WDR53 - WDR53

Структура WDR53. Zhang Lab, Мичиганский университет

Повторение WD, содержащее белок 53 (WDR53) представляет собой белок, кодируемый геном WDR53, который был идентифицирован в геноме человека Проект "Геном человека" но на данный момент отсутствуют экспериментальные процедуры для понимания функции. Он расположен на хромосоме 3 в месте 3q29 в Homo sapiens. Он имеет короткие непереведенные области вверх и вниз по потоку, а также WD40 повторить области, которые связаны с различными функциями (передача сигналов, регуляция транскрипции, апоптоз и т. д.).

Выражение

В Х. сапиенс, было показано, что он высоко экспрессируется в ткани семенников с низкой, почти не отслеживаемой экспрессией в других тканях.[1]

Ген

WDR53 транскрибирует мРНК с 1701 пар оснований.[2] Этот ген находится на отрицательной цепи хромосомы 3 и имеет четыре экзона.[3] МРНК имеет промотор, помеченный GXP_232341 из Геноматикс и имеет длину 1253 п.н.[4]

мРНК

WDR53 можно поочередно сплайсировать на 6 различных продуктов мРНК.

Протеин

Транслируемый белок из WDR53 содержит семь идентифицируемых областей WD40, кодируемых 358 аминокислотами.[5] Белковый продукт составляет 38,99 кДа.[6]

Субклеточная локализация

Форма конуса образована WDR53

Согласно прогнозам, WDR53 будет локализован в ядро ячеек.[7] Белок даже обладает одним ядерная локализация сигнал.

Структура

Предполагается, что вторичная структура WDR53 представляет собой преимущественно чередование петель и цепей с небольшим количеством спиралей или их отсутствием.[8] Эти области WD40 складываются в третичную структуру, подобную пропеллеру, которая была сохранена во многих различных генах в геноме человека, а также других эукариот.[9] Эти семь повторов образуют конусообразную форму, в которой центральное углубление, скорее всего, действует как точка связывания для других белков.

Взаимодействующие белки

Есть два вероятных белка, которые взаимодействуют с WDR53: WDR5 и MCPH1. Каждый из этих белков имеет области, которые имеют высокую вероятность образования и ассоциации с WDR53. Оба белка также экспрессируются в семенниках, что повышает вероятность истинной ассоциации. [10][11]

Карта белков, показывающая посттрансляционные модификации.

Посттрансляционные модификации

WDR53 претерпевает модификации белка, такие как фосфорилирование, суммоилирование, и гликозилирование.

Гомология

Поскольку повторы WD40 консервативны у многих эукариот, WDR53 также сохраняется у многих эукариот даже у некоторых представителей царства подорожников, таких как Apple.

Скорость мутации WDR53 по сравнению с Фибриноген и Цитохром-с через организмы
Ортологи
ОрганизмРегистрационный номерПроцент идентичностиРасхождение с Homo sapiens (MYA).
Малый полосатик китXP_0071716658994
Тасманский дьяволXP_00376372675160
Китайский аллигаторXP_00603714869320
Королевская кобраETE6263462320
Американская лягушка-быкPIO1389454353
ДаниоXP_001339961.148432
Морская звезда Терновый венецXP_02209340135627
Восточная устрицаXP_02228902130794
яблокоAFV94635261624

Рекомендации

  1. ^ "Домен 53 повтора WD WDR53 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. NCBI. Получено 5 февраля 2018.
  2. ^ "Изоформа a белка 53, содержащего повтор WD [Homo sapiens] - Белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-19.
  3. ^ "Изоформа a белка 53, содержащего повтор WD [Homo sapiens] - Белок - NCBI".
  4. ^ Эльдорадо от Genomatix
  5. ^ "Изоформа a белка 53, содержащего повтор WD [Homo sapiens] - Белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-19.
  6. ^ «WDR53 - белок 53, содержащий повторы WD - Homo sapiens (человек) - ген и белок WDR53». www.uniprot.org. Получено 2018-05-06.
  7. ^ "aGE251ffc52e51822bf2e9b6375a5787012 WoLFPSORT output". wolfpsort.hgc.jp. Получено 2018-05-06.
  8. ^ "Прогнозы белков". predprotein.org. 2018-05-06. Получено 2018-05-11.
  9. ^ Смит, Темпл F; Гайтацес, Хризанта; Саксена, Кумкум; Нир, Ева Дж (1999-05-01). «Повторение WD: общая архитектура для различных функций». Тенденции в биохимических науках. 24 (5): 181–185. Дои:10.1016 / S0968-0004 (99) 01384-5. ISSN  0968-0004. PMID  10322433.
  10. ^ "Домен 5 повтора WD WDR5 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI".
  11. ^ «Микроцефалин 1 MCPH1 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI».