Bacteroides dorei - Bacteroides dorei
Bacteroides dorei вид бактерий в пределах рода Бактероиды, впервые выделен в 2006 году. Обнаружен в кишечной системе человека и животных.[1] Проводятся исследования, чтобы лучше понять отношения Bacteroides dorei оказывает на кишечную систему человека и аутоиммунное заболевание, Диабет 1 типа (T1D).[1][2]
| Bacteroides dorei | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Королевство: | |
| Тип: | |
| Класс: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | |
| Разновидность: | Б. дорей |
| Биномиальное имя | |
| Bacteroides dorei Бакир и др. 2006 г. | |
Биология и экология
Б. дорей представляет собой грамотрицательные палочковидные бактерии, которые способствуют нормальной работе кишечника. Он был изолирован и дифференцирован от Bacteroides vulgatus с помощью секвенирования 16S рРНК и фенотипических тестов.[3] B. dorei - это неспорообразующая, неподвижная и анаэробная бактерия с содержанием ДНК G + C 43%. Рост оптимально происходит при 37 ° C с размером отдельных клеток от 1,6-4,2 мкм на 0,8-1,2 мкм. Кроме того, колонии наносили штрихами на агаре Эггерт-Ганьон (EG) с 5% -ной пластиной крови лошади и инкубировали в течение 48 часов в 100% CO.2 газ при 37 ° C, привел к образованию колоний размером 2,0 мм и морфологии отдельных колоний круглой, белой, выпуклой и выпуклой формы.[1]
Таксономия
| Бактероиды | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Соседнее дерево, показывающее филогенетические положения изолятов 175T и 219 среди признанных представителей рода Бактероиды на основе последовательностей гена 16S рРНК, доступных в базах данных DDBJ / EMBL / GenBank. Масштабная полоса представляет 0,02 замены на нуклеотидное положение. Значения начальной загрузки (> 50%) на основе 1000 репликаций указаны в виде процентов в точках ветвления.[1] |
Метаболизм
Б. дорей был протестирован для множества различных метаболических тестов, направленных на разные сахара. Рост клеток наблюдался по выработке кислоты, происходящей на следующих сахарах: глюкоза, сахароза, ксилоза, рамноза, лактоза, мальтоза, арабиноза, манноза и рафиноза, в то время как не происходило роста и образования кислоты на следующих сахарах: целлобиозе, салицине, трегалозе. , маннит, глицерин, мелецитоза и сорбит.[1]
Медицинское значение
Предыдущие исследования показали, что люди с генетической предрасположенностью к различным аутоиммунным заболеваниям имеют значительные различия в составе бактерий, чем люди с не генетической предрасположенностью. Это различие в составе бактерий в кишечной системе становится все более важным для понимания аутоиммунных заболеваний, таких как диабет 1 типа. В 2014 году исследователи изучили раннее развитие бактериального состава у детей с высоким генетическим риском, наблюдающих за ранним началом диабета 1 типа. Они взяли образцы стула у 76 детей, изучая раннее развитие микробных сообществ в возрасте от 4–6 месяцев до 2,2 лет. Из 76 младенцев 29 случаев сероконверсии в связанные с аутоиммунным заболеванием T1D, из которых 22 позднее развились (случаи) T1D. У остальных 47 младенцев не было сероконверсии и не развился СД1 (контроль). Результаты метагеномного секвенирования показали значительно более высокий состав Б. дорей и Bacteroides vulgatus в случаях по сравнению с контрольной группой до сероконверсия. Кроме того, данные показали, что Б. дорей достигла пика в 7,6 месяцев, почти за 8 месяцев до первого ввода аутоантитело в случаях. Это значительное изменение состава предполагает, что увеличение количества Б. дорей является потенциальным индикатором развития СД1.[2]
Дополнительные исследования смотрели на эпигенетику Б. дорей и смогли продемонстрировать, что у 1 человека Б. дорей с GATC (ген) метилирование, в то время как другой человек имел Б. дорей отсутствие метилирования GATC. Ученый взял образцы стула двух младенцев и секвенировал геномы Б. дорей в образцах 105 и 439. Образец Б. дорей 105 имели 49,007 полных метилирований в геноме с 14,322 сайтами метилирования и в образце Б. дорей 439, было 38 203 полных метилирования с 24 770 сайтами метилирования. Ключевым результатом является то, что образец 105 включает ключевой ген под названием DamMT (ДНК-метилтрансфераза ), а в образце 439 этот ген отсутствовал. Кроме того, из 20 554 сайтов GATC в выборке Б. дорей 105, было только 3 сайта, которые не были метилированы, тогда как образец Б. дорей 439 имели 18 908 сайтов GATC, и ни один из сайтов GATC не был метилирован. Метилирование плотины и метилирование GATC может быть значительным фактором для микробной колонизации и функциональности в кишечной системе и влияет на многочисленные экспрессии генов транспортных процессов, таких как транспортировка питательных веществ, действие оттока антибиотиков на устойчивость к антибиотикам и движение энергии. Результаты показывают, что метилирование Dam и GATC Б. дорей 105 могли иметь очень значительную изменчивую экспрессию генов от Б. дорей 439, в котором отсутствует метилирование GATC и может повлиять на функциональность Б. дорей в микробиоме кишечника. Предыдущие исследования показали, что мутанты по метилированию Dam имеют повышенную чувствительность к более высоким концентрациям антибиотиков и более низким минимальным. Это говорит о том, что процесс метилирования Dam играет важную роль в повышении регуляции оттока антибиотиков, что приводит к повышению устойчивости к антибиотикам. Кроме того, метилирование GATC демонстрирует важные микробные функции, такие как репарация ДНК, репликация и состав LPS. Метилирование мотива GATC с помощью DamMT у патогенных бактерий, например, Холерный вибрион, Yersinia pestis, и Иерсиний псевдотуберкулез было показано, что увеличивает вирулентность и экспрессию генов в отношении множества операций, таких как восстановление несоответствия и репликация ДНК, что позволяет патогенным бактериям бороться с антибиотиками. Эти результаты показывают, почему необходимы дальнейшие исследования по созданию антибиотиков, предотвращающих создание DamMT в патогенетических бактериях.[4]
Рекомендации
- ^ а б c d е Bakir, M.A .; Сакамото, М .; Kitahara, M .; Matsumoto, M .; Бенно, Ю. (2006). "Bacteroides dorei gen., sp. nov., выделенный из человеческих фекалий ". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 56 (7): 1639–1643. Дои:10.1099 / ijs.0.64257-0. ISSN 1466-5026. PMID 16825642.
- ^ а б Дэвис Ричардсон, A.G .; Ardissone, A.N .; Dias, R .; Simell, V .; Леонард, M.T .; Kemppainen, K.M .; Дрю, Дж. К. (2014). "Bacteroides dorei доминирует в микробиоме кишечника до возникновения аутоиммунитета у финских детей с высоким риском диабета 1 типа ». Границы микробиологии. 5 (678): 1–11. Дои:10.3389 / fmicb.2014.00678. ISSN 1664-302X. ЧВК 4261809. PMID 25540641.
- ^ Pedersen, R.M .; Marmolin, E.S .; Юстесен, США (2013). "Видовая дифференциация Bacteroides dorei из Bacteroides vulgatus и Бактероидес оватус из Bacteroides xylanisolvens-Вернуться к основам". Анаэроб. 24 (Декабрь): 1–3. Дои:10.1016 / j.anaerobe.2013.08.004. ISSN 1075-9964. PMID 23994205.
- ^ Леонард, M.T .; Дэвис-Ричардсон, A.G .; Ardissone, A.N .; Kemppainen, K.M .; Дрю, J.C .; Ilonen, J .; Книп, М .; Simell, O .; Toppari, J .; Veijola, R .; Hyöty, H .; Triplett, E.W. (2014). «Метилом микробиома кишечника: несопоставимые паттерны метилирования Dam в кишечных Bacteroides dorei». Границы микробиологии. 5: 361. Дои:10.3389 / fmicb.2014.00361. ISSN 1664-302X. ЧВК 4101878. PMID 25101067.
внешняя ссылка
- [1] Аутоантитела при диабете
- [2] Б. дорей секвенированный геном
- Типовой штамм Bacteroides dorei в BacНырять - База метаданных по бактериальному разнообразию