии в партнерстве с Питтсбургский университет. Под его руководством эта программа была выбрана одной из десяти победителей новой инициативы HHMI-NIBIB Interfaces Initiative.[18]

Рекомендации

  1. ^ Состек, Аня (21 сентября 2007 г.). «CMU получает 5 миллионов долларов на биологический центр». Pittsburgh Post-Gazette. Получено 27 апреля 2011.
  2. ^ http://jelena.ece.cmu.edu/
  3. ^ "Поиск награды NSF: Награда № 8351364 - Премия Президента" Молодому исследователю ". www.nsf.gov. Получено 2016-03-29.
  4. ^ "Пресс-релиз Карнеги-Меллона: 3 марта 2005 г.". www.cmu.edu. Получено 2016-03-04.
  5. ^ "Справочник сотрудников - AIMBE". aimbe.org. Получено 2016-03-04.
  6. ^ «О программе стипендиатов IEEE». www.ieee.org. Получено 2019-12-09.
  7. ^ "Роберт Ф. Мерфи - цитирование ученых Google". scholar.google.com. Получено 2016-03-04.
  8. ^ Международное общество содействия цитометрии бывших президентов
  9. ^ Названы новые члены Совета советов NIH, 10 декабря 2011 г.
  10. ^ Мерфи, Р. Ф .; Jorgensen, E.D .; Кантор, К. Р. (1982-02-25). «Кинетика эндоцитоза гистонов в клетках яичников китайского хомячка. Проточный цитофлуориметрический анализ». Журнал биологической химии. 257 (4): 1695–1701. ISSN  0021-9258. PMID  7056738.
  11. ^ Мерфи, Р. Ф .; Пауэрс, С .; Кантор, К. Р. (1984-05-01). «PH эндосомы, измеренный в отдельных клетках методом двойной флуоресцентной проточной цитометрии: быстрое подкисление инсулина до pH 6». Журнал клеточной биологии. 98 (5): 1757–1762. Дои:10.1083 / jcb.98.5.1757. ISSN  0021-9525. ЧВК  2113196. PMID  6144684.
  12. ^ Cain, C.C .; Sipe, D.M .; Мерфи, Р. Ф. (1989-01-01). «Регулирование рН эндоцитов с помощью Na +, K + -АТФазы в живых клетках». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 86 (2): 544–548. Дои:10.1073 / пнас.86.2.544. ISSN  0027-8424. ЧВК  286508. PMID  2536168.
  13. ^ Boland, M. V .; Марки, М. К .; Мерфи, Р. Ф. (1997-10-01). Классификация паттернов локализации белков, полученных с помощью флуоресцентной световой микроскопии. Труды 19-й ежегодной международной конференции Общества инженеров IEEE в медицине и биологии, 1997 г.. 2. С. 594–597 т.2. Дои:10.1109 / IEMBS.1997.757680. ISBN  978-0-7803-4262-0.
  14. ^ Бейкер, Моня (01.07.2012). "Досье автора: Роберт Ф. Мерфи". Природные методы. 9 (7): 629. Дои:10.1038 / nmeth.2088. ISSN  1548-7091.
  15. ^ Boland, M. V .; Мерфи, Р. Ф. (2001-12-01). «Нейросетевой классификатор, способный распознавать образцы всех основных субклеточных структур на изображениях клеток HeLa с флуоресцентного микроскопа». Биоинформатика. 17 (12): 1213–1223. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.12.1213. ISSN  1367-4803. PMID  11751230.
  16. ^ Слава, Эстель; Мерфи, Роберт Ф. (2007-01-01). «Автоматизированное определение субклеточного местоположения и высокопроизводительная микроскопия». Клетка развития. 12 (1): 7–16. Дои:10.1016 / j.devcel.2006.12.007. ISSN  1534-5807. PMID  17199037.
  17. ^ Веллисте, М .; Мерфи, Р. Ф. (01.01.2002). Автоматическое определение субклеточного расположения белков по изображениям, полученным с помощью трехмерного флуоресцентного микроскопа.. 2002 Международный симпозиум IEEE по биомедицинской визуализации, 2002 г. Труды. С. 867–870. Дои:10.1109 / ISBI.2002.1029397. ISBN  978-0-7803-7584-0.
  18. ^ Инициатива интерфейсов HHMI-NIBIB