APOBEC3B - APOBEC3B

APOBEC3B
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 5CQD, 5CQH, 5CQI, 5CQK, 2NBQ
Идентификаторы
Псевдонимы	APOBEC3B, A3B, APOBEC1L, ARCD3, ARP4, DJ742C19.2, PHRBNL, bK150C2.2, каталитическая субъединица 3B фермента редактирования мРНК аполипопротеина B
Внешние идентификаторы	OMIM: 607110 MGI: 1933111 ГомолоГен: 105420 Генные карты: APOBEC3B
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 22 (человек)[1] Группа 22q13.1 Начинать 38,982,347 бп[1] Конец 38,992,804 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 15 (мышь)[2] Группа 15 E1 | 15 37,85 см Начинать 79,891,659 бп[2] Конец 79,915,906 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • гидролазная активность, действующая на углерод-азотные (но не пептидные) связи в циклических амидинах • связывание ионов цинка • каталитическая активность • гидролазная активность • связывание ионов металлов • активность дезоксицитидин дезаминазы • Связывание РНК • активность цитидин дезаминазы Сотовый компонент • ядро клетки • цитоплазма Биологический процесс • отрицательное регулирование транспозиции • врожденная иммунная система • иммунная система • защитный ответ на вирус • дезаминирование цитидина • редактирование цитидина в уридин • Деметилирование ДНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	9582	80287
Ансамбль	ENSG00000179750	ENSMUSG00000009585
UniProt	Q9UH17	Q99J72
RefSeq (мРНК)	NM_004900 NM_001270411	NM_001160415 NM_030255 NM_001347041
RefSeq (белок)	NP_001257340 NP_004891	NP_001153887 NP_001333970 NP_084531
Расположение (UCSC)	Chr 22: 38.98 - 38.99 Мб	Chr 15: 79,89 - 79,92 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Вероятный ДНК dC-> dU-редактирующий фермент APOBEC-3B это белок что у людей кодируется APOBEC3B ген.^[5][6][7]

Этот ген является членом цитидин дезаминаза генная семья. Это один из семи родственных генов или псевдогены найдено в кластер, считается результатом дупликация гена, на хромосома 22. Члены кластера кодируют белки, которые структурно и функционально связаны с цитидиндезаминазой, редактирующей РНК от C до U. APOBEC1. Считается, что белки могут редактировать РНК. ферменты и играть роль в росте или клеточный цикл контроль. Этот ген вместе с APOBEC3A в последние годы был обнаружен как связанный с мутагенезом нескольких видов рака. Белки APOBEC3A и APOBEC3B могут вызывать специфические мутации в геномах рака, называемые мутагенезом APOBEC, и несколько факторов, включая генетические и экологические, влияют на этот паттерн мутаций у пациентов, особенно при раке мочевого пузыря и груди.^[7] Этот ген также сверхэкспрессируется в множественная миелома, возможно, способствуя его формированию.^[8]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000179750 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000009585 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Джармуз А., Честер А., Бейлисс Дж., Гисборн Дж., Данхэм И., Скотт Дж., Наваратнам Н. (февраль 2002 г.). «Антропоид-специфический локус орфанных C to U ферментов, редактирующих РНК, на хромосоме 22». Геномика. 79 (3): 285–96. Дои:10.1006 / geno.2002.6718. PMID  11863358.
6. Мэдсен П., Анант С., Расмуссен Х. Х., Громов П., Ворум Х., Думански Дж. П., Томмеруп Н., Коллинз Дж. Э., Райт К. Л., Данхэм И., МакГиннити А. Дж., Дэвидсон Н. О., Селис Дж. Э. (сентябрь 1999 г.). «Форболин-1, активированный псориазом, имеет структурное, но не функциональное сходство с мРНК-редактирующим белком апобек-1». J Invest Dermatol. 113 (2): 162–9. Дои:10.1046 / j.1523-1747.1999.00682.x. PMID  10469298.
7. «Ген Entrez: фермент редактирования мРНК аполипопротеина B APOBEC3B, каталитический полипептидоподобный 3B».
8. Ямазаки, Хироюки; Сиракава, Котаро; Мацумото, Тадахико; Хирабаяси, Шигеки; Муракава, Ясухиро; Кобаяси, Масаюки; Сарка, Анамария Даниэла; Казума, Ясухиро; Мацуи, Хироюки; Маруяма, Ватару; Фукуда, Хирофуми; Сиракава, Рютаро; Синдо, Кейсуке; Ри, Масаки; Иида, Синсукэ; Такаори-Кондо, Акифуми (9 мая 2019 г.). «Эндогенная сверхэкспрессия APOBEC3B постоянно вызывает замены и делеции ДНК в клетках миеломы». Научные отчеты. 9 (1). Дои:10.1038 / с41598-019-43575-у.

внешняя ссылка

• Человек APOBEC3B расположение генома и APOBEC3B страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Ведекинд JE, Dance GS, Соуден MP, Смит HC (2003). «Редактирование матричной РНК у млекопитающих: новые члены семьи APOBEC ищут роли в семейном бизнесе». Тенденции Genet. 19 (4): 207–16. Дои:10.1016 / S0168-9525 (03) 00054-4. PMID  12683974.
• Данэм И., Шимицу Н., Роу Б.А. и др. (1999). «Последовательность ДНК хромосомы 22 человека». Природа. 402 (6761): 489–95. Дои:10.1038/990031. PMID  10591208.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Мариани Р., Чен Д., Шрёфельбауэр Б. и др. (2003). «Видоспецифическое исключение APOBEC3G из вирионов ВИЧ-1 с помощью Vif». Клетка. 114 (1): 21–31. Дои:10.1016 / S0092-8674 (03) 00515-4. PMID  12859895.
• Сойер С.Л., Эмерман М., Малик Х.С. (2006). "Древняя адаптивная эволюция антивирусного фермента, редактирующего ДНК приматов APOBEC3G". PLoS Biol. 2 (9): E275. Дои:10.1371 / journal.pbio.0020275. ЧВК  479043. PMID  15269786.
• Ю Кью, Чен Д., Кениг Р. и др. (2005). «APOBEC3B и APOBEC3C являются мощными ингибиторами репликации вируса иммунодефицита обезьян». J. Biol. Chem. 279 (51): 53379–86. Дои:10.1074 / jbc.M408802200. PMID  15466872.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Роза К.М., Марин М., Козак С.Л., Кабат Д. (2005). «Регулируемая продукция и активность против ВИЧ типа 1 цитидиндезаминаз APOBEC3B, 3F и 3G». AIDS Res. Гм. Ретровирусы. 21 (7): 611–9. Дои:10.1089 / помощь.2005.21.611. PMID  16060832.
• Bogerd HP, Wiegand HL, Doehle BP и др. (2006). «APOBEC3A и APOBEC3B являются мощными ингибиторами функции LTR-ретротранспозона в клетках человека». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (1): 89–95. Дои:10.1093 / нар / gkj416. ЧВК  1326241. PMID  16407327.
• Стенглейн, доктор медицины, Харрис, Р.С. (2006). «APOBEC3B и APOBEC3F ингибируют ретротранспозицию L1 с помощью независимого от дезаминирования механизма ДНК». J. Biol. Chem. 281 (25): 16837–41. Дои:10.1074 / jbc.M602367200. PMID  16648136.
• Хаката Y, Ландау Н.Р. (2007). «Обратная функциональная организация доменов цитидиндезаминазы APOBEC3 мыши и человека». J. Biol. Chem. 281 (48): 36624–31. Дои:10.1074 / jbc.M604980200. PMID  17020885.
• Кидд Дж. М., Ньюман Т. Л., Тузун Э. и др. (2007). «Стратификация населения общего полиморфизма делеции гена APOBEC». PLoS Genet. 3 (4): e63. Дои:10.1371 / journal.pgen.0030063. ЧВК  1853121. PMID  17447845.

• Паттерн мутагенеза цитидиндезаминазы APOBEC широко распространен при раковых заболеваниях человека.

Стивен А. Робертс, Майкл С. Лоуренс, Лешек Дж. Климчак, Сара А. Гримм, Дэвид Фарго, Петар Стоянов, Адам Кизун, Грегори В. Крюков, Скотт Л. Картер, Гордон Саксена, Шон Харрис, Ручир Р. Шах, Майкл А. Резник, Гэд Гетц и Дмитрий А Горденин

• Кэндис Д. Миддлбрукс, А. Руф Бандай, Коничи Мацуда и др. Связь вариантов зародышевой линии в области APOBEC3 с риском рака и обогащением с помощью сигнатурных мутаций APOBEC в опухолях. Выйти. Природа Генетики 2016.