Тремоло-X - Tremolo-X
 | Эта статья имеет нечеткий стиль цитирования. (Май 2011 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
| Тип | Моделирование |
|---|---|
| Лицензия | индивидуальный |
| Интернет сайт | http://www.tremolo-x.com/ |
TREMOLO-X представляет собой программный пакет, используемый для численного моделирования взаимодействий между атомами и молекулами, молекулярной динамики. TREMOLO-X был первоначально разработан в Институт численного моделирования (INS) в Боннском университете, Германия и развивается с Институт алгоритмов и научных вычислений Фраунгофера (SCAI) в сотрудничестве с INS.
Моделирование молекулярной динамики
- Эффективность параллельного подключения: Tremolo-X особенно оптимизирован для параллельных приложений. Он использует древовидные алгоритмы для долгосрочных потенциалов, а также сеточные алгоритмы для коротких и дальнодействующих потенциалов.
- Графический интерфейс пользователя: в дополнение к управлению из командной строки, TREMOLO-X включает интерфейс GUI для управления параметрами и моделирования.
- Моделирование: Tremolo-X включает в себя эффективную реализацию нескольких потенциальных типов, обычно используемых для моделирования систем в областях материаловедения, нанотехнологий и биофизики.
Функции
- Удобный интерфейс GUI
- Параллельная версия для машин с распределенной памятью (MIMD ) с интерфейсом передачи сообщений (MPI )
- Параллельная реализация реактивных многочастичных потенциалов Бреннера, Мариана, Терсоффа, Фейстона-Гарофалини, Стиллингера-Вебера и Саттона-Чена.
- Параллельная реализация фиксированного, углового, крутильного (двугранного) и инверсионного потенциалов
- NVE, NVT и ДНЯО ансамбль, с разными термостатами
- Несколько интеграторов времени и локальных оптимизаторов
- Расчет многих измеряемых величин, например коэффициенты диффузии, диаграммы напряжения-деформации, упругие постоянные, функции распределения, корреляционные функции и статистика кратчайшего кольца
- Реализация короткодействующих потенциалов с помощью метода связанных ячеек и распараллеливания с помощью динамической декомпозиции домена с балансировкой нагрузки
- Алгоритмы для дальнодействующих потенциалов: Particle-Mesh-Ewald с декомпозицией областей, параллельным 3D-FFT и параллельной многосеткой. Также Barnes-Hut / быстрые множественные методы и распараллеливание с помощью кривых заполнения пространства
Проекты и коллаборации
Tremolo-X применяется во многих различных проектах в различных областях применения. Здесь основное внимание уделяется вычислениям в области нанотехнологий, материаловедения, биохимии и биофизики.
- ScaFaCoS - масштабируемый быстрый кулоновский решатель
Это сетевой проект немецких исследовательских групп и промышленных партнеров (например, IBM и BASF). Он финансируется Министерством образования и науки Германии (BMBF). - CODICE - Проектирование инновационных материалов на основе цемента на основе вычислений.
Исследовательский проект международных исследовательских групп и промышленных партнеров (например, BASF и CTG). Он финансируется Седьмой рамочной программой (FP7) ЕС. - Нанопроволоки и нанотрубки: от контролируемого синтеза к функции
Приоритетная программа 1165 Немецкого исследовательского фонда (DFG) - Численные методы для многомасштабных моделей и сингулярных явлений
Центр совместных исследований 611 Немецкого исследовательского фонда (DFG) - Неорганические твердые тела без поступательной симметрии - синтез, структура и моделирование
Центр совместных исследований 408 Немецкого исследовательского фонда (DFG)
Рекомендации
Грибель, М.; Кнапек С .; Зумбуш Г. (2007). Численное моделирование в молекулярной динамике. Берлин, Гейдельберг: Springer. ISBN 978-3-540-68094-9.
Грибель, М.; Кнапек С .; Zumbusch G .; Чаглар А. (2003). Numerische Simulation in der Moleküldynamik. Numerik, Algorithmen, Parallelisierung, Anwendungen. Берлин, Гейдельберг: Springer.