Байесовская модель вычислительной анатомии - Bayesian model of computational anatomy

Вычислительная анатомия (CA) это дисциплина внутри медицинская визуализация фокусируясь на изучении анатомической формы и формы в видимом или грубая анатомия масштаб морфология. Область широко определена и включает в себя основы в анатомия, Прикладная математика и чистая математика, включая медицинская визуализация, нейробиология, физика, вероятность, и статистика. Он фокусируется на анатомических структурах, отображаемых, а не на медицинских устройствах визуализации. В центре внимания подполя вычислительная анатомия в медицинская визуализация отображает информацию в анатомических системах координат, чаще всего плотную информацию, измеряемую в магнитно-резонансное изображение (МРТ). Введение потоков в CA, которые сродни уравнениям движения, используемым в гидродинамике, используют представление о том, что плотные координаты в анализе изображений следуют Лагранжево и эйлерово уравнения движения. В моделях, основанных на лагранжевых и эйлеровых потоках диффеоморфизмов, ограничение связано с топологическими свойствами, такими как сохранение открытых множеств, непересекающиеся координаты, подразумевающие единственность и существование обратного отображения, а также связанные множества, оставшиеся связными. Использование диффеоморфных методов быстро стало доминировать в области картографических методов после Кристенсена.[1]оригинальная бумага, и становятся доступными быстрые и симметричные методы.[2][3]

Основная статистическая модель

Модель канала источника, показывающая источник изображений деформируемый шаблон и выход канала, связанный с датчиком МРТ

Центральная статистическая модель вычислительной анатомии в контексте медицинская визуализация была моделью канала источника Теория Шеннона; источник - деформируемый шаблон изображений , выходами каналов являются датчики изображения с наблюдаемыми (см. рисунок). Важность модели канала источника состоит в том, что вариации анатомической конфигурации моделируются отдельно от вариаций сенсора на медицинских изображениях. В Теория байеса диктует, что модель характеризуется априорностью по источнику, на , а условная плотность на наблюдаемой

при условии .

В теории деформируемых шаблонов изображения связаны с шаблонами, а группа деформаций воздействует на шаблон; см. групповое действие в вычислительной анатомии Для действия с изображением , то приор по группе вызывает априор на изображениях , записанные как плотности, логарифм апостериорный принимает вид

Модель случайной орбиты, которая следует ниже, определяет, как генерировать элементы группы и, следовательно, случайный поток объектов, которые образуют предварительное распределение.

Модель случайной орбиты вычислительной анатомии

Коробка, изображающая случайную орбиту мозга через гладкое многообразие.
Орбиты мозга, связанные с действием диффеоморфной группы на шаблонах, изображенных через гладкий поток, связанный с геодезическими потоками со случайным разбрызгиванием, связанным со случайной генерацией исходного векторного поля касательного пространства ; опубликовано в.

В модель случайной орбиты вычислительной анатомии впервые появился в[4][5][6] моделирование изменения координат, связанного со случайностью группы, действующей на шаблоны, что вызывает случайность в источнике изображений на анатомической орбите форм и форм и результирующих наблюдений с помощью медицинских устройств визуализации. Такой модель случайной орбиты в которой случайность в группе индуцирует случайность в изображениях, была исследована для Специальной евклидовой группы для распознавания объектов, в которой элемент группы была особой евклидовой группой в.[7]

Для изучения деформируемой формы в CA группы диффеоморфизмов большой размерности, используемые в вычислительной анатомии, генерируются с помощью гладких потоков которые удовлетворяют лагранжевой и эйлеровой спецификации полей течения, удовлетворяющих обыкновенному дифференциальному уравнению:

Отображение лагранжевого потока координат со связанными векторными полями удовлетворяющее обыкновенному дифференциальному уравнению .

 

 

 

 

(Лагранжев поток)

с векторные поля на назвал Эйлеров скорость частиц в положении потока. Векторные поля - это функции в функциональном пространстве, моделируемые как гладкие Гильберта пространство с векторными полями, имеющими 1-непрерывную производную. За , обратный поток определяется выражением

 

 

 

 

(Эйлеров поток)

и Матрица Якоби для потоков в дан как

Чтобы обеспечить гладкие потоки диффеоморфизмов с обратными, векторные поля должен быть хотя бы один раз непрерывно дифференцируемым в пространстве[8][9] которые моделируются как элементы гильбертова пространства с использованием Соболев теоремы вложения так, чтобы каждый элемент имеет 3-квадратично интегрируемые производные. Таким образом плавно вложить в одноразовые непрерывно дифференцируемые функции.[8][9] Группа диффеоморфизмов - это потоки с векторными полями, абсолютно интегрируемыми в норме Соболева:

 

 

 

 

(Группа диффеоморфизмов)

куда с линейный оператор определяющий норму РХС. Интеграл вычисляется интегрированием по частям при является обобщенной функцией в двойственном пространстве .

Риманова экспонента

в случайная орбитальная модель вычислительной анатомии, весь поток сводится к начальному условию, которое образует координаты, кодирующие диффеоморфизм. Из начального состояния то геодезическое позиционирование относительно Риманова метрика вычислительной анатомии решает поток уравнения Эйлера-Лагранжа. Решение геодезической из начального условия называется Риманово-экспоненциальная, отображение при идентичности к группе.

Риманова экспонента удовлетворяет для начального состояния , динамика векторного поля ,

  • для классического уравнения диффеоморфной формы импульса , , тогда
  • для обобщенного уравнения, то ,

Он распространяется на всю группу, На прилагаемом рисунке показаны случайные орбиты вокруг каждого экземпляра, , генерируемый рандомизацией потока путем генерации исходного векторного поля касательного пространства в единице , а затем генерирует случайный объект .

На рисунке показаны случайно синтезированные структуры.
На рисунке показан случайный разбрызгивание синтезированных подкорковых структур, размещенных в двумерной сетке, представляющей дисперсию собственной функции, используемой для импульса для синтеза.

На рисунке справа изображена мультипликационная орбита - случайный спрей подкорковых многообразий, сгенерированный рандомизацией векторных полей. поддерживается над подмногообразиями. Модель случайной орбиты вызывает априорность форм и изображений. на основе определенного атласа . Для этого генеративная модель генерирует среднее поле как случайное изменение координат шаблона по , где диффеоморфное изменение координат генерируется случайным образом через геодезические потоки.

Оценка MAP в модели орбиты с несколькими атласами

Модель случайной орбиты вызывает априорность форм и изображений. на основе определенного атласа . Для этого генеративная модель генерирует среднее поле как случайное изменение координат шаблона по , где диффеоморфное изменение координат генерируется случайным образом через геодезические потоки. Априор о случайных преобразованиях на индуцируется потоком , с построено как гауссовское случайное поле до . Плотность на случайных наблюдаемых на выходе датчика даны

Максимальная апостериорная оценка (MAP) оценка занимает центральное место в современной статистическая теория. Интересующие параметры принимает множество форм, включая (i) тип заболевания, например нейродегенеративный или же неврологический заболевания, (ii) тип структуры, такой как корковые или подкорковые структуры, в задачах, связанных с сегментацией изображений, и (iii) реконструкция шаблона из популяций. Учитывая наблюдаемое изображение , Оценка MAP максимизирует апостериорную:

Это требует вычисления условных вероятностей . Модель орбиты нескольких атласов рандомизируется по счетному набору атласов. . Модель на изображениях на орбите принимает вид многомодального распределения смеси

Условная гауссовская модель была тщательно проверена на предмет неточного сопоставления в плотных изображениях и сопоставления ориентиров.

Соответствие плотного изображения

Модель как условно гауссовское случайное поле, обусловленное, среднее поле, . Для однородной дисперсии условия ошибки конечной точки играют роль логарифмической условной (только функция среднего поля), дающей термин конечной точки:

 

 

 

 

(Условно-гауссовский)

Соответствие ориентира

Модель как условно гауссовский со средним полем , постоянная дисперсия шума, не зависящая от ориентиров. Условное логарифм (только функция среднего поля) можно рассматривать как термин конечной точки:

Сегментация MAP на основе нескольких атласов

Модель случайной орбиты для нескольких атласов моделирует орбиту форм как объединение нескольких анатомических орбит, порожденных групповым действием диффеоморфизмов, , с каждым атласом, имеющим шаблон и предопределенное поле сегментации . включение парцелляции в анатомические структуры координаты МРТ. Пары индексируются по решетке вокселей с изображением МРТ и плотной маркировкой каждой координаты вокселя. Анатомические метки на парцеллированные структуры наносятся вручную нейроанатомами.

Проблема байесовской сегментации[10] дано измерение со средним полем и разбиением , анатомическая маркировка . должен быть оценен для измеренного изображения МРТ. Среднее поле наблюдаемой изображение моделируется как случайная деформация от одного из шаблонов , который также выбирается случайным образом, ,. Оптимальный диффеоморфизм скрыт и действует на фоновое пространство координат случайно выбранного изображения шаблона . Учитывая единственный атлас , модель правдоподобия для вывода определяется совместной вероятностью ; с несколькими атласами объединение функций правдоподобия дает многомодальную модель смеси с предварительным усреднением по моделям.

Оценщик сегментации MAP максимизатор данный , который включает смешение по всем атласам.

Количество вычисляется путем объединения вероятностей из нескольких деформируемых атласов с являющаяся априорной вероятностью того, что наблюдаемое изображение эволюционирует из определенного шаблона изображения .

Сегментацию MAP можно итеративно решить с помощью ожидание-максимизация алгоритм

Оценка MAP шаблонов объема из популяций и алгоритм EM

Создание шаблонов эмпирическим путем из популяций является фундаментальной операцией, повсеместно используемой в данной дисциплине. Для подмногообразий и плотных объемов изображений появилось несколько методов, основанных на байесовской статистике. Для случая плотных объемов изображений с учетом наблюдаемых задача состоит в том, чтобы оценить шаблон на орбите плотных изображений . Процедура Ма использует начальный гипертекст в качестве отправной точки и моделирует шаблон на орбите при неизвестном подлежащем оценке диффеоморфизме , с оцениваемыми параметрами лог-координаты определение геодезического отображения гипершаблона .

в Байесовская случайная орбитальная модель вычислительной анатомии наблюдаемые изображения МРТ моделируются как условно гауссовское случайное поле со средним полем , с случайное неизвестное преобразование шаблона. Задача оценки MAP заключается в оценке неизвестного шаблона учитывая наблюдаемые изображения МРТ.

Процедура Ма для плотных образов требует начального гипертекстового шаблона. в качестве отправной точки и моделирует шаблон на орбите при неизвестном подлежащем оценке диффеоморфизме . Наблюдаемые моделируются как условные случайные поля, а условно-гауссовский случайное поле со средним полем . Неизвестная переменная, которая должна быть явно оценена MAP, - это отображение гипер-шаблона , с другими отображениями, рассматриваемыми как мешающие или скрытые переменные, которые интегрируются с помощью процедуры Байеса. Это достигается с помощью ожидание-максимизация алгоритм.

Орбитальная модель используется путем связывания неизвестных оцениваемых потоков с их лог-координатами. через риманов геодезический журнал и экспоненциальный за вычислительная анатомия начальное векторное поле в касательном пространстве в единице, так что , с отображение гипер-шаблона. Задача оценки MAP становится

Алгоритм EM принимает в качестве полных данных координаты векторного поля, параметризующие отображение, и итеративно вычислить условное ожидание

  • Вычислить новый шаблон, максимизируя Q-функцию, установив
  • Вычислите аппроксимацию режима для ожидания обновления ожидаемых значений для значений режима:

Рекомендации

  1. ^ Christensen, G.E .; Rabbitt, R.D .; Миллер, М. (1996-02-01). «Деформируемые шаблоны с использованием кинематики больших деформаций». IEEE Transactions по обработке изображений. 5 (10): 1435–1447. Bibcode:1996ITIP .... 5.1435C. Дои:10.1109/83.536892. PMID  18290061.
  2. ^ Эшбернер, Дж. (Июль 2007 г.). «Быстрый алгоритм регистрации диффеоморфных изображений». NeuroImage. 38 (1): 95–113. Дои:10.1016 / j.neuroimage.2007.07.007. PMID  17761438.
  3. ^ Avants, B.B .; Epstein, C.L .; Гроссман, М .; Джи, Дж. К. (1 февраля 2008 г.). «Симметричная диффеоморфная регистрация изображений с кросс-корреляцией: оценка автоматизированной маркировки пожилых людей и нейродегенеративного мозга». Анализ медицинских изображений. 12 (1): 26–41. Дои:10.1016 / j.media.2007.06.004. ISSN  1361-8423. ЧВК  2276735. PMID  17659998.
  4. ^ Миллер, Майкл; Банерджи, Аянаншу; Кристенсен, Гэри; Джоши, Саранг; Ханеджа, Навин; Гренандер, Ульф; Матежич, Лариса (01.06.1997). «Статистические методы в вычислительной анатомии». Статистические методы в медицинских исследованиях. 6 (3): 267–299. Дои:10.1177/096228029700600305. PMID  9339500.
  5. ^ У. Гренандер и М. И. Миллер (2007-02-08). Теория паттернов: от представления к выводу. Oxford University Press. ISBN  9780199297061.
  6. ^ М. И. Миллер, С. Мори, Х. Тан, Д. Твард и Ю. Чжан (2015-02-14). Байесовские множественные деформируемые шаблоны атласа. Картирование мозга: энциклопедический справочник. Академическая пресса. ISBN  9780123973160.
  7. ^ Srivastava, S .; Miller, M. I .; Гренандер, У. (1 января 1997 г.). Бирнс, Кристофер I .; Datta, Biswa N .; Мартин, Клайд Ф .; Гиллиам, Дэвид С. (ред.). Эргодические алгоритмы на специальных евклидовых группах для ATR. Системы и управление: основы и приложения. Birkhäuser Boston. С. 327–350. CiteSeerX  10.1.1.44.4751. Дои:10.1007/978-1-4612-4120-1_18. ISBN  978-1-4612-8662-2.
  8. ^ а б П. Дюпюи, У. Гренандер, М.И. Миллер, Существование решений на потоках диффеоморфизмов, Quarterly of Applied Math, 1997.
  9. ^ а б Труве, А. (1995). "Действие группы бесконечного измерения и разведки форм". Comptes Rendus de l'Académie des Sciences, Série I (На французском). 321 (8): 1031–1034.
  10. ^ Тан, Сяоин; Оиси, Кеничи; Фариа, Андрей В .; Hillis, Argye E .; Альберт, Мэрилин С .; Мори, Сусуму; Миллер, Майкл И. (18.06.2013). «Байесовская оценка параметров и сегментация в модели случайных орбит мультиатласа». PLOS ONE. 8 (6): e65591. Bibcode:2013PLoSO ... 865591T. Дои:10.1371 / journal.pone.0065591. ЧВК  3688886. PMID  23824159.