Сальтерпровирус - Salterprovirus
| Сальтерпровирус | |
|---|---|
Классификация вирусов  | |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Область: | incertae sedis |
| Королевство: | incertae sedis |
| Тип: | incertae sedis |
| Учебный класс: | incertae sedis |
| Заказ: | incertae sedis |
| Семья: | Halspiviridae |
| Род: | Сальтерпровирус |
| Типовой вид | |
| Сальтерпровирус His1 | |
Сальтерпровирус это род вирусы[1] которые заражают чрезвычайно галофильные археи (изолирован от Haloarcula hispanica. В настоящее время в этом роду существует только один вид: типовой вид Сальтерпровирус His1.[2][3] Его 2 вирус первоначально считалось связанным с His1,[1][2] но более обширная характеристика вириона His2 показала, что он принадлежит к семейству Pleolipoviridae.[4] Название рода происходит от соль терминал профиTein вирус, поскольку их линейные геномы дцДНК имеют белки, прикрепленные к 5'-концам (то есть концевые белки). Этот морфотип вируса обычно наблюдается в гиперсоленых водах по всему миру, а сальтерпровирусы могут представлять собой распространенный в окружающей среде галовирус.
Таксономия
Вирион имеет веретеновидную морфологию и по форме похож на вирусы, поражающие термофильные археи, Fuselloviridae, и His1V первоначально был описан как вероятный член этой группы.[5] Однако позже было обнаружено, что генетического родства нет и их стратегии репликации совершенно разные, и поэтому His1 был классифицирован в новую группу, род. Сальтерпровирус в семье Halspiviridae.[6]
Структура
Вирусы в Сальтерпровирус обволакивают, имеют лимонную или веретеновидную морфологию. Геномы линейны, их длина составляет около 14,5 килобайт. В геноме 35 открытых рамок считывания.[2]
| Род | Структура | Симметрия | Капсид | Геномное расположение | Геномная сегментация |
|---|---|---|---|---|---|
| Сальтерпровирус | В форме лимона | Неизвестный | Окутанный | Линейный | Одночастный |
Жизненный цикл
Репликация вируса происходит в цитоплазме. Проникновение в клетку-хозяина достигается за счет прикрепления вируса к клетке-хозяину. Транскрипция с использованием ДНК-шаблона - это метод транскрипции. Археи и haloarcula hispanica служат естественным хозяином. Пути передачи - пассивное распространение.[2]
| Род | Детали хоста | Тканевый тропизм | Детали входа | Детали выпуска | Сайт репликации | Сайт сборки | Передача инфекции |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Сальтерпровирус | Archea: Haloarcula hispanica. | Никто | Инъекция | Неизвестный | Цитоплазма | Цитоплазма | Пассивная диффузия |
Обсуждение His1V и His2V
Геномы His1 и His2 похожи по размеру (14 464 п.н. & 16 067 п.н. соответственно) и имеют одинаковое количество предсказанных открытых рамок считывания (35), но практически не имеют сходства нуклеотидных последовательностей. Однако на уровне белковых последовательностей их ДНК-полимеразы идентичны на 42%. Это вместе с их сходной морфологией, структурой ДНК (длина, инвертированные концевые повторяющиеся последовательности, концевые белки) и способом репликации указывает на то, что они должны принадлежать к одной и той же группе вирусов.
Изображение частиц His1 можно посмотреть на сайте www.haloarchaea.com. здесь и прокрутите вниз. Любопытно, что гомологи генов капсидных белков His2 широко распространены в геномах галоархей.[7] Геномные локусы, содержащие их, также имеют тенденцию иметь поблизости другие вирусные / плазмидные гены, и термин ViPREs[8] (для элементов, связанных с вирусами и плазмидами) было предложено обозначать эти кластеры генов, что может быть аналогично ситуации у термофильных архей, где плазмиды и вирусы тесно связаны.
Трансфекция клеток-хозяев (Haloarcula hispanica ) ДНК His2 продемонстрировал Портер. и другие. (2008),[9] которые показали, что инфекционный вирус может быть получен из вирусной ДНК, если концевые белки не были повреждены обработкой протеазой. Это согласуется с их вероятной ролью в репликации ДНК. Затем можно было показать, что ДНК His2 могла трансфицировать широкий спектр видов галоархей, даже если клетки не были восприимчивы к инфекции вирусом His2. В этих экспериментах трансфицированные клетки высевали вместе с клетками хозяина, Haloarcula hispanica, а вирус, продуцируемый трансфектантами, был обнаружен путем инфицирования близлежащих клеток восприимчивых видов хозяев. Эксперименты показали, что цитоплазмы многих галоархей способны реплицировать вирус до тех пор, пока может проникать ДНК (с концевыми белками). Именно капсид вируса определяет селекцию клеток, скорее всего, белками в коротком хвосте на одном конце веретенообразного вириона.
После того, как трансфекция была установлена, появилась возможность разработать систему мутагенеза, и в той же публикации описывалось использование системы транспозонов in vitro для случайной вставки ДНК в геном His2. Трансфекция продуктов реакции привела к выделению рекомбинантов вируса со вставками и картированию этих локализованных участков генома His2, которые были несущественными. Было обнаружено, что большинство вставок лежит в одной из двух последовательностей инвертированных концевых повторов (ITR). Некоторые из них произошли на самых концах трех открытых рамок считывания. Исследование доказало, что вы можете создать мутанты His2, что вы можете вставить в геном не менее 435 дополнительных п.н., и вы можете восстановить жизнеспособные мутанты с помощью этих вставок. Это открывает путь к анализу функций каждого из вирусных генов, того, что они делают и как взаимодействуют друг с другом и с клеткой-хозяином. В настоящее время почти все предсказанные вирусные белки не имеют известной функции. Неясно, сколько дополнительной ДНК может быть вставлено в геном, но, как видно из электронной микрофотографии, размер капсида не может быть ограничивающим фактором, поскольку размеры частиц His1 значительно различаются по длине (и, вероятно, для His2, хотя негативное окрашивание ЭМ этих частиц намного сложнее).
Рекомендации
- ^ а б Ванна C, Cukalac T, Porter K, Dyall-Smith ML. «His1 и His2 - отдаленно родственные веретенообразные галовирусы, принадлежащие к новому роду вирусов, Сальтерпровирус"Вирусология. 2006 350: 228–39.
- ^ а б c d «Вирусная зона». ExPASy. Получено 15 июн 2015.
- ^ ICTV. «Таксономия вирусов: выпуск 2014 г.». Получено 15 июн 2015.
- ^ Bamford, DH; Пиетиля, МК; Ройне, E; Атанасова Н.С.; Динстбье, А; Оксанен, HM; Отчет ICTV, Консорциум (2017). "Профиль таксономии вирусов ICTV: Pleolipoviridae". Журнал общей вирусологии. 98 (12): 2916–2917. Дои:10.1099 / jgv.0.000972. ЧВК 5882103. PMID 29125455.
- ^ Ванна C, Дьялл-Смит, ML. "His1, архейный вирус Fuselloviridae семья, которая заражает Haloarcula hispanica"J. Virol. 1998 72: 9392–9395
- ^ Adriaenssens, EM; Салливан, МБ; Кнежевич, П; van Zyl, LJ; Саркар, Б.Л .; Dutilh, BE; Альфенас-Зербини, П; Obocka, M; Тонг, Y; Бристер, младший; Морено Свитт, AI; Клумпп, Дж; Азиз, РК; Барыльски, Дж; Учияма, Дж; Эдвардс, РА; Кропинский, AM; Петти, НК; Clokie, MRJ; Кушкина А.И.; Морозова В.В.; Даффи, S; Гиллис, А; Румниекс, Дж; Куртбёке, İ; Чанишвили, Н; Гудридж, L; Виттманн, Дж; Lavigne, R; Jang, HB; Прангишвили, Д; Enault, F; Тернер, Д; Поранен, ММ; Оксанен, HM; Крупович, М (2020). «Таксономия прокариотических вирусов: обновленная информация от Подкомитета ICTV по бактериальным и архейным вирусам за 2018–2019 гг.». Архив вирусологии. 165 (5): 1253–1260. Дои:10.1007 / s00705-020-04577-8. PMID 32162068.
- ^ Ванна C, Cukalac T, Porter K, Dyall-Smith ML. «His1 и His2 - отдаленно связанные друг с другом веретенообразные галовирусы, принадлежащие к новой группе вирусов, Сальтерпровирус"Вирусология. 2006 350: 228–39.
- ^ Дайалл-Смит М.Л., Пфайффер Ф., Клее К., Палм П., Гросс К. и др. (2011) Haloquadratum walsbyi : Ограниченное разнообразие в глобальном пруду. PLoS ONE. 6 (6): e20968. Дои:10.1371 / journal.pone.0020968
- ^ Портер К., Дьялл-Смит МЛ. «Трансфекция галоархей ДНК веретенообразных и круглых галовирусов и использование транспозонного мутагенеза для идентификации несущественных областей». Молекулярная микробиология. 2008. 70: 1236–45.