C5orf46 - C5orf46 - Wikipedia

C5orf46
Идентификаторы
Псевдонимы	C5orf46, SSSP1, открытая рамка считывания хромосомы 5 46
Внешние идентификаторы	MGI: 2684940 ГомолоГен: 19192 Генные карты: C5orf46
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 5 (человек)
Конец	147,906,538 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 18 (мышь)
Конец	43,792,878 бп
Генная онтология
Молекулярная функция	• молекулярная функция;
Сотовый компонент	• внеклеточная экзосома; • внеклеточная область;
Биологический процесс	• биологический процесс;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	389336
	225443
	ENSG00000178776
	ENSMUSG00000071858
	Q6UWT4
	Q3V2D2
	NM_206966
	NM_001033280
	NP_996849
	NP_001028452
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

C5orf46 ген, кодирующий белок, расположенный на хромосома 5 в людях. Он также известен как sssp1, или белок 1, секретируемый кожей и слюной. Существуют две известные изоформы у человека, причем изоформа 2 (анализируемая на этой странице) является более длинной из двух. Предполагается, что кодируемый белок имеет один трансмембранный домен, прогнозируемую молекулярную массу 9 692 Да и базальную изоэлектрическая точка из 4,67.^[5]

Ген

Изоформа X2 c5orf46, обнаруженная на минусовой цепи хромосомы 5, имеет длину 4679 нуклеотидов и 4 экзона.

Эволюция и ортологи

Ортологи C5orf46 встречаются только в Хордовые, причем самый ранний экземпляр был найден в Орниторинхус анатинус около 177 миллионов лет назад.^[6] Высококонсервативные области включают последовательность сигнального пептида, обнаруженную по направлению к N-концу белка. У людей паралогов не обнаружено.

Таблица 1: Ортологи C5orf46
Род / Вид	Общее название организма	Заказ	Регистрационный номер	Длина (аминокислоты)	Идентичность последовательности с человеком	Сходство последовательности с человеком
Homo sapiens	Человек	Приматы	XP_005268503.2	102	100	100
Пан панискус	Бонобо	Приматы	XP_003829110.1	87	98	98
Octodon degus	Дегу обыкновенный	Rodentia	XP_004631400.1	73	68	82
Mus musculus	Домовая мышь	Rodentia	NP_001028452.1	93	68	77
Urocitellus parryii	Арктический суслик	Rodentia	XP_026240295.1	92	59	72
Leptonychotes weddelli	Печать Уэдделла	Хищник	XP_006732700.1	124	78	94
Acinonyx jubatus	Гепард	Хищник	XP_026897868.1	147	76	87
Залофус калифронианус	Калифорнийский морской лев	Хищник	XP_027462230.1	84	75	86
Sorex araneus	Обыкновенная бурозубка	Eulipotyphla	XP_004618219.1	73	74	79
Vicugna pacos	Альпака	Парнокопытные	XP_006204536.1	88	73	81
Дельфинапертус левкас	Кит белуга	Парнокопытные	XP_030618631.1	88	73	81
Camelus bactrianus	Двугорбый верблюд	Парнокопытные	XP_010954370.1	83	73	79
Orcinus orca	Косатка	Парнокопытные	XP_004280428.1	88	71	83
Sus scrofa	Дикий кабан	Парнокопытные	XP_003354397.2	90	67	82
Manis javanica	Сеунда панголин	Pholidota	XP_017496222.1	155	62	79
Myotis davidii	Летучая мышь	Рукокрылые	XP_015428095.1	104	41	50
Элефантулус Эдварда	Слоновая землеройка	Macroscelidea	XP_006893786.1	76	78	80
Dasypus novemcinctus	Девятиполосный броненосец	Cingulata	XP_004447160.1	88	72	82
Vombatus urinus	Обыкновенный вомбат	Дипротодонтия	XP_027697780.1	78	45	62
Phascolarctos cinereus	Коала	Дипротодонтия	XP_020854530.1	78	44	62
Орниторинхус анатинус	Утконос	Монотремата	XP_028912384.1	80	43	61

Промоутеры

А Геноматикс Эльдорадо Поиск по базе данных промоторов предсказал один промотор для c5orf46. Этот промоутер имеет идентификационный номер GXP_123762 и идентификационный номер транскрипта GXT_22785522. Промотор расположен на минусовой цепи хромосома 5, и был предсказан диапазон от 147906451 до 147908007 нуклеотидов, что составляет 1557 нуклеотидов в длину.

Факторы транскрипции

Было предсказано, что в общей сложности 428 сайтов связывания факторов транскрипции будут расположены в пределах предсказанной промоторной последовательности. Прогнозы включали следующие факторы транскрипции:^[7]

Гомеодоменные факторы синуса окулиса (SIXF)
супрессор опухоли p53 (P53F)
Гомологи энхансера расщепленного комплекса (HESF) у позвоночных
Гистоновый ядерный фактор P (HNFP)
Факторы гомеодомена NKX (NKXH)
Гомологичный белок C / EBP (CHOP)
Факторы связывания X-box (XBBF)
Класс гомеодомена TALE, распознающий мотивы TG (TALE)
Факторы ETS1 человека и мыши (ETSF)
Связанные с SWI / SNF нуклеофосфопротеины с ДНК-связывающим мотивом RING finger (RUSH)
Факторы домена головки вилки (FKHD)
Фактор транскрипции РНК-полимеразы II B (TF2B)
Белки апоптоза, индуцированные TGF-бета (TAIP)
Факторы связывания GATA (GATA)
Ccaat / связывающий белок энхансер (CEBP)
белки, связывающие цАМФ-чувствительный элемент (CREB)
Фактор связывающего белка ТАТА позвоночных (VTBP)

Выражение

C5orf46 в значительной степени экспрессируется в слюнных железах и кожной ткани, хотя также наблюдается некоторая экспрессия в сердечной ткани, семенниках и плаценте.^[8]

Сравнение данных экспрессии микрочипов C5orf46 между здоровыми и больными псориазом.^[9]

Данные микроматрицы, измеряющие экспрессию c5orf46 у пациентов с псориазом, выявили тенденцию к низкой экспрессии у пациентов с пораженным псориазом. Образцы от пациентов с пораженным псориазом имели значительно более низкую экспрессию c5orf46 по сравнению с пациентами с непораженным псориазом и здоровыми контрольными образцами.^[9]

Протеин

Первичная структура

C5orf46 имеет длину 102 аминокислоты. Белок имеет последовательность сигнального пептида на своем N-конце. Последовательность сигнального пептида высоко консервативна в ортологах. Аминокислотная последовательность включает последовательность DDKPD, которая повторяется с участком, богатым аспартатом и лизином.

Вторичная структура

С помощью программного обеспечения для прогнозирования, включая Сервер прогнозирования вторичной структуры Чоу и Фасмана и Праби ГОР IV Прогнозный анализ, были предсказаны два альфа-спиральных сегмента.^[10]^[11]

Третичная структура

Прогностические модели, созданные Phyre2 и SWISS-Model, показали два альфа-спиральных домена с изгибом между ними.^[12]^[13]

Белковая регуляция

C5orf46 имеет несколько предполагаемых сайтов посттрансляционных модификаций и одну модификацию, идентифицированную с помощью масс-спектрометрии. Масс-спектрометрический анализ экстрактов из линии клеток рака легких NCI-H2228 идентифицировал сайт ацетилирования на K42.^[14] C5orf46 предсказал фосфорилирование сайты в T14, S52, S84 и S86.^[15] Предсказанный сумоилирование сайты присутствуют в K41, K44, K48, K54 и K57.^[16] Есть два предсказанных сайта O-GlcNAcylation, обнаруженных в S100 и S101.^[17]

Локализация

Анализ аминокислотной последовательности c5orf46 показал, что белок, вероятно, секретируется.^[18] Дальнейшие анализы последовательности предсказали, что белок имеет один трансмембранный домен с внутриклеточным N-концевым доменом.^[19]^[20]

Взаимодействия

C5orf46 будет взаимодействовать с фосфопантотеноилцистеинсинтетаза (PPCS ) и мотив трансмембранного ингибитора BAX, содержащий 6 (TMBIM6 ) методами аффинной очистки-масс-спектрометрии.^[21]

Клиническое значение

Было показано, что C5orf46 является прогностическим маркером рака почек и шейки матки, при этом высокая экспрессия связана с неблагоприятными исходами. Эти выводы были основаны на анализе экспрессии генов в Атласе патологии белков человека и результатах выживаемости 651 и 291 пациента с раком почек и шейки матки соответственно.^[22] В этих анализах было показано, что пациенты с высокой экспрессией c5orf46 после 10 лет имели на 50% меньшую выживаемость, чем пациенты с низкой экспрессией.