Beebase - Beebase

Информацию о BeeBase, веб-сайте Национального пчеловодческого подразделения Великобритании, см. Национальный пчелиный отряд.

BeeBase это онлайн-база данных биоинформатики, которая отображает данные, связанные с Apis mellifera, европейская медоносная пчела вместе с некоторыми патогенами и другими видами. Он был разработан в сотрудничестве с Консорциум по секвенированию генома медоносной пчелы.[1]

Данные

На сайте размещена последовательность генома для Apis mellifera наряду с патогенами следующих:

Два дополнительных вида находятся в стадии анализа:

В феврале 2007 г. BeeBase состоял из GBrowser просмотрщик генома и CMap -на основе] сравнительного вьюера карт, оба модуля База данных универсальных модельных организмов (GMOD) проект. Средство просмотра генома включало треки известных генов медоносной пчелы, предсказанные наборы генов (Ensembl, NCBI, EMBL-Heidelberg), маркеры STS (карты сцепления Solignac и Hunt), теги экспрессируемых последовательностей медоносных пчел (EST), гомологи в плодовая муха, комар и другие насекомые и сменные элементы. Средство просмотра сравнительных карт медоносных пчел отображало карты связей и физическую карту (сборку генома), выделяя маркеры, общие для карт.

Будущие улучшения, запланированные для BeeBase площадь QTL просмотрщик и экспрессия гена база данных. В последовательность генома будет служить ссылкой для связи этих различных типов данных.

Биологические данные и услуги доступны на BeeBase включают:

Beebase организовала аннотацию генома пчелы в сообществе в сотрудничестве с Бэйлор Колледж медицины Человеческий геном Центр секвенирования.[2]

Рекомендации

  1. ^ а б c Сайт BeeBase - http://hymenopteragenome.org/beebase/
  2. ^ Elsik, C.G .; Worley, K. C .; Zhang, L .; Мильшина, Н. В .; Jiang, H .; Reese, J. T .; Чайлдс, К. Л .; Венкатраман, А .; Dickens, C.M .; Weinstock, G.M .; Гиббс, Р. А. (25 октября 2006 г.). «Аннотация сообщества: процедуры, протоколы и вспомогательные инструменты». Геномные исследования. 16 (11): 1329–1333. Дои:10.1101 / гр.5580606.

внешняя ссылка

Смотрите также