Шиладитья ДасСарма - Shiladitya DasSarma

Шиладитья ДасСарма
Родившийся1957
Калькутта, Индия
НациональностьАмериканский (натурализованный)
Альма-матерУниверситет Индианы (BS )
Массачусетский Институт Технологий (кандидат наук )
ИзвестенЖизнь в экстремальных условиях, галофилы, археи, астробиология

Шиладитья ДасСарма (1957 г.р.) - молекулярный биолог, известный вклад в биологию галофильный и экстремофильные микроорганизмы.[1][2] Он является профессором Мэрилендского университета в Балтиморе. Он получил степень доктора биохимии в Массачусетский Институт Технологий и степень бакалавра химии от Университет Индианы Блумингтон. Прежде чем занять должность преподавателя, он проводил исследования в Массачусетская больница общего профиля, Гарвардская медицинская школа, и Институт Пастера, Париж.

ДасСарма работал на факультете Массачусетский университет в Амхерсте (1986-2001), Институт биотехнологии Мэрилендского университета (2001-2010), и Медицинский факультет Мэрилендского университета, Институт морских и экологических технологий (2010 – настоящее время). Он исследователь и преподаватель молекулярной генетики, геномика, и биоинформатика и наставник студентов, аспирантов, докторантов и младших преподавателей. Широко известно, что он сыграл важную роль в создании областей галофил[3] и экстремофильные исследования.

Исследование

Галофилы

В ранней работе (1980-е годы) он обнаружил мобильные генетические элементы у галофильных архей,[4][5] в то время как аспирант с Х. Гобинд Хорана (Лауреат Нобелевской премии) и Уттам Л. Радж Бхандари из Массачусетского технологического института. Он также показал, что промоторы транскрипции у архей[6] отличались от таковых у обычных бактерий, что способствовало принятию трехдоменного взгляда на эволюцию, предложенного Карл Вёзе.

В 1990-х он организовал и возглавил команду, которая расшифровала первую последовательность генома и генетический код галофильного микроба. Галобактерии sp. NRC-1.[7][8][9] Эта работа показала, что его белки очень кислые, что дало понимание того, как белки могут функционировать в условиях высокой солености и низкой активности воды.[10][11][12] Последовательность генома помогла в дальнейшем установить достоверность архей.[13] через обнаружение сходства с высшими эукариотическими организмами и отличий от бактерий.

Позже, в 2000-х, его работа также предположила, что определенные гены приобретаются посредством горизонтального переноса генов, например, гены для аэробного дыхания. Постгеномное исследование в его лаборатории установило основные и сигнатурные белки в галофильные археи,[14] и функции многих генов и генетических элементов, включая множественные источники репликации,[15] общие факторы транскрипции,[16] и Ремонт ДНК системы.[17][18]

Астробиология

Недавнее исследование ДасСармы (2010-е) антарктического галофильного микроорганизма, Halorubrum lacusprofundi, привело к дальнейшему уточнению понимания функции белка в сочетании с высокой соленостью и холодными условиями.[19] Такие исследования могут объяснить, как жизнь могла адаптироваться к новой среде обитания, включая внеземную среду.[20]

ДасСарма предложил сетчатка пигменты, первоначально обнаруженные у галофильных архей, возможно, предшествовали хлорофилл пигменты на ранней Земле, названные "Пурпурная Земля "гипотеза.[2][21] Это предложение открывает новые возможности биоподпись для удаленного обнаружения жизни.

Биотехнологии

Лаборатория ДасСарма сыграла важную роль в исследовании всплывающих газовых пузырьков наночастиц (ГВНП ) в Галобактерии sp. NRC-1, и разработал систему экспрессии для биоинженерных GVNP для приложений биотехнологии.[22] Эти наночастицы может представлять собой ценную платформу для доставки антигена, разработки вакцины и других биомедицинских и экологических приложений.[23][24]

Рекомендации

  1. ^ «Экстремальные галофилы - модели для астробиологии» (PDF). Микроб. 2006.
  2. ^ а б «Экстремальные микробы» Американский ученый ». www.americanscientist.org. Получено 2016-07-11.
  3. ^ ДасСарма, Шиладитья; ДасСарма, Прия (01.01.2001). Галофилы. John Wiley & Sons, Ltd. Дои:10.1002 / 9780470015902.a0000394.pub3. ISBN  9780470015902.
  4. ^ Simsek, M .; DasSarma, S .; RajBhandary, U.L .; Хорана, Х. Г. (1982-12-01). «Мобильный элемент из Halobacterium halobium, который инактивирует ген бактериородопсина». Труды Национальной академии наук. 79 (23): 7268–7272. Дои:10.1073 / пнас.79.23.7268. ISSN  0027-8424. ЧВК  347320. PMID  6296826.
  5. ^ DasSarma, S .; RajBhandary, U.L .; Хорана, Х. Г. (1983-04-01). «Высокочастотная спонтанная мутация в гене бактерио-опсина в Halobacterium halobium опосредуется мобильными элементами». Труды Национальной академии наук. 80 (8): 2201–2205. Дои:10.1073 / pnas.80.8.2201. ISSN  0027-8424. ЧВК  393786. PMID  6300900.
  6. ^ ДасСарма, Шиладитья; RajBhandary, Uttam L .; Хорана, Х. Гобинд (1 января 1984 г.). «МРНК бактерио-опсина в штаммах Halobacterium halobium дикого типа и бактерио-опсин-дефицитных штаммах». Труды Национальной академии наук. 81 (1): 125–129. Дои:10.1073 / пнас.81.1.125. ISSN  0027-8424. ЧВК  344623. PMID  16593404.
  7. ^ Ng, WaiLap V .; Ciufo, Stacy A .; Смит, Тодд М .; Bumgarner, Roger E .; Баскин, Дейл; Фауст, Джанет; Холл, Барбара; Лоретц, Кэрол; Сето, Джейсон (1998-11-01). "Снимок большого динамического репликона в галофильном археоне: мегаплазмида или минихромосома?". Геномные исследования. 8 (11): 1131–1141. Дои:10.1101 / гр. 8.11.1131. ISSN  1088-9051. PMID  9847077.
  8. ^ Нг, Вайлап Виктор; Кеннеди, Шон П .; Mahairas, Gregory G .; Берквист, Брайан; Пан, мин; Шукла, Хем Датт; Ласки, Стивен Р .; Балига, Нитин С .; Торссон, Вестейн (2000-10-24). «Последовательность генома вида Halobacterium NRC-1». Труды Национальной академии наук. 97 (22): 12176–12181. Дои:10.1073 / пнас.190337797. ISSN  0027-8424. ЧВК  17314. PMID  11016950.
  9. ^ "NSF - OLPA - PR 00-69: Международная исследовательская группа" Последовательности генома вездесущего микроба ". www.nsf.gov. Получено 2016-07-11.
  10. ^ Кеннеди, Шон П .; Нг, Вайлап Виктор; Зальцберг, Стивен Л .; Худ, Лерой; ДасСарма, Шиладитья (01.10.2001). «Понимание адаптации видов Halobacterium NRC-1 к экстремальным условиям окружающей среды посредством компьютерного анализа последовательности их генома». Геномные исследования. 11 (10): 1641–1650. Дои:10.1101 / гр.190201. ISSN  1088-9051. ЧВК  311145. PMID  11591641.
  11. ^ Каран, Рам; Кейпс, Мелинда Д .; ДасСарма, Шиладитья (01.01.2012). «Функции и биотехнология экстремофильных ферментов при низкой активности воды». Водные биосистемы. 8 (1): 4. Дои:10.1186/2046-9063-8-4. ISSN  2046-9063. ЧВК  3310334. PMID  22480329.
  12. ^ ДасСарма, Шиладитья; ДасСарма, Прия (2015-06-01). «Галофилы и их ферменты: негативное применение». Текущее мнение в микробиологии. Экологическая микробиология • Экстремофилы. 25: 120–126. Дои:10.1016 / j.mib.2015.05.009. ЧВК  4729366. PMID  26066288.
  13. ^ ДасСарма, С., Дж. А. Кокер и П. ДасСарма. 2010. Археи - Обзор. В энциклопедии микробиологии, 3-е издание, Academic Press, M. Schaechter (ed.), P. 118-139.
  14. ^ Кейпс, Мелинда Д .; ДасСарма, Прия; ДасСарма, Шиладитья (01.01.2012). «Ядро и уникальные белки галоархей». BMC Genomics. 13: 39. Дои:10.1186/1471-2164-13-39. ISSN  1471-2164. ЧВК  3287961. PMID  22272718.
  15. ^ Berquist, Brian R .; ДасСарма, Шиладитья (2003-10-15). "Архейный хромосомный автономно реплицирующийся элемент последовательности из экстремального галофила, Halobacterium sp. Штамм NRC-1". Журнал бактериологии. 185 (20): 5959–5966. Дои:10.1128 / JB.185.20.5959-5966.2003. ISSN  0021-9193. ЧВК  225043. PMID  14526006.
  16. ^ Кокер, Джеймс А .; ДасСарма, Шиладитья (01.01.2007). «Генетический и транскриптомный анализ генов факторов транскрипции в модельной галофильной архее: координация действия TbpD и TfbA». BMC Genetics. 8: 61. Дои:10.1186/1471-2156-8-61. ISSN  1471-2156. ЧВК  2121645. PMID  17892563.
  17. ^ Каран, Р; ДасСарма, П; Balcer-Kubiczek, E; Weng, RR; Ляо, СС; Гудлетт, Д.Р .; Ng, WV; Дассарма, S (2014). «Биоинженерная радиорезистентность за счет перепроизводства RPA, одноцепочечного ДНК-связывающего белка типа млекопитающих в галофильных архее». Прикладная микробиология и биотехнология. 98 (4): 1737–1747. Дои:10.1007 / s00253-013-5368-х. ЧВК  4096848. PMID  24292079.
  18. ^ Вайс, Рик (2007-09-25). "'Супербактерии могут принести пользу людям ». Вашингтон Пост. ISSN  0190-8286. Получено 2016-07-11.
  19. ^ ДасСарма, Шиладитья; Кейпс, Мелинда Д .; Каран, Рам; ДасСарма, Прия (11 марта 2013 г.). «Аминокислотные замены в холодоадаптированных белках Halorubrum lacusprofundi, чрезвычайно галофильного микроба из Антарктиды». PLOS ONE. 8 (3): e58587. Дои:10.1371 / journal.pone.0058587. ISSN  1932-6203. ЧВК  3594186. PMID  23536799.
  20. ^ «BioTechniques - раскрыты уловки выживания антарктических микробов». www.biotechniques.com. Получено 2016-07-11.
  21. ^ «Экстремофилы и внеземная жизнь».
  22. ^ ДасСарма, Шиладитья; Каран, Рам; ДасСарма, Прия; Барнс, Сьюзен; Экулона, Фоласаде; Смит, Барбара (1 января 2013 г.). «Усовершенствованная генетическая система для биоинженерии наночастиц плавучих газовых пузырьков из Haloarchaea». BMC Biotechnology. 13: 112. Дои:10.1186/1472-6750-13-112. ISSN  1472-6750. ЧВК  3878110. PMID  24359319.
  23. ^ DasSarma, P .; Неги, В. Д .; Балакришнан, А .; Kim, J. -M .; Karan, R .; Чакравортти, Д .; ДасСарма, С. (01.01.2015). «Процедура 8-го Конгресса по вакцинам и независимым поставщикам вирусов, Филадельфия, США, 2015 г., наночастицы галоархейных газовых пузырьков, демонстрирующие антигены сальмонеллы как новый подход к разработке вакцины». Процедуры в вакцинологии. 9: 16–23. Дои:10.1016 / j.provac.2015.05.003. ЧВК  4758358. PMID  26900411.
  24. ^ ДасСарма, Шиладитья; ДасСарма, Прия (07.09.2015). "Наночастицы газовых везикул для отображения антигена". Вакцина. 3 (3): 686–702. Дои:10.3390 / вакцины3030686. ЧВК  4586473. PMID  26350601.

внешняя ссылка