ЗАПРОС - SEQUEST

ЗАПРОС
Оригинальный автор (ы)Джимми Энг, Эшли МакКормак и Джон Йейтс
Операционная системаWindows, Linux
ТипИдентификация белков
Лицензияпроприетарный (алгоритм защищен патентами США 6,017,693 и 5,538,897, а также европейским патентом)
Интернет сайтТермо, Лаборатория Йейтса, UWPR

ЗАПРОС это тандемная масс-спектрометрия программа анализа данных, используемая для идентификации белков.[1] Sequest идентифицирует коллекции тандемных масс-спектров пептидных последовательностей, которые были созданы из баз данных белок последовательности.

Приложения

Этот инструмент наиболее полезен в контексте протеомика. Начиная со сложной смеси белков, в этой стратегии обычно используются трипсин переваривать белки. Эти пептиды разделены жидкостная хроматография по пути к тандемному масс-спектрометру. Затем масс-спектрометр выделяет ионы определенного пептида, подвергая их воздействию диссоциация, вызванная столкновением, и записывает полученные фрагменты в тандемном масс-спектре. Этот процесс, повторяющийся в течение нескольких часов, даст тысячи тандемных масс-спектров. Выявление такого сбора данных требует автоматизации, и Sequest была первой программой, которая удовлетворила эту потребность.

Sequest идентифицирует каждый тандемный масс-спектр индивидуально. Программа оценивает последовательности белков из базы данных, чтобы вычислить список пептидов, которые могут быть получены в результате каждого из них. Неповрежденная масса пептида известна из масс-спектра, и Sequest использует эту информацию для определения набора последовательностей пептидов-кандидатов, которые можно осмысленно сравнивать со спектром, включая только те, которые близки к массе наблюдаемого пептидного иона. Для каждого пептида-кандидата Sequest проектирует теоретический тандемный масс-спектр, а Sequest сравнивает эти теоретические спектры с наблюдаемым тандемным масс-спектром с использованием взаимная корреляция. Последовательность-кандидат с наиболее подходящим теоретическим тандемным масс-спектром считается лучшей идентификацией для этого спектра.

Рекомендации

  1. ^ Джимми К. Энг, Эшли Л. Маккормак и Джон Р. Йейтс, III (1994). «Подход к корреляции тандемных масс-спектральных данных пептидов с аминокислотными последовательностями в базе данных белков». J Am Soc масс-спектрометрия. 5 (11): 976–989. Дои:10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID  24226387.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)

внешняя ссылка