Биономия - Bionomia

Биономия
Логотип для Bionomia.png
Доступно ванглийский
URLбиономия.сеть
КоммерческийНет
ЗапущенАвгуст 2018 г.
Текущее состояниеАктивный

Биономия (ранее Ищейка-ищейка[1]) представляет собой базу данных и инструмент ввода в базу данных, который позволяет присваивать строки имен сборщиков и систематиков, определяющих данные об образце, уникальному лицу, которое собирало или идентифицировало образец. Если человек жив, это делается через его ORCID iD, а в случае смерти через их Викиданные идентификатор. Данные об образцах, связанные с Bionomia и используемые ею, являются агрегированными GBIF данные.[2]

Этот механизм внесения вклада в образцы данных возник в результате проекта[3] инициированный Национальный музей естественной истории, Париж (MNHN) в марте 2019 г.,[4] и мотивируется (частично) «всемирной важностью коллекций естествознания, (которые) подвергаются риску, потому что они критически недофинансируются или недооцениваются. Фактором, способствующим этому явному пренебрежению, является отсутствие системы профессионального вознаграждения, которая количественно оценивает и иллюстрирует широту и глубину опыта, необходимого для сбора и идентификации образцов, их обслуживания, оцифровки их этикеток, мобилизации данных и улучшения этих данных по мере выявления заинтересованными сторонами ошибок и упущений ".[5] Это также мотивировано тем фактом, что важная работа систематиков по выявлению образцов в коллекциях по всему миру не может быть признана, и эта неудача не позволяет как учреждениям, так и систематикам.[6] В августе 2018 года была запущена Bionomia (под названием Bloodhound Tracker), представленная на Эббе Нильсен Вызов.[7]

Другие документы, которые определяют сцену, обоснование и цель Bionomia:[8][9][10][11]

Основная задача в Bionomia состоит в том, чтобы преобразовать строки имен различных коллекционеров и систематиков, которые определили вид экземпляра в уникальных человеческих существ. После этого записи об образцах растений и животных, содержащиеся в загрузках GBIF (на которые постоянно ссылаются DOI), вместе с документами, полученными из них, [12]и связаны с профилями сотрудников Bionomia. Следовательно, таксономическую работу, фундаментальную для исследования растений, можно отследить как до учреждения-держателя, так и до таксономиста, связывающего учреждение, систематика и созданную науку.

Таким образом, Bionomia, оценивая вклад таксономистов, позволяет подсчитывать их работу не только с точки зрения количества образцов, но и с точки зрения количества научных работ.

Содействие

Для атрибуции данных сбора / идентификации в Bionomia и для просмотра данных профиля сборщиков / идентификаторов, человек должен войти на сайт Bionomia через идентификатор ORCID (желательно общедоступный).

Профили коллекционеров по умолчанию являются частными, что означает, что профиль любого живого человека, внесшего свой вклад в сбор данных об образцах, GBIF нельзя увидеть, пока конкретный сборщик / идентификатор не сделает свой профиль общедоступным. Личный профиль означает, что данные коллекционера не видны и не поддаются проверке другими. (Впрочем, этому человеку можно приписать образцы.)

При нажатии «Атрибут справки» для профиля появляются записи образцов GBIF со строками, составляющими часть имени человека. Иногда из строки коллекционера / идентификатора, даты, учреждения и страны, в которой он был собран, ясно, что образец должен быть отнесен к человеку. Однако часто все данные, записанные для образца, должны быть исследованы, и также может быть достаточно фотография самого образца с достаточно высоким разрешением вместе со всеми его аннотациями за многие годы. позволяющие принять или отклонить образец как собранный этим человеком. Когда кто-то изучает образец, он находится в самой базе данных GBIF, и когда кто-то отмечает ошибку, можно сообщить о проблеме по электронной почте куратору учреждения, предоставившего данные.

Примеры

Живые люди

Например, Кевин Тиле профиль[13] on Bionomia показывает, что он определил (идентифицировал) около 11 291 ботанических образцов из как минимум 12 стран, собрал около 4797 образцов, собранных как минимум из 4 стран, и что 21 из этих образцов (идентифицированных или собранных) был использован в 10 опубликованных работах, и что по состоянию на 5 июня 2020 года осталось еще 6% образцов, которые могли или не могли быть собраны или идентифицированы им. Нажав на вкладку «Специальности»[14] показывает, что он собрал 542 Миртовые экземпляров и 459 Poaceae экз., при идентификации 3829 Dilleniaceae и 2916 Рамновые образцы. Вкладка «Депозит на»[15] показывает, что собранные им образцы распределены по 22 учреждениям.

Профиль Шелли Джеймс[16] показывает, что она определила 2836 ботанических образцов как минимум из 20 стран, собрала 3522 из 5 стран и что 4457 из идентифицированных или собранных ею образцов были использованы в 33 научных работах, а Стилианос Хатзиманолис (систематик по жукам) собрал 31 493 экземпляра. идентифицировано как минимум из 38 стран, 33 667 образцов собраны как минимум из 15 стран, 6 из которых были использованы в 3 научных работах.[17]

Ранее коллекционеры

Мэри Энн Макхард, а Западная Австралия русский пионер, собиравший для Фердинанд фон Мюллер (и чей профиль также является общедоступным)[18] Считается, что она собрала по крайней мере 2072 сохранившихся экземпляра, и они все еще вносят вклад в научные знания, а 12 из ее образцов внесли свой вклад в научную статью.[19]

Герман Беклер,[20] который собрал в Австралии между 1856 и 1862 годами, сохранил 3179 собранных им образцов, некоторые предположительно собраны в США (источник GBIF ), (тем самым демонстрируя силу этого проекта / веб-сайта в том, что ошибки транскрипции и интерпретации, сделанные в образцах базы данных, могут быть замечены и исправлены). Восемь его образцов были использованы в четырех научных публикациях.[21][22][23][24][25]

Рекомендации

  1. ^ Шортхаус, Дэвид П. (15 июня 2020 г.). "Ребрендинг". Bionomia.net. Получено 19 июн 2020.
  2. ^ «Сеть GBIF». www.gbif.org. Получено 4 июн 2020.
  3. ^ "DataPOC MHNH: UN OUTIL POUR EXPLORER LES RICHESSES DES DONNÉES PRODUITES PAR LA RECHERCHE EN SCIENCES NATURELLES". datapoc.mnhn.fr. Получено 4 июн 2020.
  4. ^ Besombes, C .; Chagnoux, S .; Иллиен, Г. (18 июня 2019 г.). «Люди коллекций: способствующие взаимодействию?». Информационная наука и стандарты биоразнообразия. 3: e35268. Дои:10.3897 / biss.3.35268. ISSN  2535-0897.
  5. ^ Шортхаус, Д. «Биономия: обоснование». bionomia.net. Получено 4 июн 2020.
  6. ^ McDade, L.A .; Мэддисон, Д.Р .; Guralnick, R .; Piwowar, H.A .; Jameson, M.L .; Helgen, K.M .; Herendeen, P.S .; Hill, A .; Vis, M.L. (2011). «Биологии нужна современная система оценки профессиональной производительности». Бионаука. 61 (8): 619–625. Дои:10.1525 / bio.2011.61.8.8. ISSN  1525-3244.
  7. ^ Шортхаус, Дэвид П. "История". bionomia.net. Получено 18 июн 2020.
  8. ^ Vos, R .; Бисерков, J .; Balech, B .; Beard, N .; Blissett, M ​​.; Brenninkmeijer, C .; van Dooren, T .; Eades, D .; Гослайн, Г .; Жених, Q .; Хаманн, Т. (16 июня 2014 г.). «Обогащенные данные о биоразнообразии как ресурс и услуга». Журнал данных о биоразнообразии. 2: e1125. Дои:10.3897 / BDJ.2.e1125. ISSN  1314-2828. ЧВК  4092319. PMID  25057255.
  9. ^ Жених, Q .; Besombes, C .; Brown, J .; Chagnoux, S .; Георгиев, Т .; Kearney, N .; Marcer, A .; Nicolson, N .; Page, R .; Phillips, S .; Райнер, Х. (13 июня 2019 г.). «Прогресс в авторитетном управлении именами людей для коллекций». Информационная наука и стандарты биоразнообразия. 3: e35074. Дои:10.3897 / biss.3.35074. ISSN  2535-0897.
  10. ^ Шортхаус, Д .; Пейдж Р. (8 августа 2019 г.). «Количественная оценка институционального охвата через человеческую сеть в коллекциях естествознания». Информационная наука и стандарты в области биоразнообразия. 3: e35243. Дои:10.3897 / biss.3.35243. ISSN  2535-0897.
  11. ^ Пейдж Р. (13 июня 2019 г.). «Викиданные и граф знаний о биоразнообразии». Информационная наука и стандарты биоразнообразия. 3: e34742. Дои:10.3897 / biss.3.34742. ISSN  2535-0897.
  12. ^ «GBIF: Ресурсы (Литература)». www.gbif.org. Получено 8 июн 2020.
  13. ^ Шортхаус, Д. (5 июня 2020 г.). "Кевин Тиле". bionomia.net. Получено 5 июн 2020.
  14. ^ Шортхаус, Д. (5 июня 2020 г.). "Кевин Тиле: Специальности". bionomia.net. Получено 5 июн 2020.
  15. ^ Шортхаус, Д. "Кевин Тиле: Депозит в". bionomia.net. Получено 5 июн 2020.
  16. ^ Шортхаус, Д. (5 июня 2020 г.). "Шелли Джеймс". bionomia.net. Получено 5 июн 2020.
  17. ^ Шортхаус, Д. (5 июня 2020 г.). "Стилианос Хатзиманолис". bionomia.net. Получено 5 июн 2020.
  18. ^ Шортхаус, Д. (5 июня 2020 г.). "Мэри Энн Макхард". bionomia.net. Получено 5 июн 2020.
  19. ^ Li, M .; He, J .; Zhao, Z .; Лю, Р .; Yao, M .; Cheng, J .; Се, Л. (9 марта 2020 г.). «Прогнозное моделирование распространения Clematis sect. Fruticella s. Str. В условиях изменения климата показывает расширение ареала во время последнего ледникового максимума». PeerJ. 8: e8729. Дои:10.7717 / peerj.8729. ISSN  2167-8359. ЧВК  7067196. PMID  32195054.
  20. ^ Шортхаус, Д. (5 июня 2020 г.). "Герман Беклер". bionomia.net. Получено 5 июн 2020.
  21. ^ Шортхаус, Д. (5 июня 2020 г.). "Герман Беклер: Цитаты". bionomia.net. Получено 5 июн 2020.
  22. ^ Adhikari, S .; Burke, I.C .; Эйгенброде, С. (26 мая 2020 г.). Фрид, Г. (ред.). «Ромашка Mayweed (Anthemis cotula L.): биология и управление - обзор нового глобального захватчика». Исследование сорняков. 60 (5): 313–322. Дои:10.1111 / wre.12426. ISSN  0043-1737.
  23. ^ Li, M .; He, J .; Zhao, Z .; Лю, Р .; Yao, M .; Cheng, J .; Се, Л. (9 марта 2020 г.). «Прогнозное моделирование распространения Clematis sect. Fruticella s. Str. В условиях изменения климата показывает расширение ареала во время последнего ледникового максимума». PeerJ. 8: e8729. Дои:10.7717 / peerj.8729. ISSN  2167-8359. ЧВК  7067196. PMID  32195054.
  24. ^ Ringelberg, J.J .; Zimmermann, N.E .; Weeks, A .; Лавин, М .; Хьюз, К.Э. (2020). Крот, А. (ред.). «Биомы как эволюционные арены: конвергенция и консерватизм в трансконтинентальном суккулентном биоме». Глобальная экология и биогеография. 29 (7): 1100–1113. Дои:10.1111 / geb.13089. ISSN  1466-822X.
  25. ^ Karger, D.N .; Кесслер, М .; Конрад, О .; Weigelt, P .; Kreft, H .; König, C .; Циммерманн, Н. (2019). Гритнес, Ж.-А. (ред.). «Почему линии деревьев ниже на островах - ответ несут климатические и биогеографические эффекты». Глобальная экология и биогеография. 28 (6): 839–850. Дои:10.1111 / geb.12897. ISSN  1466-822X.

внешняя ссылка