C8orf46 - C8orf46

Открытая рамка считывания хромосомы 8 46
Идентификаторы
СимволыC8orf46
РазновидностьЧеловек
HPRD14565
АнсамбльENSG00000169085
UniProtQ8TAG6
RefSeq (мРНК)NM_152765.3
RefSeq (белок)NP_689978.2
Место расположения8q13.1

Открытая рамка считывания хромосомы 8 46 (C8orf46) представляет собой ген, кодирующий белок, который у человека расположен вдоль передней цепи хромосомы 8.[1] Ген имеет длину примерно 58 522 пары оснований и кодирует 207 аминокислот. Обнаружено, что C8orf46 высоко экспрессируется в областях головного и спинного мозга.

Ген

Место расположения

C8orf46 обнаружен вдоль плюс-цепи хромосомы 8 (8q13.1) с геномной последовательностью, начинающейся с 66 460 003 п.н. и заканчивающейся 66 518 524 п.н.[2] Длина всего гена составляет 58 522 п.н.[2] Между C8orf46 и алкогольдегидрогеназа железа, содержащая 1 и v-myb гомологоподобный вирусный онкоген птичьего миелобластоза.[1]

Окрестности гена C8orf46 вдоль передней цепи хромосомы 8.

Гомология

Паралоги

Человеческие паралоги для C8orf46 не идентифицированы.[1]

Ортологи

Филогенетическое дерево избранных ортологов гена C8orf46. Показана предполагаемая дата расхождения.

C8orf46 встречается у всех классов позвоночных, включая млекопитающих, птиц, рыб, рептилий и земноводных.[1] В то время как C8orf46 встречается у самых разных млекопитающих, птиц и рептилий, только у одного земноводного (Xenopus tropicalis ) и две рыбы (Callorhinchus milli и Lepisosteus oculatus ), как было обнаружено, обладают геном C8orf46.[1] Самый далекий ортолог C8orf46 находится в Callorhinchus milli, который отклонился от человеческой версии гена примерно 482,9 миллиона лет назад.[3] Ген не обнаружен ни у каких растений, грибов или одноклеточных организмов.[1]

Гомологические домены

N-конец и C-конец представляют собой высококонсервативные области как для отдаленных, так и для близких ортологов. Все ортологи C8orf46 демонстрируют сохранение семейства доменов белка SH3, а также домена с неизвестной функцией (DUF4648).

мРНК

Варианты стыковки

C8orf46 не имеет альтернативных вариантов сплайсинга мРНК. Зрелая мРНК имеет длину примерно 3741 пару оснований и содержит шесть экзонов.[2]

Протеин

Общие свойства

Расположение домена неизвестной функции и сигнала ядерной локализации вдоль белка C8orf46.

Белок, кодируемый C8orf46, состоит из 207 аминокислот, что соответствует молекулярной массе 22,6 кДалл.[2] Изоэлектрическая точка белка составляет 10,42, что указывает на щелочной pH белка.[4] Белок C8orf46 действительно содержит домен с неизвестной функцией (DUF4648) и является частью Семейство доменов SH3, который, как известно, связывается с лигандами, богатыми пролином.[1] Вторичная и третичная структура этого белка малоизвестна.

Сочинение

Белок, полученный из C8orf46, считается богатым аргинин, и бедный фенилаланин по сравнению с составом среднего человеческого белка.[4] C8orf46 действительно содержит несколько областей положительно заряженных пробегов и имеет высокую концентрацию основных аминокислот.[4]

Посттрансляционные модификации

Предполагается, что C8orf46 претерпит несколько типов посттрансляционных модификаций. С высокой степенью достоверности прогнозируется, что C8orf46 подвергается гликирование лизина, О-гликозилирование, серин, треонин и тирозин фосфорилирование, суммирование и исходный метионин ацетилирование.[5]

Тип модификацииАминокислотная позицияВлияние на белок[6]
Гликирование эпсилон-аминогрупп лизинаLys33, Lys41, Lys124, Lys152. Lys153, Lys193Нарушает ферментативную функцию белка.
Начальное ацетилирование метионинаMet1Обеспечивает стабильность, сортировку и локализацию белков.
О-гликозилирование МестаSer25, Ser90, Ser97, Ser102, Ser113, Ser122, Ser126, Ser128, Ser130, Ser148, Ser194, Thr78, Thr101, Thr125, Thr134, Thr155Регулирует факторы транскрипции и трансляции.
Фосфорилирование МестаSer22, Ser25, Ser26, Ser34, Ser35, Ser97, Ser122, Ser126, Ser130, Ser194, Thr78, Thr83, Thr138, Tyr50, Tyr158, Tyr196Регулирует функцию белка, передачу сигналов клетками и ферментативные функции белка
Sumolyation МестаLys141, Lys195Играет роль в ядерно-цитозольном транспорте, действует как сайт связывания.

Субклеточное расположение

Концептуальный перевод C8orf46 отображает предполагаемые сайты пост-трансляционных модификаций.

Предполагается, что C8orf46 является ядерным белком, учитывая классический сигнал ядерной локализации, обнаруженный в аминокислотах от Lys191 до Lys193.[5] C8orf46 не содержит трансмембранных доменов или сигнальных пептидов, что позволяет предположить, что это внутриклеточный белок.[5]

Выражение

Изображение из Атласа мозга Аллена показывает области повышенной экспрессии C8orf46 в головном мозге.[7]

Показано, что C8orf46 повсеместно экспрессируется в организме. Ген экспрессируется в 13 различных типах тканей по всему телу, причем в головном, спинном мозге и нервах наблюдается повышенная экспрессия гена.[8] В частности, изокортекс и образование гиппокампа области мозга демонстрируют высокий уровень экспрессии. Помимо здоровых тканей, C8orf46 также обнаруживается при нескольких болезненных состояниях. Эти болезненные состояния включают: хондросаркома, глиома, опухоли почек, опухоли печени и опухоли половых клеток.[8] C8orf46 экспрессируется только у младенцев и взрослых.[8]

Регулирование выражения

Промоутер

В промоутер регион из C8orf46, GXP_80707, имеет длину примерно 1044 п.н.[9] Последовательность промотора начинается с 66 492 708 п.н. и заканчивается на 66 493 751 п.н.[9] Есть несколько важных факторы транскрипции которые предположительно связываются с промоторной последовательностью C8orf46. Наиболее распространенные факторы транскрипции включают: HMG-бокс-содержащий белок 1, репрессивный глюкокортикоидный рецептор, цАМФ-чувствительный связывающий белок и фактор гомео-домена Pbx-1.[9]

Клиническое значение

C8orf46 был связан с рак молочной железы в людях. Этот ген был исследован в связи с энхансером рецептора эстрогена 1 (ESR1), экспрессия которого определяет, получает ли пациентка с раком груди эндокринную терапию.[10] Предполагается, что C8orf46 имеет участки энхансера ESR1, которые становятся гиперметилированными и способствуют приобретенной эндокринной резистентности при раке груди.[10]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм "C8orf46 хромосома 8 открытая рамка считывания 46 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-25.
  2. ^ а б c d "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=C8orf46". www.genecards.org. Получено 2016-04-25.
  3. ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2016-05-09.
  4. ^ а б c "SDSC Biology Workbench".[постоянная мертвая ссылка ]
  5. ^ а б c "ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике - Главная". www.expasy.org. Получено 2016-04-25.
  6. ^ «Обзор посттрансляционной модификации». www.thermofisher.com. Получено 2016-05-09.
  7. ^ "Данные ISH :: Атлас мозга Аллена: Развитие мозга мыши" Проверять | url = ценить (помощь). Developmouse.brain-map.org. Получено 2016-05-09.
  8. ^ а б c "Профиль EST - Hs.268869". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  9. ^ а б c "Введение в Эльдорадо". www.genomatix.de. Получено 2016-05-09.
  10. ^ а б Стоун, Андрей; Зотенко, Елена; Локк, Уорик Дж .; Корби, Даррен; Миллар, Эван К. А .; Пидсли, Рут; Стирзакер, Клэр; Грэм, Питер; Трау, Мэтт (14.07.2015). «Метилирование ДНК эстроген-регулируемых энхансеров определяет эндокринную чувствительность при раке груди». Nature Communications. 6: 7758. Дои:10.1038 / ncomms8758. ЧВК  4510968. PMID  26169690.

дальнейшее чтение