Галобактерии - Halobacterium

Галобактерии
Галобактерии sp. штамм NRC-1, каждая клетка длиной около 5 мкм
Научная классификация
Домен:	Археи
Тип:	Euryarchaeota
Учебный класс:	Галобактерии
Заказ:	Галобактерии
Семья:	Галобактерии
Род:	Галобактерии Элазари-Вулканы 1957 г.
Разновидность
H. jilantaiense Х. норисис H. salinarum H. piscisalsi
Синонимы
Flavobacterium (подген. Halobacterium) Elazari-Volcani 1940 г. Галобактер Андерсон 1954 Галобактер не "Halobacterium" Schoop 1935 (nomen nudum)

Примечание: Слово «галобактерии» также является формой единственного числа от слова «галобактерии».

Галобактерии это род в семье Галобактерии.^[1]

В род Галобактерии («соль» или «океаническая бактерия») состоит из нескольких видов Археи с аэробный метаболизм что требует среды с высокой концентрацией соль; многие из их белки не будет работать в средах с низким содержанием соли. Они растут на аминокислоты в их аэробных условиях. Их клеточные стенки также сильно отличаются от бактерии, как обычно липопротеин мембраны терпят неудачу при высоких концентрациях соли. По форме они могут быть стержнями или кокки и красного или пурпурного цвета. Они воспроизводят с помощью двойное деление (сужением), и являются подвижный. Галобактерии Лучше всего растет при температуре 42 ° C. Геном неустановленного Галобактерии виды, секвенированные Шиладитья ДасСарма, состоит из 2 571 010 п.н. (пар оснований) ДНК, скомпилированной в три кольцевых нити: одну большую хромосому с 2,014 239 п.н. и две меньшие с 191 346 и 365 425 п.н. Этот вид, получивший название Галобактерии sp. NRC-1 широко использовался для постгеномного анализа. Галобактерии виды можно найти в Большое Соленое озеро, то Мертвое море, Озеро Магади, и любые другие воды с повышенным содержанием соли. Фиолетовый Галобактерии виды обязаны своим цветом бактериородопсин, светочувствительный белок, который обеспечивает клетку химической энергией, используя солнечный свет для выкачивания протонов из клетки. Результирующий градиент протонов через клеточную мембрану используется для запуска синтеза энергоносителя. АТФ. Таким образом, когда эти протоны возвращаются внутрь, они используются в синтезе АТФ (этот поток протонов можно смоделировать с уменьшением pH вне клетки, вызывая поток H⁺ ионы). Белок бактериородопсин химически очень похож на светочувствительный пигмент родопсин, обнаруженный в сетчатке позвоночных.

Виды Галобактерии

• Halobacterium cutirubrum > Halobacterium salinarum
• Halobacterium denitrificans > Haloferax denitrificans
• Распространение галобактерий > Распространитель Halorubrum
• Галобактерии галобиум > Halobacterium salinarum
• Halobacterium jilantaiense
• Галобактерии lacusprofundi > Halorubrum lacusprofundi
• Halobacterium mediterranei > Haloferax mediterranei
• Halobacterium nor лицензионный
• Halobacterium pharaonis > Натрономонас фараонис
• Halobacterium piscisalsi
• Halobacterium saccharovorum > Halorubrum saccharovoru
• Halobacterium salinarum
• Halobacterium sodomense > Halorubrum sodomense
• Halobacterium trapanicum > Halorubrum trapanicum
• Halobacterium vallismortis > Haloarcula vallismortis
• Halobacterium volcanii > Halobacterium volcanii

Структура генома

В Галобактерии Геном NRC-1 составляет 2 571 010 п.н., скомпилированный в три кольцевых репликона. Более конкретно, он разделен на одну большую хромосому с 2 014 239 п.н. и два небольших репликона pNRC100 (191 346 п.н.) и pNRC200 (365 425 п.н.). Хотя эти две плазмиды намного меньше, чем большая хромосома, они составляют большую часть из 91 инсерционной последовательности и включают гены ДНК-полимеразы, семь факторов транскрипции, гены поглощения калия и фосфата и деления клеток. Было обнаружено, что геном содержит высокое содержание G + C - 67,9% на большой хромосоме и 57,9% и 59,2% на двух плазмидах. Геном также содержал 91 элемент инсерционной последовательности, составляющий 12 семейств, в том числе 29 на pNRC100, 40 на pNRC200 и 22 на большой хромосоме. Это помогает объяснить генетическую пластичность, которая наблюдалась у Галобактерии. Что касается архей, то галобактерии рассматриваются как участвующие в самой латеральной генетике (перенос генов между доменами) и доказательство того, что этот перенос действительно имеет место.

Структура клетки и метаболизм

Галобактерии виды имеют форму палочки и покрыты одинарной липидной двухслойной мембраной, окруженной S-слой сделаны из гликопротеина клеточной поверхности. Они растут на аминокислотах в аэробных условиях. Несмотря на то что Галобактерии NRC-1 содержит гены деградации глюкозы, а также гены ферментов пути окисления жирных кислот, он не может использовать их в качестве источников энергии. Хотя цитоплазма сохраняет осмотическое равновесие с гиперсоленой средой, клетка поддерживает высокую концентрацию калия, используя множество активных переносчиков.

Много Галобактерии виды обладают белковыми органеллами, называемыми газовыми пузырьками.

Экология

Галобактерии можно найти в сильно засоленных озерах, таких как Большое Соленое озеро, Мертвое море и озеро Магади. Галобактерии могут быть идентифицированы в водоемах с помощью светочувствительного пигмента бактериородопсина, который не только снабжает архей химической энергией, но и придает ему красноватый оттенок. Оптимальная температура для роста составляет 37 ° C.

Галобактерии может быть кандидатом в существующую на Марсе форму жизни. Одна из проблем, связанных с выживанием на Марсе, - это разрушительный ультрафиолетовый свет. Эти микроорганизмы образуют тонкую корку соли, которая может смягчать часть ультрафиолетового излучения. Хлорид натрия является наиболее распространенной солью, а хлоридные соли непрозрачны для коротковолнового ультрафиолета. Их фотосинтетический пигмент, бактериородопсин, на самом деле непрозрачен для длинноволнового ультрафиолета (его красный цвет). Кроме того, Галобактерии производит пигменты, называемые бактерируберинами, которые, как считается, защищают клетки от повреждения ультрафиолетом. Препятствие, которое им нужно преодолеть, - это возможность расти при низкой температуре в течение предположительно короткого времени, когда лужа воды может быть жидкой.

Приложения

Пищевая промышленность

Бета-каротин, пигмент галофильных бактерий, который способствует их красному окрашиванию, используется в пищевой промышленности в качестве натурального пищевого красителя.^[2] Галофилы продуцируют разрушающие ферменты, такие как липазы, амилазы, протеазы, и ксиланазы которые используются в различных методах обработки пищевых продуктов. Известные применения этих ферментов включают улучшение процесса ферментации соленых продуктов, улучшение качества теста для выпечки хлеба и вклад в производство кофе.^[2][3]

Биоремедиация

Многие виды галофильных бактерий производят экзополисахариды (EPS), которые используются в промышленности как биоремедиация агенты. Биосурфактанты также выделяются многими галофильными бактериями, и эти амфифильные соединения используются для восстановления почвы. Многие галофилы обладают высокой толерантностью к тяжелым металлам, что делает их потенциально полезными для биоремедиации ксенобиотик соединения и тяжелые металлы, которые выбрасываются в окружающую среду в результате горных работ и металлизации. Галофилы способствуют биоремедиации загрязняющих веществ, превращая ксенобиотики в менее токсичные соединения.^[3] Немного Галобактерии виды, как было показано, эффективны в биоремедиации загрязняющих веществ, включая алифатические углеводороды, такие как те, что содержатся в сырой нефти; и ароматические углеводороды, такие как 4-гидроксибензойная кислота, загрязнитель в некоторых промышленных стоках высокой солености.^{[нужна цитата ]}

Фармацевтические препараты

Некоторые штаммы Галобактерии, включая Halobacterium salinarum, исследуются для медицинского применения их механизмов радиационной стойкости. Бактерируберин - это каротиноидный пигмент, содержащийся в Галобактерии что снижает чувствительность бактерий к γ-излучению и УФ-излучению.^[4]В нокаут-исследованиях было показано, что отсутствие бактерируберина увеличивает чувствительность бактерии к окислительным агентам, повреждающим ДНК. Перекись водорода, например, вступает в реакцию с бактериоруберином, что предотвращает образование активные формы кислорода, и, таким образом, защищает бактерию за счет снижения окислительной способности повреждающего ДНК агента.^[5]H. salinarum также обнаруживает высокие внутриклеточные концентрации хлорида калия, который, как было показано, придает устойчивость к радиации. Галобактерии также изучаются возможности фармацевтического применения производимых ими биоактивных соединений, включая противораковые агенты, антимикробные биосурфактанты и антимикробные метаболиты.^[4]

Значение и приложения

Галобактерии - это галофильные микроорганизмы, которые в настоящее время изучаются на предмет их использования в научных исследованиях и биотехнологии. Например, геномное секвенирование Галобактерии виды NRC-1 показали, что они используют подобную эукариотам РНК-полимеразу II и механизмы трансляции, которые связаны с кишечная палочка и другие грамотрицательные бактерии. Кроме того, они обладают генами репликации, репарации и рекомбинации ДНК, которые аналогичны генам, присутствующим в бактериофагах, дрожжах и бактериях. Способность этого Галобактерии виды, которые можно легко культивировать и генетически модифицировать, позволяют использовать его в качестве модельный организм в биологических исследованиях.^[6] Более того, Галобактерии NRC-1 также использовался в качестве потенциального вектора для доставки вакцин. В частности, они производят газовые везикулы, которые могут быть генетически сконструированы для отображения определенных эпитопов. Кроме того, газовые везикулы демонстрируют способность действовать как естественные адъюванты, помогая вызывать более сильные иммунные реакции. Из-за того, что галобактерии требуют среды с высоким содержанием соли, получение этих газовых пузырьков является недорогим и эффективным, поскольку для их выделения требуется только водопроводная вода.^[7]

Галобактерии также содержат белок, называемый Бактериородопсины которые представляют собой световые протонные насосы, обнаруженные на клеточной мембране. Хотя большинству белков в галофилах необходимы высокие концентрации соли для правильной структуры и функционирования, этот белок показал возможность использования в биотехнологических целях из-за его стабильности даже за пределами этих экстремальных условий. Бактериородопсины, выделенные из Halobacterium salinarum были специально изучены для их применения в электронике и оптике. В частности, бактериородопсины использовались в голографической памяти, оптическом переключении, обнаружении движения и нанотехнологии. Несмотря на то, что были представлены многочисленные варианты использования этого белка, в настоящее время еще не установлено каких-либо крупномасштабных коммерческих приложений.^[8]

Рекомбинация и спаривание

УФ облучение Галобактерии sp. штамм NRC-1 индуцирует несколько генных продуктов, используемых в гомологичная рекомбинация.^[9] Например, гомолог из рад51 /recA ген, который играет ключевую роль в рекомбинации, индуцируется УФ-излучением в 7 раз. Гомологичная рекомбинация может спасти остановленные репликационные вилки и / или облегчить рекомбинационную репарацию повреждений ДНК.^[9] В естественной среде обитания гомологичная рекомбинация, вероятно, вызвана УФ-облучением солнечным светом.

Halobacterium volcanii имеет отличительную систему спаривания, в которой цитоплазматические мостики между клетками, по-видимому, используются для передачи ДНК от одной клетки к другой.^[10] В диких популяциях Halorubrumгенетический обмен и рекомбинация происходят часто.^[11] Этот обмен может быть примитивной формой сексуального взаимодействия, похожей на более хорошо изученную бактериальную трансформацию, которая также представляет собой процесс передачи ДНК между клетками, приводящий к гомологичный рекомбинационный ремонт повреждений ДНК.^{[нужна цитата ]}

дальнейшее чтение

Научные журналы

• ДасСарма, S., Б. Берквист, Дж. Кокер, П. ДасСарма, Дж. Мюллер. 2006. Постгеномика модельной галоархеи Halobacterium sp. NRC-1. Солевые системы 2: 3.
• Судебная комиссия Международного комитета по систематике прокариот (2005 г.). «В номенклатурные типы заказов Acholeplasmatales, Halanaerobiales, Halobacteriales, Methanobacteriales, Methanococcales, Methanomicrobiales, Planctomycetales, Prochlorales, Sulfolobales, Thermococcales, Thermoproteales и Verrucomicrobiales являются роды Acholeplasma, Halanaerobium, Halobacterium, Methanobacterium, Methanococcus, Methanomicrobium, Planctomyces, Prochloron, Sulfolobus , Thermococcus, Thermoproteus и Verrucomicrobium, соответственно. Мнение 79 ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 55 (Pt 1): 517–518. Дои:10.1099 / ijs.0.63548-0. PMID  15653928.
• Орен А., Вентоза А. (2000). "Подкомитет Международного комитета по систематической бактериологии по таксономии Halobacteriaceae. Протоколы заседаний, 16 августа 1999 г., Сидней, Австралия". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 50: 1405–1407. Дои:10.1099/00207713-50-3-1405. PMID  10843089.

Научные книги

• ДасСарма, S. 2004. Последовательность генома чрезвычайно галофильной археи, в Microbial Genomes, стр. 383–399, C.M. Фрейзер, Т. Рид и К. Нельсон (ред.), Humana Press, Inc., Тотова, Нью-Джерси.
• Линн Маргулис, Карлен В. Шварц, Пять королевств. Иллюстрированное руководство по типу жизни на Земле (W.H. Freeman, Сан-Франциско, 1982), стр. 36–37.
• Гиббонс, NE (1974). «Семейство V. Halobacteriaceae fam. Nov.». В RE Бьюкенен; NE Гиббонс (ред.). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии (8-е изд.). Балтимор: The Williams & Wilkins Co.
• Элазари-Вулканы, Б (1957). «Род XII. Halobacterium Elazari-Volcani, 1940». В RS Breed; ЭГД Мюррей; Н. Р. Смит (ред.). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии (7-е изд.). Балтимор: Williams & Wilkins Co., стр.207 –212.
• Элазари-Вулканы, Б (1940). «Исследования микрофлоры Мертвого моря». Докторская диссертация, Еврейский университет, Иерусалим: 1–116 и i – xiii.

Рекомендации

1. Увидеть NCBI веб-страница о Halobacterium. Данные извлечены из "Ресурсы таксономии NCBI". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 2007-03-19.
2. Патерсон, Рассел; Лима, Нельсон (2017). «Биоразведка». Темы биоразнообразия и конверсии. 16: 84–91. Дои:10.1007/978-3-319-47935-4.
3. Гонтия-Мишра, Ити; Сапре, Свапнил; Тивари, Шарад (август 2017 г.). «Разнообразие галофильных бактерий и актинобактерий из Индии и их биотехнологические применения». Индийский журнал геоморских наук. 46 (8): 1575–1587. Получено 8 октября 2017.
4. Юнг, Кван Ву; Лим, Сангьонг; Bahn, Yong-Sun (30 июня 2017 г.). «Механизмы микробной радиационной стойкости». Журнал микробиологии. 55 (7): 499–507. Дои:10.1007 / s12275-017-7242-5.
5. ШАХМОХАММАДИ, ХАМИД РЕЗА; АСГАРАНИ, ЭЗАТ; ТЕРАТО, ХИРОАКИ; САЙТО, ТАКЕШИ; ОХЯМА, ЙОШИХИКО; ГЕККО, КУНИХИКО; ЯМАМОТО, ОСАМУ; ИДЕ, ХИРОШИ (1998). «Защитная роль бактерируберина и внутриклеточного KCl в устойчивости Halobacterium salinarium против ДНК-повреждающих агентов». Журнал радиационных исследований. 39 (4): 251–262. Bibcode:1998JRadR..39..251S. Дои:10.1269 / младший 39.251. PMID  10196780.
6. Ng, W. V .; Kennedy, S.P .; Mahairas, G.G .; Berquist, B .; Пан, М .; Shukla, H.D .; Ласки, С. Р .; Балига, Н. С .; Thorsson, V .; Sbrogna, J .; Swartzell, S .; Странный.; Hall, J .; Dahl, T. A .; Welti, R .; Goo, Y. A .; Leithauser, B .; Keller, K .; Cruz, R .; Danson, M. J .; Hough, D. W .; Maddocks, D.G .; Jablonski, P.E .; Krebs, M. P .; Анжуйн, К. М .; Dale, H .; Isenbarger, T. A .; Пек, Р. Ф .; Pohlschroder, M .; Spudich, J. L .; Jung, K.-H .; Alam, M .; Freitas, T .; Hou, S .; Daniels, C.J .; Dennis, P.P .; Omer, A.D .; Ebhardt, H .; Lowe, T. M .; Liang, P .; Райли, М .; Капюшон, L .; ДасСарма, С. (3 октября 2000 г.). «Последовательность генома вида Halobacterium NRC-1». Труды Национальной академии наук. 97 (22): 12176–12181. Bibcode:2000ПНАС ... 9712176Н. Дои:10.1073 / пнас.190337797. ЧВК  17314. PMID  11016950.
7. Стюарт, Элизабет С .; Моршед, Фазила; Сремак, Маринко; ДасСарма, Шиладитья (15 июня 2001 г.). «Презентация антигена с использованием новых органелл в виде частиц из галофильных архей». Журнал биотехнологии. 88 (2): 119–128. Дои:10.1016 / S0168-1656 (01) 00267-X. PMID  11403846.
8. Орен, Аарон (июль 2010 г.). «Промышленное и экологическое применение галофильных микроорганизмов». Экологические технологии. 31 (8–9): 825–834. Дои:10.1080/09593330903370026. PMID  20662374.
9. Маккриди С., Мюллер Дж. А., Бубриак И., Берквист Б. Р., Нг В. Л., ДасСарма С. (2005). «УФ-облучение индуцирует гомологичные гены рекомбинации в модельной архее, Halobacterium sp. NRC-1». Солевой раствор. 1: 3. Дои:10.1186/1746-1448-1-3. ЧВК  1224876. PMID  16176594.
10. Rosenshine I, Tchelet R, Mevarech M (1989). «Механизм передачи ДНК в системе спаривания архебактерии». Наука. 245 (4924): 1387–9. Bibcode:1989Научный ... 245.1387R. Дои:10.1126 / science.2818746. PMID  2818746.
11. Папке Р.Т., Кениг Дж. Э., Родригес-Валера Ф., Дулиттл В. Ф. (2004). «Частая рекомбинация в популяции солеварни Halorubrum». Наука. 306 (5703): 1928–9. Bibcode:2004Научный ... 306.1928П. Дои:10.1126 / science.1103289. PMID  15591201.

внешняя ссылка

• В Галобактерии Геном