Биомодели - BioModels
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Репозиторий для хранения, обмена и поиска вычислительных моделей, представляющих биологический интерес. |
| Типы данных захвачен | вычислительные модели |
| Организмы | все |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | EMBL-EBI, БИ, Калтех |
| Основное цитирование | PMID 20587024 |
| Дата выхода | 2005 |
| Доступ | |
| Стандарты | МИРИАМ |
| Формат данных | SBML, BioPAX, SciLab, Октава, XPP, VCML, RDF / XML |
| Интернет сайт | EBI главный экземпляр, Caltech зеркало |
| Скачать URL | EBI FTP |
| веб-сервис URL | МЫЛО |
| Инструменты | |
| Интернет | Отображение модели, несколько стратегий просмотра, расширенный поиск, массовая загрузка, модель месяца |
| Разное | |
| Лицензия | CC0 Посвящение в общественное достояние |
| Версия | 28 (сентябрь 2014 г.) |
| Политика курирования | да (руководство) |
| Закладки сущности | да |
Биомодели это бесплатно и Открытый исходный код репозиторий для хранения, обмена и поиска количественных моделей, представляющих биологический интерес, созданный в 2006 году.[1][2][3] Все модели в курируемом разделе базы данных BioModels были описаны в рецензируемый научная литература.
Модели, хранящиеся в курируемой ветке BioModels, соответствуют требованиям МИРИАМ, стандарт курирования и аннотации моделей. Кураторы смоделировали модели, чтобы убедиться, что при запуске моделирования они дают те же результаты, что описаны в публикации. Компоненты модели снабжены аннотациями, поэтому пользователи могут легко идентифицировать каждый элемент модели и получать дополнительную информацию из других ресурсов.
Моделисты могут представить модели в SBML и CellML. Впоследствии модели можно будет скачать в SBML, VCML, XPP, SciLab, Октава, BioPAX и RDF / XML. Сети реакций моделей представлены в некоторых графических форматах, таких как PNG, SVG и графический Ява апплет, в котором некоторые сети были представлены следующими Графическая нотация системной биологии. И понятное человеку резюме каждой модели доступно в PDF.
Содержание
BioModels состоит из нескольких веток. Кураторская ветка содержит хорошо отобранные и аннотированные модели. Не курируемая ветвь предоставляет модели, которые еще не курируются, не курируются (пространственные модели, стационарные модели и т. Д.) Или слишком велики для курирования. Не курируемые модели позже могут быть перемещены в курируемую ветку. В репозитории также хранятся модели, автоматически созданные из баз данных путей.
Все модели находятся в свободном доступе под Creative Commons CC0 Посвящение в общественное достояние, и к нему можно легко получить доступ через веб-сайт или Веб-сервисы.[4] Также можно скачать архивы всех моделей с сайта EBI FTP-сервер.
Компания BioModels объявила о своем 31-м выпуске 26 июня 2017 года.[5] Сейчас публично представлены 144 710 моделей. Это соответствует 1640 моделям, опубликованным в литературе, и 143 070 моделям, автоматически созданным из ресурсов путей.
Размещение моделей в биомоделях поддерживается многими научными журналами, в том числе Молекулярная системная биология, все журналы Публичная научная библиотека, все журналы BioMed Central и все журналы, издаваемые Королевское химическое общество.
Разработка
BioModels разрабатывается командой BioModels.net в EMBL -EBI, Великобритания, лаборатория Le Novère в Институт Бабрахама, Великобритания и SBML Команда в Калтехе, США.[6]
Финансирование
BioModels Development извлекла выгоду из средств Европейская лаборатория молекулярной биологии, то Совет по исследованиям биотехнологии и биологических наук, то Инициатива по инновационным лекарствам, то Седьмая рамочная программа (FP7), то Национальный институт общих медицинских наук, то DARPA, а Национальный центр исследовательских ресурсов.
Рекомендации
- ^ Ле Новер Н., Борнштейн Б., Бройхер А., Курто М., Донизелли М., Дхарури Х., Ли Л., Сауро Х., Шилстра М., Шапиро Б., Сноуп Дж. Л., База данных биомоделей Hucka M. Бесплатная централизованная база данных тщательно отобранных опубликованных количественных кинетических моделей биохимических и клеточных систем. Nucleic Acids Research (2006), 34: D689-D691.
- ^ Ли, Чен; Донизелли, Марко; Родригес, Николас; Дхарури, Хариш; Эндлер, Лукас; Челлия, Виджаялакшми; Ли, Лу; Он, Энуо; Генри, Арно; Стефан, Мелани I; Сноуп, Джеки Л; Хука, Майкл; Ле Новер, Николя; Лайбе, Камилла (2010). «База данных BioModels: расширенный, тщательно отобранный и аннотированный ресурс для опубликованных количественных кинетических моделей». BMC Системная биология. 4 (1): 92. Дои:10.1186/1752-0509-4-92. ЧВК 2909940. PMID 20587024.
- ^ Челлия В., Джути Н., Аджмера И., Раза А., Дюмуссо М., Глонт М., Хука М., Яловицки Г., Китинг С., Найт-Шрайвер В., Льорет-Виллас А., Натараджан К. ., Петтит Ж.-Б., Родригес Н., Шуберт М., Вималаратн С., Чжоу Ю., Хермьякоб Х., Ле Новер Н., Лайбе К. Биомодели: десятилетний юбилей. Исследование нуклеиновых кислот (2015) 43 (D1): D542-D548.
- ^ Ли К., Курто М., Ле Новер Н. и Лайбе С. (2009) Веб-службы BioModels.net, бесплатный и интегрированный набор инструментов для программного обеспечения для вычислительного моделирования, Брифинги по биоинформатике, Дои:10.1093 / bib / bbp056
- ^ База данных BioModels: Hinxton, 26 июня 2017 г.
- ^ Спонсоры и сотрудники BioModels