ATG4B - ATG4B

ATG4B
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2CY7, 2D1I, 2Z0D, 2Z0E, 2ZZP
Идентификаторы
Псевдонимы	ATG4B, APG4B, AUTL1, цистеинпептидаза 4B, связанная с аутофагией
Внешние идентификаторы	OMIM: 611338 MGI: 1913865 ГомолоГен: 100868 Генные карты: ATG4B
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 2 (человек)[1] Группа 2q37.3 Начните 241,637,213 бп[1] Конец 241,673,857 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 1 (мышь)[2] Группа 1 | 1 Д Начните 93,751,500 бп[2] Конец 93,790,610 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • пептидазная активность • активность пептидазы цистеинового типа • эндопептидазная активность • GO: 0001948 связывание с белками • гидролазная активность • активность эндопептидазы цистеинового типа Сотовый компонент • цитоплазма • цитозоль Биологический процесс • аутофагия • транспорт белка • аутофагия ядра • Липидирование C-концевого белка • положительная регуляция белкового катаболического процесса • аутофагия митохондрии • сборка аутофагосом • макроавтофагия • протеолиз • нацеливание белка на мембрану • делипидация белков Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	23192	66615
Ансамбль	ENSG00000168397	ENSMUSG00000026280
UniProt	Q9Y4P1	Q8BGE6
RefSeq (мРНК)	NM_013325 NM_178326	NM_174874 NM_001368266
RefSeq (белок)	NP_037457 NP_847896	NP_777363 NP_001355195
Расположение (UCSC)	Chr 2: 241,64 - 241,67 Мб	Chr 1: 93.75 - 93.79 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Цистеиновая протеаза ATG4B является фермент что у людей кодируется ATG4B ген.^[5]

Функция

Аутофагия - это процесс, при котором внутриклеточно разрушаются эндогенные белки и поврежденные органеллы. Постулируется, что аутофагия важна для гомеостаза клеток и их ремоделирования во время дифференцировки, метаморфоза, неапоптотической гибели клеток и старения. Снижение уровня аутофагии было описано при некоторых злокачественных опухолях, и была предложена роль аутофагии в контроле нерегулируемого роста клеток, связанного с раком. Этот ген кодирует член семейства белков аутофагина. Кодируемый белок также обозначается как член семейства цистеиновых протеаз C-54. Были охарактеризованы альтернативные варианты транскрипционного сплайсинга, кодирующие разные изоформы.^[5]Одной из основных функций Atg4 является расщепление пребелка Atg8, что приводит к образованию нелипидированной растворимой (-I) формы, которая может далее процессироваться с помощью Atg3, Atg7, Atg5-12 в липидированную форму (-II), закрепленную на аутофагическая мембрана.

Взаимодействия

ATG4B был показан взаимодействовать с участием ГАБАРАПЛ2.^[6][7]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000168397 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026280 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Ген Entrez: ATG4B ATG4, связанный с аутофагией 4 гомолога B (S. cerevisiae)".
6. Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
7. Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.

внешние ссылки

• Человек ATG4B расположение генома и ATG4B страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Kraft LJ, Kenworthy AK (январь 2012 г.). «Визуализация образования белковых комплексов в пути аутофагии: анализ взаимодействия LC3 и Atg4B (C74A) в живых клетках с использованием резонансного переноса энергии Фёрстера и восстановления флуоресценции после фотообесцвечивания». Журнал биомедицинской оптики. 17 (1): 011008. Дои:10.1117 / 1.JBO.17.1.011008. ЧВК  3380812. PMID  22352642.
• Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А., Котани Н., Номура Н., Охара О. (февраль 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XIII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК исследования. 6 (1): 63–70. Дои:10.1093 / днарес / 6.1.63. PMID  10231032.
• Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Геномные исследования. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК  310948. PMID  11076863.
• Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B , Обермайер Б., Тампе Дж., Хойбнер Д., Вамбутт Р., Корн Б., Кляйн М., Поустка А. (март 2001 г.). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Геномные исследования. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК  311072. PMID  11230166.
• Кабея Ю., Мидзусима Н., Ямамото А., Оситани-Окамото С., Осуми Ю., Йошимори Т. (июнь 2004 г.). «LC3, GABARAP и GATE16 локализуются на мембране аутофагосомы в зависимости от образования формы II». Журнал клеточной науки. 117 (Pt 13): 2805–12. Дои:10.1242 / jcs.01131. PMID  15169837.
• Танида И., Соу Ю.С., Эзаки Дж., Минемацу-Икегучи Н., Уэно Т., Коминами Э. (август 2004 г.). «HsAtg4B / HsApg4B / аутофагин-1 расщепляет карбоксильные концы трех гомологов человеческого Atg8 и делипидирует связанные с микротрубочками белковые конъюгаты легкой цепи 3- и ГАМКА-рецептор-ассоциированные белок-фосфолипидные конъюгаты». Журнал биологической химии. 279 (35): 36268–76. Дои:10.1074 / jbc.M401461200. PMID  15187094.
• Танида И., Уэно Т., Коминами Э. (ноябрь 2004 г.). «Человеческая легкая цепь 3 / MAP1LC3B расщепляется на своем карбоксильном конце Met121, чтобы подвергнуть Gly120 липидированию и нацеливанию на мембраны аутофагосом». Журнал биологической химии. 279 (46): 47704–10. Дои:10.1074 / jbc.M407016200. PMID  15355958.
• Wiemann S, Arlt D, Huber W., Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (октябрь 2004 г.). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Геномные исследования. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК  528930. PMID  15489336.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.
• Sugawara K, Suzuki NN, Fujioka Y, Mizushima N, Ohsumi Y, Inagaki F (декабрь 2005 г.). «Структурная основа специфичности и катализа человеческого Atg4B, ответственного за аутофагию млекопитающих». Журнал биологической химии. 280 (48): 40058–65. Дои:10.1074 / jbc.M509158200. PMID  16183633.
• Куманомиду Т., Мидзусима Т., Комацу М., Сузуки А., Танида И., Соу Ю.С., Уэно Т., Коминами Е., Танака К., Ямане Т. (январь 2006 г.). «Кристаллическая структура человеческого Atg4b, процессирующего и деконъюгированного фермента для модификаторов, образующих аутофагосомы». Журнал молекулярной биологии. 355 (4): 612–8. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.11.018. PMID  16325851.
• Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И., дель Валь С., Арльт Д., Хане Ф., Бектель С., Симпсон Дж., Хофманн О., Хиде В., Глаттинг К. Х., Хубер В., Пепперкок Р., Поустка А., Виманн С. (январь 2006 г.). «База данных LIFEdb в 2006 году». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с базой данных): D415-8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК  1347501. PMID  16381901.
• Танида И., Соу Ю.С., Минемацу-Икегучи Н., Уэно Т., Коминами Э. (июнь 2006 г.). «Atg8L / Apg8L является четвертым модификатором конъюгации Atg8 млекопитающих, опосредованной человеческими Atg4B, Atg7 и Atg3». Журнал FEBS. 273 (11): 2553–62. Дои:10.1111 / j.1742-4658.2006.05260.x. PMID  16704426. S2CID  11899126.
• Олсен Дж. В., Благоев Б., Гнад Ф, Мацек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (ноябрь 2006 г.). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Ячейка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.