BEN домен - BEN domain
| БЕН | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | БЕН | ||||||||
| Pfam | PF10523 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR018379 | ||||||||
| |||||||||
В молекулярной биологии BEN домен это белковый домен который встречается в различных белки включая:
- SMAR1 (белок 1, связывающий область прикрепления каркаса / матрицы; также известный как БАНП ), супрессор опухолей, связывающий MAR, который подавляет циклин D1. выражение путем привлечения корепрессора HDAC1-mSin3A сложный в локусе промотора Cyclin D1; SMAR1 является целью простагландин A2 (PGA2) вызывал остановку роста.[1][2]
- NACC1, новый член POZ / BTB (Pox вирус и Цинк finger / Bric-a-bracTramtrack Broad complex), но который отличается от других белки этого класса в том, что он не имеет характерных ДНК-связывающих мотив.[3]
- Mod (mdg4) изоформа C, модификатор mdg4 локус в Дрозофила меланогастр (Плодовая мушка), где mdg4 кодирует хроматин белки которые участвуют в вариативности позиционного эффекта, установлении границ хроматина, нерв поиск пути, мейотик хромосома спаривание и апоптоз.[4] Трансплайсинг Mod (mdg4) производит не менее 26 транскриптов.
- BEND2 белок с неизвестной функцией, который, как предполагается, участвует в модификации хроматина и клинически связан с расстройствами центральной нервной системы.
- Белок E5R из виросом хордопоксвируса, обнаруженный в цитоплазматический сайты популярный Репликация ДНК.[5]
- Несколько белков полиднавирусов.
Предполагается, что домен BEN будет функционировать как адаптер для структурирования хроматина высшего порядка и привлечения модифицирующих хроматин факторов в транскрипционная регуляция. Было предложено опосредовать белок-ДНК и белок-белковые взаимодействия во время организации хроматина и транскрипция. Присутствие БЕН домены в раннем виросомном белке поксвируса и в полиднавирусных белках также предполагает возможную роль в организации вирусной ДНК во время репликация или же транскрипция. Обычно они связаны с другими глобулярными домены с функциями, связанными с транскрипционный регулирование и структура хроматина, такая как BTB, C4DM и C2H2 пальцы.[6]
Предполагается, что этот домен станет полностью альфа складывать с четырьмя законсервированными спиралями. Его сохранение образец выявил несколько консервированный остатки, большинство из которых гидрофобный боковые цепи и, вероятно, стабилизируют складку за счет упаковки спираль-спираль.[6] Структура первого домена BEN человека (BEND3) решается вместе с доменом TPR (ERCC6L) и стимулирует транслоказную и АТФазную активности ERCC6L (7).
Рекомендации
- ^ Рампалли С., Павитра Л., Бхатт А., Кунду Т.К., Чаттопадхьяй С. (октябрь 2005 г.). «Супрессор опухолей SMAR1 опосредует репрессию циклина D1 путем привлечения комплекса SIN3 / гистондеацетилаза 1». Молекулярная и клеточная биология. 25 (19): 8415–29. Дои:10.1128 / MCB.25.19.8415-8429.2005. ЧВК 1265755. PMID 16166625.
- ^ Павитра Л., Рампалли С., Синха С., Шринат К., Пестелл Р.Г., Чаттопадхьяй С. (2007). «Стабилизация мРНК SMAR1 с помощью PGA2 включает структуру стержневой петли в 5 'UTR». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (18): 6004–16. Дои:10.1093 / нар / гкм649. ЧВК 2094063. PMID 17726044.
- ^ Mackler S, Pacchioni A, Degnan R, Homan Y, Conti AC, Kalivas P, Blendy JA (февраль 2008 г.). «Потребность в протеине POZ / BTB NAC1 при остром, но не хроническом ответе на психомоторный стимулятор». Поведенческие исследования мозга. 187 (1): 48–55. Дои:10.1016 / j.bbr.2007.08.036. ЧВК 2248375. PMID 17945361.
- ^ Краусс В., Дорн Р. (апрель 2004 г.). «Эволюция транс-сплайсинга Drosophila locus mod (mdg4) у нескольких видов Diptera и Lepidoptera». Ген. 331: 165–76. Дои:10.1016 / j.gene.2004.02.019. PMID 15094203.
- ^ Мурсия-Николас А., Болбах Дж., Блейс Дж. К., Бо Дж. (Январь 1999 г.). «Идентификация с помощью масс-спектроскопии трех основных ранних белков, связанных с виросомами в клетках, инфицированных вирусом осповакцины». Вирусные исследования. 59 (1): 1–12. Дои:10.1016 / S0168-1702 (98) 00114-2. PMID 10854161.
- ^ а б Абхиман С., Айер Л.М., Аравинд Л. (февраль 2008 г.). «BEN: новый домен в факторах хроматина и вирусных белках ДНК». Биоинформатика. 24 (4): 458–61. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn007. ЧВК 2477736. PMID 18203771.
7. Новое взаимодействие домена TPR-BEN опосредует ассоциацию PICH-BEND3.