Бактериальный, архейный и растительный пластидный код - Bacterial, archaeal and plant plastid code - Wikipedia
В бактериальный, архейный и растительный пластидный код (таблица перевода 11) - это код ДНК, используемый бактерии, археи, прокариотический вирусы и белки хлоропластов. По сути, это то же самое, что и стандартный код, однако есть несколько вариантов альтернативы стартовые кодоны.
Код
| Аминокислота биохимические свойства | Неполярный | Полярный | Базовый | Кислая | Прекращение: стоп-кодон |
| 1-й основание | 2-я база | 3-й основание | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| U | C | А | грамм | ||||||
| U | UUU | (Phe / F) Фенилаланин | УКУ | (Ser / S) Серин | UAU | (Tyr / Y) Тирозин | UGU | (Cys / C) Цистеин | U |
| UUC | UCC | ОАК | UGC | C | |||||
| UUA | (Лей / л) Лейцин | УЦА | UAA | Останавливаться (Охра)[B] | UGA | Останавливаться (Опал)[B] | А | ||
| UUG[A] | UCG | UAG | Останавливаться (Янтарь)[B] | UGG | (Трп / Вт) Триптофан | грамм | |||
| C | CUU | CCU | (Pro / P) Пролин | CAU | (Его / H) Гистидин | CGU | (Arg / R) Аргинин | U | |
| CUC | CCC | САС | CGC | C | |||||
| CUA | CCA | CAA | (Gln / Q) Глутамин | CGA | А | ||||
| CUG[A] | CCG | CAG | CGG | грамм | |||||
| А | AUU | (Иль / Я) Изолейцин | ACU | (Thr / T) Треонин | AAU | (Asn / N) Аспарагин | AGU | (Ser / S) Серин | U |
| AUC | АКК | AAC | AGC | C | |||||
| AUA | ACA | AAA | (Лиз / К) Лизин | AGA | (Arg / R) Аргинин | А | |||
| AUG[A] | (Мет / М) Метионин | АЧГ | AAG | AGG | грамм | ||||
| грамм | ГУ | (Val / V) Валин | GCU | (Ала / А) Аланин | ГАУ | (Asp / D) Аспарагиновая кислота | ГГУ | (Gly / G) Глицин | U |
| GUC | GCC | GAC | GGC | C | |||||
| GUA | GCA | GAA | (Клей) Глютаминовая кислота | GGA | А | ||||
| GUG | GCG | GAG | GGG | грамм | |||||
- А Кодон AUG и кодирует метионин, и служит сайтом инициации: первый AUG в мРНК Кодирующая область - это место, где начинается трансляция в белок.[1] Другие стартовые кодоны, перечисленные GenBank, редко встречаются у эукариот и обычно являются кодами для Met / fMet.[2]
- B ^ ^ ^ Историческая основа для обозначения стоп-кодоны, такие как янтарь, охра и опал описан в автобиографии Сидни Бреннер[3] и в исторической статье Боба Эдгара.[4]
Как и в стандартном коде, инициализация наиболее эффективна в AUG. Кроме того, запуски GUG и UUG зарегистрированы у архей и бактерий.[5][6][7][8][9][10][11] В кишечная палочка, UUG, по оценкам, служит инициатором примерно 3% белков бактерии.[12] Известно, что CUG функционирует как инициатор для одного кодируемого плазмидой белка (RepA) в Кишечная палочка.[13] Помимо инициации NUG, в редких случаях бактерии могут инициировать трансляцию из AUU. кодон как например в случае поли (А) полимеразы PcnB и InfC ген, который кодирует фактор инициации трансляции IF3.[14][15][9][16] Внутренние назначения такие же, как в стандартном коде, но коды UGA с низкой эффективностью для триптофан в Bacillus subtilis и, предположительно, в кишечная палочка.[17]
Смотрите также
Рекомендации
Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.[18]
- ^ Накамото Т. (март 2009 г.). «Эволюция и универсальность механизма инициирования синтеза белка». Ген. 432 (1–2): 1–6. Дои:10.1016 / j.gene.2008.11.001. PMID 19056476.
- ^ Blattner, F. R .; Plunkett g, G .; Bloch, C.A .; Perna, N.T .; Burland, V .; Райли, М .; Collado-Vides, J .; Glasner, J.D .; Rode, C.K .; Mayhew, G.F .; Gregor, J .; Дэвис, Н. У .; Киркпатрик, Х. А .; Goeden, M. A .; Роуз, Д. Дж .; Mau, B .; Шао, Ю. (1997). «Полная последовательность генома Escherichia coli K-12». Наука. 277 (5331): 1453–1462. Дои:10.1126 / science.277.5331.1453. PMID 9278503.
- ^ Бреннер С. Жизнь в науке (2001), изданная Biomed Central Limited ISBN 0-9540278-0-9 см. страницы 101-104
- ^ Эдгар Б. (2004). «Геном бактериофага Т4: археологические раскопки». Генетика. 168 (2): 575–82. ЧВК 1448817. PMID 15514035. см. страницы 580-581
- ^ Козак, М. (март 1983 г.). «Сравнение инициирования синтеза белка в прокариотах, эукариотах и органеллах». Микробиологические обзоры. 47 (1): 1–45. Дои:10.1128 / MMBR.47.1.1-45.1983. ЧВК 281560. PMID 6343825.
- ^ Фотерингем, И.Г .; Dacey, SA; Тейлор, П.П .; Смит, Т.Дж.; Хантер, MG; Finlay, ME; Primrose, SB; Паркер, DM; Эдвардс, РМ (15 марта 1986 г.). «Клонирование и анализ последовательности генов aspC и tyrB из Escherichia coli K12. Сравнение первичных структур аспартатаминотрансферазы и ароматической аминотрансферазы E. coli со структурами изоферментов аспартатаминотрансферазы свиньи». Биохимический журнал. 234 (3): 593–604. Дои:10.1042 / bj2340593. ЧВК 1146613. PMID 3521591.
- ^ Гольдерер, G; Дласка, М; Грёбнер, П; Piendl, W. (октябрь 1995 г.). «TTG служит инициирующим кодоном для рибосомного белка MvaS7 из архей Methanococcus vannielii». Журнал бактериологии. 177 (20): 5994–6. Дои:10.1128 / jb.177.20.5994-5996.1995. ЧВК 177430. PMID 7592355.
- ^ Нёллинг, Дж; Пил, Т.Д .; Vriesema, A; Рив, Дж. Н. (май 1995 г.). «Организация и фазозависимая транскрипция генов метана в двух областях генома Methanobacterium thermoautotrophicum». Журнал бактериологии. 177 (9): 2460–8. Дои:10.1128 / jb.177.9.2460-2468.1995. ЧВК 176905. PMID 7730278.
- ^ а б Сазука, Т; Охара, О. (31 августа 1996 г.). «Особенности последовательности, окружающие сайты инициации трансляции, присвоенные последовательности генома Synechocystis sp. Штамма PCC6803 путем секвенирования амино-концевого белка». ДНК исследования. 3 (4): 225–32. Дои:10.1093 / днарес / 3.4.225. PMID 8946162.
- ^ Genser, KF; Реннер, G; Schwab, H (8 октября 1998 г.). «Молекулярное клонирование, секвенирование и экспрессия в Escherichia coli генов синтеза поли (3-гидроксиалканоата) из Alcaligenes latus DSM1124». Журнал биотехнологии. 64 (2–3): 125–35. PMID 9821671.
- ^ Ванга, G; Не, L; Тан, Х (2003). «Клонирование и характеристика sanO, гена, участвующего в биосинтезе никкомицина в Streptomyces ansochromogenes». Письма по прикладной микробиологии. 37 (6): 452–7. Дои:10.1046 / j.1472-765x.2003.01426.x. PMID 14633098.
- ^ Блаттнер, Франция; Планкетт Г, 3-й; Блох, Калифорния; Perna, NT; Burland, V; Райли, М; Collado-Vides, J; Glasner, JD; Роде, СК; Mayhew, GF; Грегор, Дж; Дэвис, Северо-Запад; Киркпатрик, штат Джорджия; Годен, Массачусетс; Роза, диджей; Mau, B; Шао, Y (5 сентября 1997 г.). «Полная последовательность генома Escherichia coli K-12». Наука. 277 (5331): 1453–62. Дои:10.1126 / science.277.5331.1453. PMID 9278503.
- ^ Спайерс, Эй Джей; Бергквист, Польша (декабрь 1992 г.). «Экспрессия и регуляция белка RepA репликона RepFIB из плазмиды P307». Журнал бактериологии. 174 (23): 7533–41. Дои:10.1128 / jb.174.23.7533-7541.1992. ЧВК 207463. PMID 1447126.
- ^ Polard, P; Prère, MF; Чендлер, М; Файет, О. (5 декабря 1991 г.). «Программируемый сдвиг рамки считывания и инициация в кодоне AUU в экспрессии гена бактериальной инсерционной последовательности IS911». Журнал молекулярной биологии. 222 (3): 465–77. Дои:10.1016 / 0022-2836 (91) 90490-в.. PMID 1660923.
- ^ Liveris, D; Schwartz, JJ; Гиртман, Р; Шварц, I (1 сентября 1993 г.). «Молекулярное клонирование и секвенирование infC, гена, кодирующего фактор инициации трансляции IF3, из четырех видов энтеробактерий». Письма о микробиологии FEMS. 112 (2): 211–6. Дои:10.1111 / j.1574-6968.1993.tb06450.x. PMID 8405963.
- ^ Биннс, N; Мастерс, М. (июнь 2002 г.). «Экспрессия гена pcnB Escherichia coli трансляционно ограничена с использованием неэффективного стартового кодона: второй хромосомный пример трансляции, инициированной в AUU». Молекулярная микробиология. 44 (5): 1287–98. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2002.02945.x. PMID 12068810.
- ^ Hatfield, D; Diamond, A (март 1993 г.). «УГА: раздвоение личности в универсальном генетическом коде». Тенденции в генетике. 9 (3): 69–70. Дои:10.1016/0168-9525(93)90215-4. PMID 8488562.
- ^ Эльзановский А, Остелл Дж, Лейпе Д., Сусов В. "Генетические коды". Браузер таксономии. Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), Национальная медицинская библиотека США. Получено 19 марта 2016.