Формат файла XYZ - XYZ file format

Формат XYZ
Расширение имени файла	.xyz
Тип интернет-СМИ	химический / x-xyz
Тип формата	формат химического файла

В Формат файла XYZ это формат химического файла. Формального стандарта нет и существует несколько вариантов, но типичный формат XYZ определяет геометрия молекулы указав количество атомы с участием Декартовы координаты которые будут прочитаны в первой строке, комментарии ко второй и строках атомарных координат в следующих строках.^[1] Формат файла используется в вычислительная химия программы для импорта и экспорта геометрии. Единицы обычно находятся в Ангстремс. Некоторые варианты включают использование атомных чисел вместо атомарных символов или пропуск строки комментария. Файлы, использующие формат XYZ, обычно имеют .xyz расширение.

Формат

Форматирование файла формата .xyz выглядит следующим образом:

<количество атомов> строка комментария <элемент>    ...

Информация о подключении в формате файла XYZ подразумевается, а не явно. Согласно главной странице XYZ (часть XMol),

Обратите внимание, что формат XYZ не содержит информации о подключении. Это преднамеренное упущение обеспечивает большую гибкость: для создания файла XYZ вам не нужно знать, где находятся связи молекулы; вам просто нужно знать, где находятся его атомы. Информация о подключении создается автоматически для файлов XYZ по мере их считывания в приложениях, связанных с XMol. Вкратце, если расстояние между двумя атомами меньше суммы их ковалентных радиусов, они считаются связанными.^[2]

пример

В пиридин Молекулу можно описать в формате XYZ следующим образом:

11C -0,180226841 0,360945118 -1.120304970C -0,180226841 1,559292118 1,503191118 -0.407860970C -0,180226841 0.986935030N -0,180226841 0,360945118 1.29018350C -0,180226841 -0,781300882 0.986935030C -0,180226841 -0,837401882 -0.407860970H -0,180226841 0,360945118 2,517950118 -2.206546970H -0,180226841 -0.917077970H -0,180226841 2.421289118 1.572099030H -0.180226841 -1.699398882 1.572099030H -0.180226841 -1.796059882 -0.917077970

Анимация

Большинство зрителей молекул, таких как Jmol и VMD может показывать анимацию с использованием файлов .xyz. Ниже приведен пример формата xyz для m последовательных снимков, которые можно визуализировать как анимацию:

<количество атомов> строка комментарияatom_symbol₁₁ x-координата₁₁ y-координата₁₁ z-координата₁₁atom_symbol₁₂ x-координата₁₂ y-координата₁₂ z-координата₁₂... atom_symbol_1n x-координата_1n y-координата_1n z-координата_1n<количество атомов> строка комментарияatom_symbol₂₁ x-координата₂₁ y-координата₂₁ z-координата₂₁atom_symbol₂₂ x-координата₂₂ y-координата₂₂ z-координата₂₂... atom_symbol_2n x-координата_2n y-координата_2n z-координата_2n... <количество атомов> строка комментарияatom_symbol_m1 x-координата_m1 y-координата_m1 z-координата_m1atom_symbol_m2 x-координата_m2 y-координата_m2 z-координата_m2...
atom_symbol_млн x-координата_млн y-координата_млн z-координата_млн

Обратите внимание, что стандарт xyz не требует, чтобы количество или химическая природа атомов были одинаковыми на последующих снимках, что позволяет атомам исчезать или попадать в поле зрения во время анимации.

Смотрите также

Расширенный формат XYZ

использованная литература

^ «Спецификация файла XYZ». OpenBabel.
^ "Справочная страница XYZ (часть XMol)". Получено 22 сентября 2015.

[1] «Спецификация файла XYZ». OpenBabel.

[2] "Справочная страница XYZ (часть XMol)". Получено 22 сентября 2015.

[1]

[2]