APOM - APOM

APOM
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2WEW, 2WEX, 2YG2
Идентификаторы
Псевдонимы	APOM, G3a, HSPC336, NG20, апо-M, аполипопротеин M
Внешние идентификаторы	OMIM: 606907 MGI: 1930124 ГомолоГен: 10308 Генные карты: APOM
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 6 (человек)[1] Группа 6п21.33 Начните 31,652,416 бп[1] Конец 31,658,210 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 17 (мышь)[2] Группа 17 | 17 B1 Начните 35,128,997 бп[2] Конец 35,132,050 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • активность переносчика липидов • антиоксидантная активность • связывание фосфолипидов Сотовый компонент • дискоидная частица липопротеинов высокой плотности • неотъемлемый компонент плазматической мембраны • липопротеиновые частицы очень низкой плотности • сферическая частица липопротеинов высокой плотности • внеклеточная область • частица липопротеинов низкой плотности • частица липопротеинов высокой плотности • внеклеточный Биологический процесс • липопротеиновый метаболический процесс • липидный транспорт • отрицательная регуляция окисления липопротеинов плазмы • ответ на глюкозу • сборка частиц липопротеинов высокой плотности • ретиноидный метаболический процесс • ремоделирование частиц липопротеинов высокой плотности • отток холестерина • гомеостаз холестерина • обратный транспорт холестерина • клиренс липопротеинов высокой плотности • клеточная детоксикация окислителей Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	55937	55938
Ансамбль	ENSG00000231974 ENSG00000204444 ENSG00000206409 ENSG00000227567 ENSG00000235754 ENSG00000224290 ENSG00000226215	ENSMUSG00000024391
UniProt	O95445	Q9Z1R3
RefSeq (мРНК)	NM_001256169 NM_019101	NM_018816
RefSeq (белок)	NP_001243098 NP_061974	NP_061286
Расположение (UCSC)	Chr 6: 31,65 - 31,66 Мб	Chr 17: 35.13 - 35.13 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

ApoM
Идентификаторы
Символ	ApoM
Pfam	PF11032
Pfam клан	CL0116
ИнтерПро	IPR022734
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

Аполипопротеин М это белок что у людей кодируется APOM ген.^[5][6][7]

Белок, кодируемый этим геном, представляет собой аполипопротеин и член липокалин белковая семья. Это связано с липопротеины высокой плотности и в меньшей степени с липопротеины низкой плотности и триглицерид -богатые липопротеины. Кодируемый белок секретный сквозь плазматическая мембрана но остается мембраносвязанным, где он участвует в липидный транспорт. Два стенограмма варианты кодирования двух разных изоформы были обнаружены для этого гена, но только один из них был полностью охарактеризован.^[7] Средняя молекулярная масса составляет 21253 Да, а моноизотопная молекулярная масса составляет 21239 Да.

использованная литература

1. ENSG00000204444, ENSG00000206409, ENSG00000227567, ENSG00000235754, ENSG00000224290, ENSG00000226215 GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000231974, ENSG00000204444, ENSG00000S620020640200, ENSG00000S62002400 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024391 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Сюй Н, Дальбак Б. (декабрь 1999 г.). «Новый человеческий аполипопротеин (апоМ)». J Biol Chem. 274 (44): 31286–90. Дои:10.1074 / jbc.274.44.31286. PMID  10531326.
6. Дуан Дж., Дальбак Б., Виллоутреикс Б.О. (июнь 2001 г.). «Предложенная липокалиновая складка для аполипопротеина М на основе биоинформатики и сайт-направленного мутагенеза». FEBS Lett. 499 (1–2): 127–32. Дои:10.1016 / S0014-5793 (01) 02544-3. PMID  11418126. S2CID  28493816.
7. "Entrez Gene: APOM аполипопротеин M".

дальнейшее чтение

• Альбертелла М.Р., Джонс Х., Томсон В. и др. (1997). «Локализация восьми дополнительных генов в главном комплексе гистосовместимости человека, включая ген, кодирующий бета-субъединицу казеинкиназы II (CSNK2B)». Геномика. 36 (2): 240–51. Дои:10.1006 / geno.1996.0459. PMID  8812450.
• Xu N, Zhang XY, Dong X и др. (2002). «Влияние фактора активации тромбоцитов, фактора некроза опухоли и интерлейкина-1альфа на экспрессию аполипопротеина М в клетках HepG2». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 292 (4): 944–50. Дои:10.1006 / bbrc.2002.6755. PMID  11944906.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Чжан XY, Донг X, Чжэн Л. и др. (2003). «Специфическая тканевая экспрессия и клеточная локализация человеческого аполипопротеина М, как определено гибридизацией in situ». Acta Histochem. 105 (1): 67–72. Дои:10.1078/0065-1281-00687. PMID  12666989.
• Мунгалл А.Дж., Палмер С.А., Симс С.К. и др. (2003). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы 6 человека». Природа. 425 (6960): 805–11. Bibcode:2003Натура.425..805М. Дои:10.1038 / природа02055. PMID  14574404.
• Рихтер С., Ши Д. К., Пирсон Э. Р. и др. (2004). «Регулирование экспрессии гена аполипопротеина М с помощью ядерного фактора-1альфа гепатоцитов MODY3: гаплонедостаточность связана со снижением уровня аполипопротеина М в сыворотке». Сахарный диабет. 52 (12): 2989–95. Дои:10.2337 / диабет.52.12.2989. PMID  14633861.
• Се Т., Роуэн Л., Агуадо Б. и др. (2004). «Анализ области класса III генно-плотного комплекса гистосовместимости и его сравнение с мышью». Genome Res. 13 (12): 2621–36. Дои:10.1101 / гр.1736803. ЧВК  403804. PMID  14656967.
• Чжан XY, Jiao GQ, Hurtig M и др. (2005). «Характер экспрессии аполипопротеина М во время эмбриогенеза мыши и человека». Acta Histochem. 106 (2): 123–8. Дои:10.1016 / j.acthis.2003.11.004. PMID  15147633.
• Каббара А., Пайет Н., Коттель Д. и др. (2004). «Исключение CYP46 и APOM в качестве генов-кандидатов на болезнь Альцгеймера во французской популяции». Neurosci. Латыш. 363 (2): 139–43. Дои:10.1016 / j.neulet.2004.03.066. PMID  15172102. S2CID  27752858.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Сюй Н., Нильссон-Эле П., Арен Б. (2005). «Корреляция аполипопротеина М с лептином и холестерином у здоровых и страдающих ожирением субъектов». J. Nutr. Биохим. 15 (10): 579–82. Дои:10.1016 / j.jnutbio.2004.03.001. PMID  15542348.
• Луо Дж., Хуртиг М., Чжан Х и др. (2005). «Лептин ингибирует транскрипцию и секрецию аполипопротеина М в клеточной линии гепатомы человека, клетках HepG2». Биохим. Биофиз. Acta. 1734 (2): 198–202. Дои:10.1016 / j.bbalip.2005.02.005. PMID  15904876.
• Лю Т., Цянь В.Дж., Гриценко М.А. и др. (2006). «Анализ N-гликопротеома плазмы человека методом иммуноаффинного вычитания, химии гидразидов и масс-спектрометрии». J. Proteome Res. 4 (6): 2070–80. Дои:10.1021 / pr0502065. ЧВК  1850943. PMID  16335952.
• Ню Н, Чжу Х, Лю И и др. (2007). «Полиморфизм одиночных нуклеотидов в проксимальной области промотора гена аполипопротеина М (апоМ) придает предрасположенность к развитию диабета 2 типа у китайцев хань». Метаб. Диабета. Res. Rev. 23 (1): 21–5. Дои:10.1002 / дмрр.641. PMID  16572495. S2CID  21156244.
• Кристофферсен С., Нильсен Л.Б., Акслер О. и др. (2006). «Выделение и характеристика липопротеинов, содержащих аполипопротеин М человека». J. Lipid Res. 47 (8): 1833–43. Дои:10.1194 / мл. M600055-JLR200. PMID  16682745.
• Карлссон Х, Линдквист Х, Тагессон С, Линдаль М (2006). «Характеристика изоформ аполипопротеина М в липопротеинах низкой плотности». J. Proteome Res. 5 (10): 2685–90. Дои:10.1021 / pr060180x. PMID  17022639.
• Xu X, Ye Q, Xu N и др. (2007). «Влияние ишемического реперфузионного повреждения на экспрессию аполипопротеина М в печени». Пересадка. Proc. 38 (9): 2769–73. Дои:10.1016 / j.transproceed.2006.08.133. PMID  17112825.
• Анстрём Дж, Фабер К., Акслер О, Дальбек Б. (2007). «Свойства связывания гидрофобных лигандов липокалина аполипопротеина М человека». J. Lipid Res. 48 (8): 1754–62. Дои:10.1194 / мл. M700103-JLR200. PMID  17525477.

внешние ссылки

• Прикладные исследования апоМ
• Человек APOM расположение генома и APOM страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.
• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt: O95445 (Аполипопротеин М человека) в PDBe-KB.