Секвенирование путем гибридизации - Sequencing by hybridization - Wikipedia

Секвенирование путем гибридизации представляет собой класс методов для определения порядка, в котором нуклеотиды встречаются в цепи ДНК. Обычно используется для поиска небольших изменений относительно известного Последовательность ДНК.[1]Связывание одной цепи ДНК с ее комплементарной цепью в двойной спирали ДНК (известной как гибридизация ) чувствительна даже к несоответствиям по одному основанию, когда гибридная область короткая или если присутствуют специализированные белки обнаружения несоответствия. Это используется разными способами, в первую очередь с помощью ДНК-чипов или микрочипы от тысяч до миллиардов синтетических олигонуклеотиды найдены в интересующем геноме плюс многие известные вариации или даже все возможные вариации с одним основанием.[2][3]

Описанный выше тип секвенирования путем гибридизации в значительной степени вытеснен другими методами, включая секвенирование путем синтеза и секвенирование лигированием (а также поровые методы). Однако гибридизация олигонуклеотидов все еще используется в некоторых схемах секвенирования, включая секвенирование на основе пор с помощью гибридизации и обратимую гибридизацию.[4]

Примеры коммерческих систем

  • Affymetrix (истинное секвенирование путем гибридизации)
  • NABsys (секвенирование пор на основе гибридизации)
  • Complete Genomics Inc. (обратимая гибридизация зондов, вызывающих одну основу при каждой гибридизации)

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Дрманач, Радое; Дрманак, Снежана; Чуй, Глория; Диас, Роберт; Хоу, Аарон; Джин, Хуэй; Джин, Пол; Квон, Сонхи; Лейси, Скотт; Моер, Билл; Шафто, Джей; Суонсон, Дон; Украинчик, Татьяна; Сюй, Чонцзюнь; Литтл, Дин (2002). «Секвенирование путем гибридизации (SBH): преимущества, достижения и возможности». 77: 75–101. Дои:10.1007/3-540-45713-5_5. ISSN  0724-6145. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь) PDF
  2. ^ Препарата, FP; Упфаль, Э (2000). «Секвенирование путем гибридизации на границе теории информации: оптимальный алгоритм». J. Comput. Биол. 7 (3): 621–30. CiteSeerX  10.1.1.61.3325. Дои:10.1089/106652700750050970. PMID  11108482.
  3. ^ Hanna, GJ; и другие. (Июль 2000 г.). «Сравнение секвенирования путем гибридизации и циклического секвенирования для генотипирования обратной транскриптазы вируса иммунодефицита человека типа 1». J Clin Microbiol. 38 (7): 2715–2721. ЧВК  87006. PMID  10878069.
  4. ^ Церковь, Джордж М. (январь 2006 г.). «Геномы для всех». Scientific American. 294 (1): 46–54. Дои:10.1038 / scientificamerican0106-46. PMID  16468433.