SplitsTree - SplitsTree

SplitsTree
Разработчики)Дэниел Хьюсон и Дэвид Брайант
Стабильный выпуск
4.16.0 / 2020
Операционная системаWindows, Linux, Mac OS X
ТипБиоинформатика
ЛицензияПроприетарный
Интернет сайтhttp://www.splitstree.org

SplitsTree это популярная бесплатная программа для вывода филогенетические деревья, филогенетические сети, или, в более общем смысле, разбивает графики, из различных типов данных, таких как выравнивание последовательностей, а матрица расстояний или набор деревьев.[1][2] SplitsTree реализует опубликованные методы, такие как расколоть разложение[3], соседняя сеть, сети консенсуса[4], методы суперсетей или методы вычислений гибридизация или просто рекомбинация сети. Он использует Формат файла NEXUS, граф разбиения определяется с помощью специального блока данных (блока SPLITS).

Пример соседняя сеть филогенетическая сеть сгенерировано SplitsTree v4.6.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Платье, А .; К. Т. Хубер; В. Моултон (2001). «Метрические пространства в чистой и прикладной математике» (PDF). Documenta Mathematica: 121–139.
  2. ^ Huson, D. H .; Д. Брайант (2006). «Применение филогенетических сетей в эволюционных исследованиях». Мол. Биол. Evol. 23 (2): 254–267. Дои:10.1093 / molbev / msj030. PMID  16221896.
  3. ^ Bandelt, H.J .; Платье, А. В. (1992). «Сплит-декомпозиция: новый и полезный подход к филогенетическому анализу данных о расстоянии». Молекулярная филогенетика и эволюция. 1 (3): 242–252. Дои:10.1016/1055-7903(92)90021-8. ISSN  1055-7903. PMID  1342941.
  4. ^ Голландия, Барбара; Моултон, Винсент (2003). Бенсон, Гэри; Пейдж, Родерик Д. М. (ред.). «Консенсусные сети: метод визуализации несовместимости в коллекциях деревьев». Алгоритмы в биоинформатике. Конспект лекций по информатике. Springer Berlin Heidelberg. 2812: 165–176. Дои:10.1007/978-3-540-39763-2_13. ISBN  9783540397632.

внешняя ссылка