BAT1 - BAT1

DDX39B
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1T5I, 1T6N, 1XTI, 1XTJ, 1XTK
Идентификаторы
Псевдонимы	DDX39B, BAT1, D6S81E, UAP56, DEAD-бокс-геликаза 39B, DExD-бокс-геликаза 39B
Внешние идентификаторы	OMIM: 142560 MGI: 99240 ГомолоГен: 48376 Генные карты: DDX39B
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 6 (человек)[1] Группа 6п21.33 Начните 31,530,219 бп[1] Конец 31,542,448 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 17 (мышь)[2] Группа 17 B1 | 17 18,6 см Начните 35,241,746 бп[2] Конец 35,253,707 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеотидов • GO: 0008026 геликазная активность • GO: 0032403 связывание макромолекулярного комплекса • Связывание мяРНК U4 • Связывание с АТФ-зависимым белком • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • гидролазная активность • Связывание АТФ • Связывание мяРНК U6 • РНК-зависимая активность АТФазы • АТФазная активность • идентичное связывание с белками • Связывание РНК Сотовый компонент • цитоплазма • комплекс экспорта транскрипции • ядерная матрица • U6 snRNP • сплайсосомальный комплекс • U4 snRNP • ядро клетки • нуклеоплазма • ядерное пятнышко • ядрышко • макромолекулярный комплекс Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • транспорт мРНК • отрицательное регулирование контрольной точки повреждения ДНК • обработка мРНК • вирусный экспорт мРНК из ядра клетки-хозяина • положительное регулирование перевода • экспорт мРНК из ядра • позитивная регуляция ДНК-темплатной транскрипции, элонгации • сборка сплайсосомального комплекса • Раскрутка вторичной структуры РНК • Сплайсинг РНК • положительная регуляция процесса биосинтеза ДНК • развитие печени • положительное регулирование роста клеток, участвующих в развитии клеток сердечной мышцы • положительное регулирование пролиферации клеток гладких мышц сосудов • Обработка 3'-конца мРНК • прекращение транскрипции РНК-полимеразы II • Экспорт РНК из ядра • транспорт Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	7919	53817
Ансамбль	ENSG00000198563 ENSG00000225073 ENSG00000237889 ENSG00000229496 ENSG00000215425 ENSG00000235439 ENSG00000225859 ENSG00000230624	ENSMUSG00000019432
UniProt	Q13838	Q9Z1N5
RefSeq (мРНК)	NM_004640 NM_080598	NM_001252457 NM_019693
RefSeq (белок)	NP_004631 NP_542165	NP_001239386 NP_062667
Расположение (UCSC)	Chr 6: 31,53 - 31,54 Мб	Chr 17: 35.24 - 35.25 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Сплайсосомная РНК-геликаза BAT1 является фермент что у людей кодируется BAT1 ген.^[5][6][7]

Этот ген кодирует член МЕРТВАЯ коробка семейство РНК-зависимых АТФазы это посредник Гидролиз АТФ в течение сплайсинг пре-мРНК. Кодируемый белок является важным коэффициент сращивания требуется для объединения малых ядерных У2 рибонуклеопротеин с участием пре-мРНК, а также играет важную роль в мРНК экспорт из ядра в цитоплазма. Кластер генов, BAT1-BAT5, локализован поблизости от генов для TNF альфа и TNF бета. Все эти гены находятся внутри человека главный комплекс гистосовместимости класса III область, край. Мутации в этом гене может быть связан с ревматоидный артрит. Альтернативно сращивание варианты расшифровки кодирующие тот же белок.^[7]

использованная литература

1. ENSG00000225073, ENSG00000237889, ENSG00000229496, ENSG00000215425, ENSG00000235439, ENSG00000225859, ENSG00000230624 GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000198563, ENSG00000225073, ENSG00000237889, ENSG00000229496, ENSG00000215425, ENSG00000235439, ENSG00000225859, ENSG00000230624 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000019432 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Пилман Л.Дж., Шардон П., Нуньес М., Ренар С., Геффротин С., Вайман М., Ван Зеверен А., Коппитерс В., ван де Веге А., Букет Y и др. (Август 1995 г.). «Ген BAT1 в MHC кодирует эволюционно консервативную предполагаемую ядерную РНК-геликазу из семейства DEAD». Геномика. 26 (2): 210–8. Дои:10.1016 / 0888-7543 (95) 80203-X. PMID  7601445.
6. Шпионы Т., Бреснахан М., Строминджер Дж. Л. (декабрь 1989 г.). «Главный комплекс гистосовместимости человека содержит минимум 19 генов между кластером комплемента и HLA-B». Proc Natl Acad Sci U S A. 86 (22): 8955–8. Bibcode:1989PNAS ... 86.8955S. Дои:10.1073 / pnas.86.22.8955. ЧВК  298409. PMID  2813433.
7. «Ген Entrez: транскрипт 1, связанный с HLA-B BAT1».

внешние ссылки

• Человек DDX39B расположение генома и DDX39B страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.
• PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для геликазы сплайсосомной РНК человека DDX39B (BAT1)

дальнейшее чтение

• Шпионы Т., Бланк Г., Бреснахан М. и др. (1989). «Новый кластер генов в главном комплексе гистосовместимости человека». Наука. 243 (4888): 214–7. Bibcode:1989Sci ... 243..214S. Дои:10.1126 / science.2911734. PMID  2911734.
• Кросс С.Х., Чарльтон Дж. А., Нэн Х, Берд А. П. (1994). «Очистка CpG-островков с использованием колонки для связывания метилированной ДНК». Nat. Genet. 6 (3): 236–44. Дои:10.1038 / ng0394-236. PMID  8012384. S2CID  12847618.
• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Fleckner J, Zhang M, Valcárcel J, Green MR (1997). «U2AF65 привлекает новый человеческий DEAD-бокс-белок, необходимый для взаимодействия U2 snRNP-точки ветвления». Genes Dev. 11 (14): 1864–72. Дои:10.1101 / gad.11.14.1864. PMID  9242493.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Оллкок Р.Дж., Прайс П., Гаудиери С. и др. (1999). «Характеристика человеческого центрального гена MHC, BAT1: геномная структура и экспрессия». Exp. Clin. Иммуногенет. 16 (2): 98–106. Дои:10.1159/000019100. PMID  10343160. S2CID  22003689.
• Ота М., Кацуяма Ю., Кимура А. и др. (2001). «Второй ген восприимчивости к развитию ревматоидного артрита в MHC человека локализован в пределах теломерного интервала 70 т.п.н. генов TNF в области HLA класса III». Геномика. 71 (3): 263–70. Дои:10.1006 / geno.2000.6371. PMID  11170743.
• Оллкок Р. Дж., Уильямс Дж. Х., Прайс П (2001). «Центральный ген MHC, BAT1, может кодировать белок, который подавляет выработку цитокинов». Гены Клетки. 6 (5): 487–94. Дои:10.1046 / j.1365-2443.2001.00435.x. PMID  11380625. S2CID  10605522.
• Ло М.Л., Чжоу З., Магни К. и др. (2001). «Сплайсинг пре-мРНК и экспорт мРНК связаны прямыми взаимодействиями между UAP56 и Aly». Природа. 413 (6856): 644–7. Bibcode:2001Натурал.413..644л. Дои:10.1038/35098106. PMID  11675789. S2CID  4395388.
• Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х. и др. (2002). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Curr. Биол. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID  11790298. S2CID  14132033.
• Стрэссер К., Масуда С., Мейсон П. и др. (2002). «TREX - это консервативный комплекс, связывающий транскрипцию с экспортом информационной РНК». Природа. 417 (6886): 304–8. Bibcode:2002Натура.417..304С. Дои:10.1038 / природа746. PMID  11979277. S2CID  1112194.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Маккракен С., Лонгман Д., Джонстон И.Л. и др. (2004). «Эволюционно законсервированная роль SRm160 в процессинге 3'-конца, которая функционирует независимо от образования комплекса экзонного соединения». J. Biol. Chem. 278 (45): 44153–60. Дои:10.1074 / jbc.M306856200. PMID  12944400.
• Рейтер Т.Ю., Медхерст А.Л., Вайсфис К. и др. (2003). «Двухгибридный скрининг дрожжей предполагает участие белков анемии Фанкони в регуляции транскрипции, передаче сигналов в клетках, окислительном метаболизме и клеточном транспорте». Exp. Cell Res. 289 (2): 211–21. Дои:10.1016 / S0014-4827 (03) 00261-1. PMID  14499622.
• Ли Дж., Хокинс И.К., Харви С.Д. и др. (2003). «Регулирование альтернативного сплайсинга с помощью SRrp86 и взаимодействующих с ним белков». Мол. Cell. Биол. 23 (21): 7437–47. Дои:10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003. ЧВК  207616. PMID  14559993.
• Мунгалл А.Дж., Палмер С.А., Симс С.К. и др. (2003). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы 6 человека». Природа. 425 (6960): 805–11. Bibcode:2003Натура.425..805М. Дои:10.1038 / природа02055. PMID  14574404.
• Ленер Б., Семпл Дж. И., Браун С. Е. и др. (2004). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID  14667819.
• Прайс П., Вонг А.М., Уильямсон Д. и др. (2004). «Полиморфизмы в положениях -22 и -348 в промоторе гена BAT1 влияют на транскрипцию и связывание ядерных факторов». Гм. Мол. Genet. 13 (9): 967–74. Дои:10,1093 / hmg / ddh113. PMID  15028669.