Сиб РНК - Sib RNA
| Сиб РНК | |
|---|---|
 Предсказанный вторичная структура и сохранение последовательности QUAD | |
| Идентификаторы | |
| Символ | QUAD |
| Альт. Символы | Сиб-РНК, QUAD-РНК |
| Рфам | RF00113 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Ген; мРНК |
| Домен (ы) | Бактерии |
| ТАК | ТАК: 0000655 |
| PDB структуры | PDBe |
| Ibs Toxin of Type I токсин-антитоксиновая система | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Ibs_toxin | ||||||||
| Pfam | PF13957 | ||||||||
| Мембранома | 391 | ||||||||
| |||||||||
Сиб РНК относится к группе связанных некодирующая РНК. Первоначально они были названы QUAD RNA после того, как были обнаружены как четыре повторяющихся элемента в кишечная палочка межгенные регионы.[1] Позже семья была переименована в Сиб (для short янегативныйбнезанятые последовательности), когда было обнаружено, что количество повторов варьируется в других разновидность и в других Кишечная палочка штаммы.[2]
Идентификация
Эти малые РНК были идентифицированы компьютерным путем путем поиска генома Кишечная палочка за межгенный области высокой идентичности последовательностей (сохранение последовательности) с геномами близкородственных бактерий (несколько сальмонелла виды и Клебсиелла пневмонии ).[3] Эти данные были объединены с микрочип анализ экспрессии и выявление потенциальных новых нкРНК. Экспрессия интересующей новой нкРНК была подтверждена северный блоттинг.
На этом крупномасштабном скрининге эти ncRNAs были просто обозначены как кандидаты 43, 55 и 61.[3] Эти 3 нкРНК, по-видимому, очень гомологичный и происходят из повторяющейся области генома. Каждая из нкРНК содержит короткий участок, гомологичный boxC, повторяющийся элемент неизвестной функции, присутствующий в 50 или более копиях в пределах геном из Кишечная палочка.[4]
Функция
Сиб-РНК регулирует выражение токсичного белок в типе I токсин-антитоксиновая система аналогично тому из хок / сок иldr-rdl гены.[5] Конститутивно выраженное Сиб стенограмма регулирует СРК (яиндукция бкольца sтасис) открытая рамка чтения который кодирует небольшие 18-19 аминокислот гидрофобный белок, который замедляет рост при умеренных уровнях экспрессии и токсичен при сверхэкспрессии. В СРК ген находится на противоположной стороне брат и полностью дополняет друг друга, поэтому антисмысловой -связывание Sib РНК с СРК мРНК приводит к дцРНК -опосредованная деградация.[2]
Когда брат был удалено в нескольких экземплярах плазмиды, клетки не могли поддерживаться из-за токсичности не подавленных СРК белок. Механизм токсичности белка ibs до конца не изучен, но изменение мембранного потенциала при сверхэкспрессии белка предполагает, что взаимодействия с мембранные белки или введение мембраны вызывает смерть клетки.[2]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Радд К.Э. (1999). «Новые межгенные повторы Escherichia coli K-12». Res. Микробиол. 150 (9–10): 653–664. Дои:10.1016 / S0923-2508 (99) 00126-6. PMID 10673004.
- ^ а б c Фозо Е.М., Кавано М., Фонтейн Ф. и др. (Декабрь 2008 г.). «Подавление синтеза малых токсичных белков малыми РНК Sib и OhsC». Мол. Микробиол. 70 (5): 1076–1093. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2008.06394.x. ЧВК 2597788. PMID 18710431.
- ^ а б Wassarman KM, Repoila F, Rosenow C, Storz G, Gottesman S (2001). «Идентификация новых малых РНК с использованием сравнительной геномики и микрочипов». Genes Dev. 15 (13): 1637–1651. Дои:10.1101 / gad.901001. ЧВК 312727. PMID 11445539.
- ^ Бачелье, С., Гилсон, Э., Хофнунг, М., и Хилл, C.W. 1996. Повторяющиеся последовательности. В Escherichia coli и Salmonella: Cellular and молекулярная биология (редактор F.C. Neidhardt и др.), Стр. 2012–2040. Американское общество микробиологии, Вашингтон, округ Колумбия
- ^ Кавано М., Осима Т., Касаи Х., Мори Х. (июль 2002 г.). «Молекулярная характеристика последовательностей длинных прямых повторов (LDR), экспрессирующих стабильную мРНК, кодирующую 35-аминокислотный убивающий клетки пептид и цис-кодируемую малую антисмысловую РНК в Escherichia coli». Мол. Микробиол. 45 (2): 333–349. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2002.03042.x. PMID 12123448.
дальнейшее чтение
- Фозо Е.М., Макарова К.С., Шабалина С.А., Ютин Н., Кунин Е.В., Сторц Г. (июнь 2010 г.). «Изобилие систем токсин-антитоксин типа I у бактерий: поиски новых кандидатов и открытие новых семейств». Нуклеиновые кислоты Res. 38 (11): 3743–3759. Дои:10.1093 / nar / gkq054. ЧВК 2887945. PMID 20156992. Получено 2010-08-11.
- Хан К., Ким К.С., Бак Г, Пак Х, Ли Й (2010). «Распознавание и дискриминация целевых мРНК с помощью Sib РНК, семейства цис-кодируемых мРНК». Нуклеиновые кислоты Res. 38 (17): 5851–5866. Дои:10.1093 / nar / gkq292. ЧВК 2943612. PMID 20453032.
- Хаяси К., Морока Н., Ямамото Ю. и др. (2006). «Высокоточные геномные последовательности штаммов Escherichia coli K-12 MG1655 и W3110». Мол. Syst. Биол. 2 (1): 2006.0007. Дои:10.1038 / msb4100049. ЧВК 1681481. PMID 16738553.
- Папенфорт К., Фогель Дж. (Июль 2010 г.). «Регуляторная РНК в бактериальных патогенах». Клеточный микроб-хозяин. 8 (1): 116–127. Дои:10.1016 / j.chom.2010.06.008. PMID 20638647.
- Радд К.Э. (1999). «Новые межгенные повторы Escherichia coli K-12». Res. Микробиол. 150 (9–10): 653–664. Дои:10.1016 / S0923-2508 (99) 00126-6. PMID 10673004.