Фактор транскрипции - Transcription factor

Глоссарий факторов транскрипции
  • экспрессия гена - процесс, с помощью которого информация из ген используется в синтезе функционального генного продукта, такого как белок
  • транскрипция - процесс изготовления информационная РНК (мРНК) из ДНК шаблон от РНК-полимераза
  • фактор транскрипции - белок, который связывается с ДНК и регулирует экспрессию генов, стимулируя или подавляя транскрипцию
  • транскрипционная регуляция – контролирующий скорость транскрипции гена, например, помогая или препятствуя связыванию РНК-полимеразы с ДНК
  • усиление регулирования, активация, или же повышение – увеличивать скорость транскрипции гена
  • подавление, подавление, или же подавление – снижаться скорость транскрипции гена
  • коактиватор - белок, который работает с факторами транскрипции, чтобы увеличивать скорость транскрипции гена
  • корепрессор - белок, который работает с факторами транскрипции, чтобы снижаться скорость транскрипции гена
  • элемент ответа - определенная последовательность ДНК, с которой связывается фактор транскрипции
Иллюстрация активатора

В молекулярная биология, а фактор транскрипции (TF) (или же ДНК-связывающий фактор, специфичный для последовательности) это белок который контролирует скорость транскрипция из генетический информация из ДНК к информационная РНК, путем привязки к конкретному Последовательность ДНК.[1][2] Функция TF состоит в том, чтобы регулировать - включать и выключать гены, чтобы убедиться, что они выразил в нужной клетке в нужное время и в нужном количестве на протяжении всей жизни клетки и организма. Группы TF действуют скоординированно, чтобы направлять деление клеток, рост клеток, и смерть клетки в течение жизни; клеточная миграция и организация (план тела ) во время эмбрионального развития; и периодически в ответ на сигналы извне клетки, такие как гормон. Всего в системе до 1600 ТФ. человеческий геном.[3]

ТФ работают по отдельности или с другими белками в комплексе, способствуя (как активатор ) или блокирующий (как репрессор ) набор РНК-полимераза (фермент, выполняющий транскрипция генетической информации от ДНК до РНК) к конкретным генам.[4][5][6]

Отличительной чертой ТФ является то, что они содержат как минимум один ДНК-связывающий домен (DBD), который присоединяется к определенной последовательности ДНК, смежной с генами, которые они регулируют.[7][8] TF сгруппированы в классы на основе их DBD.[9][10] Другие белки, такие как коактиваторы, ремоделиры хроматина, гистоновые ацетилтрансферазы, гистоновые деацетилазы, киназы, и метилазы также важны для регуляции генов, но не имеют ДНК-связывающих доменов и, следовательно, не являются ТФ.[11]

TF представляют интерес для медицины, потому что мутации TF могут вызывать определенные заболевания, и лекарства могут быть потенциально направлены против них.

Число

Для более полного списка см. Список факторов транскрипции человека.

Факторы транскрипции необходимы для регуляции экспрессии генов и, как следствие, обнаруживаются во всех живых организмах. Количество факторов транскрипции, обнаруженных в организме, увеличивается с размером генома, и более крупные геномы имеют тенденцию иметь больше факторов транскрипции на ген.[12]

В составе примерно 2800 белков человеческий геном которые содержат ДНК-связывающие домены, и 1600 из них предположительно действуют как факторы транскрипции,[3] хотя другие исследования показывают, что это меньшее число.[13] Таким образом, примерно 10% генов в геноме кодируют факторы транскрипции, что делает это семейство самым большим семейством белков человека. Кроме того, гены часто фланкируются несколькими сайтами связывания для разных факторов транскрипции, и для эффективной экспрессии каждого из этих генов требуется совместное действие нескольких различных факторов транскрипции (см., Например, ядерные факторы гепатоцитов ). Следовательно, комбинаторное использование подмножества примерно 2000 факторов транскрипции человека легко объясняет уникальную регуляцию каждого гена в геноме человека во время разработка.[11]

Механизм

Факторы транскрипции связываются с усилитель или же промоутер участки ДНК, прилегающие к регулируемым ими генам. В зависимости от фактора транскрипции транскрипция соседнего гена либо регулируемый вверх или вниз. Факторы транскрипции используют множество механизмов для регуляции экспрессии генов.[14] Эти механизмы включают:

  • стабилизировать или блокировать связывание РНК-полимеразы с ДНК
  • катализировать ацетилирование или деацетилирование гистон белки. Фактор транскрипции может либо делать это напрямую, либо привлекать другие белки с этой каталитической активностью. Многие факторы транскрипции используют тот или иной из двух противоположных механизмов для регуляции транскрипции:[15]
    • гистонацетилтрансфераза (HAT) активность - ацетилаты гистон белки, которые ослабляют связь ДНК с гистоны, которые делают ДНК более доступной для транскрипции, тем самым активируя транскрипцию
    • гистоновая деацетилаза (HDAC) активность - деацетилаты гистон белки, которые усиливают связь ДНК с гистонами, что делает ДНК менее доступной для транскрипции, тем самым подавляя транскрипцию
  • новобранец коактиватор или же корепрессор белки к комплексу ДНК фактора транскрипции[16]

Функция

Факторы транскрипции - одна из групп белков, которые считывают и интерпретируют генетический «план» в ДНК. Они связываются с ДНК и помогают запустить программу повышенной или пониженной транскрипции генов. Таким образом, они жизненно важны для многих важных клеточных процессов. Ниже приведены некоторые из важных функций и биологических ролей, в которых участвуют факторы транскрипции:

Базальная регуляция транскрипции

В эукариоты, важный класс факторов транскрипции, называемый общие факторы транскрипции (GTF) необходимы для транскрипции.[17][18][19] Многие из этих GTF на самом деле не связывают ДНК, а являются частью большого комплекс преинициации транскрипции который взаимодействует с РНК-полимераза напрямую. Наиболее распространенные GTF: TFIIA, TFIIB, TFIID (смотрите также Связывающий белок ТАТА ), TFIIE, ТФИИФ, и TFIIH.[20] Преинициативный комплекс связывается с промоутер области ДНК выше гена, который они регулируют.

Дифференциальное усиление транскрипции

Другие факторы транскрипции по-разному регулируют экспрессию различных генов, связываясь с усилитель области ДНК, прилегающие к регулируемым генам. Эти факторы транскрипции имеют решающее значение для того, чтобы гены экспрессировались в нужной клетке в нужное время и в нужном количестве, в зависимости от меняющихся требований организма.

Разработка

Многие факторы транскрипции в многоклеточные организмы участвуют в разработке.[21] В ответ на стимулы эти факторы транскрипции включают / выключают транскрипцию соответствующих генов, что, в свою очередь, позволяет вносить изменения в клетку. морфология или мероприятия, необходимые для определение судьбы клетки и клеточная дифференциация. В Hox семейство факторов транскрипции, например, важно для правильного формирование рисунка тела в таких разнообразных организмах, как дрозофилы для человека.[22][23] Другой пример - фактор транскрипции, кодируемый пол определяющая область Y (SRY) ген, который играет важную роль в определении пола у людей.[24]

Ответ на межклеточные сигналы

Клетки могут общаться друг с другом, высвобождая молекулы, которые производят сигнальные каскады внутри другой рецептивной клетки. Если сигнал требует повышающей или понижающей регуляции генов в клетке-реципиенте, часто факторы транскрипции будут располагаться ниже по ходу сигнального каскада.[25] Эстроген сигнализация является примером довольно короткого сигнального каскада, который включает рецептор эстрогена фактор транскрипции: эстроген секретируется такими тканями, как яичники и плацента, пересекает клеточная мембрана клетки-реципиента и связывается рецептором эстрогена в клетке цитоплазма. Затем рецептор эстрогена переходит в клетку. ядро и связывается со своим Сайты связывания ДНК, изменяя регуляцию транскрипции ассоциированных генов.[26]

Реакция на окружающую среду

Факторы транскрипции действуют не только ниже сигнальных каскадов, связанных с биологическими стимулами, но они также могут быть ниже сигнальных каскадов, участвующих в экологических стимулах. Примеры включают коэффициент теплового шока (HSF), который активирует гены, необходимые для выживания при более высоких температурах,[27] фактор, индуцируемый гипоксией (HIF), который активирует гены, необходимые для выживания клеток в среде с низким содержанием кислорода,[28] и белок, связывающий регуляторный элемент стерола (SREBP), что помогает поддерживать липид уровни в ячейке.[29]

Контроль клеточного цикла

Многие факторы транскрипции, особенно некоторые из них протоонкогены или же опухолевые супрессоры, помогите регулировать клеточный цикл и как таковой определить, насколько большой станет клетка и когда она сможет разделиться на две дочерние клетки.[30][31] Одним из примеров является Мой с онкоген, который играет важную роль в рост клеток и апоптоз.[32]

Патогенез

Факторы транскрипции также можно использовать для изменения экспрессии генов в клетке-хозяине, чтобы способствовать патогенезу. Хорошо изученным примером этого являются эффекторы, подобные активаторам транскрипции (TAL эффекторы ) секретный Ксантомонады бактерии. При введении в растения эти белки могут проникать в ядро ​​растительной клетки, связывать промоторные последовательности растений и активировать транскрипцию генов растений, которые способствуют бактериальной инфекции.[33] Эффекторы TAL содержат центральную область повтора, в которой существует простая взаимосвязь между идентичностью двух критических остатков в последовательных повторах и последовательными основаниями ДНК в целевом сайте эффектора TAL.[34][35] Это свойство, вероятно, облегчает эволюцию этих белков, чтобы лучше конкурировать с защитными механизмами клетки-хозяина.[36]

Регулирование

В биологии принято, что важные процессы имеют несколько уровней регулирования и контроля. Это также верно в отношении факторов транскрипции: факторы транскрипции не только контролируют скорость транскрипции для регулирования количества продуктов генов (РНК и белка), доступных клетке, но и сами факторы транскрипции регулируются (часто другими факторами транскрипции). Ниже приводится краткое описание некоторых способов регулирования активности факторов транскрипции:

Синтез

Факторы транскрипции (как и все белки) транскрибируются из гена на хромосоме в РНК, а затем РНК транслируется в белок. Любой из этих шагов можно регулировать, чтобы повлиять на продукцию (и, следовательно, активность) фактора транскрипции. Следствием этого является то, что факторы транскрипции могут регулировать сами себя. Например, в негативный отзыв В петле фактор транскрипции действует как собственный репрессор: если белок фактора транскрипции связывает ДНК собственного гена, он подавляет производство большего количества самого себя. Это один из механизмов поддержания низких уровней фактора транскрипции в клетке.[37]

Ядерная локализация

В эукариоты факторы транскрипции (как и большинство белков) транскрибируются в ядро но затем переводятся в ячейку цитоплазма. Многие белки, активные в ядре, содержат сигналы ядерной локализации которые направляют их к ядру. Но для многих факторов транскрипции это ключевой момент в их регуляции.[38] Важные классы факторов транскрипции, такие как некоторые ядерные рецепторы сначала должен связать лиганд находясь в цитоплазме, прежде чем они смогут переместиться в ядро.[38]

Активация

Факторы транскрипции могут быть активированы (или деактивированы) через их сигнальная область с помощью ряда механизмов, включая:

  • лиганд Связывание - связывание лиганда может не только влиять на расположение фактора транскрипции в клетке, но и связывание лиганда также может влиять на то, находится ли фактор транскрипции в активном состоянии и способен ли связывать ДНК или другие кофакторы (см., например, ядерные рецепторы ).
  • фосфорилирование[39][40] - Многие факторы транскрипции, такие как STAT белки должно быть фосфорилированный прежде, чем они смогут связать ДНК.
  • взаимодействие с другими факторами транскрипции (например, гомо- или гетеро-димеризация ) или же нормативный белки

Доступность сайта связывания ДНК

У эукариот ДНК организована с помощью гистоны на компактные частицы, называемые нуклеосомы, где последовательности примерно из 147 пар оснований ДНК составляют ~ 1,65 оборота вокруг октамеров гистоновых белков. ДНК внутри нуклеосом недоступна для многих факторов транскрипции. Некоторые факторы транскрипции, так называемые пионерские факторы все еще способны связывать свои сайты связывания ДНК с нуклеосомной ДНК. Для большинства других факторов транскрипции нуклеосома должна активно разворачиваться молекулярными моторами, такими как ремоделиры хроматина.[41] В качестве альтернативы, нуклеосома может быть частично развернута под действием температурных колебаний, обеспечивая временный доступ к сайту связывания фактора транскрипции. Во многих случаях фактор транскрипции должен конкурировать за связывание к его сайту связывания ДНК с другими факторами транскрипции и гистонами или белками негистонового хроматина.[42] Пары факторов транскрипции и других белков могут играть антагонистические роли (активатор против репрессора) в регуляции одного и того же ген.

Доступность других кофакторов / факторов транскрипции

Большинство факторов транскрипции не работают в одиночку. Многие большие семейства TF образуют сложные гомотипические или гетеротипические взаимодействия посредством димеризации.[43] Для того чтобы транскрипция гена произошла, ряд факторов транскрипции должен связываться с регуляторными последовательностями ДНК. Этот набор факторов транскрипции, в свою очередь, привлекает промежуточные белки, такие как кофакторы которые позволяют эффективно нанимать преинициативный комплекс и РНК-полимераза. Таким образом, для того, чтобы один фактор транскрипции инициировал транскрипцию, все эти другие белки также должны присутствовать, и фактор транскрипции должен находиться в состоянии, в котором он может связываться с ними при необходимости. Кофакторы - это белки, которые модулируют эффекты факторов транскрипции. Кофакторы взаимозаменяемы между промоторами конкретных генов; Белковый комплекс, занимающий промоторную ДНК, и аминокислотная последовательность кофактора определяют его пространственную конформацию. Например, некоторые стероидные рецепторы могут обмениваться кофакторами с NF-κB, который является переключателем между воспалением и клеточной дифференцировкой; таким образом, стероиды могут влиять на воспалительную реакцию и функцию определенных тканей.[44]

Взаимодействие с метилированным цитозином

Факторы транскрипции и метилированные цитозины в ДНК играют важную роль в регуляции экспрессии генов. (Метилирование цитозина в ДНК в основном происходит там, где за цитозином следует гуанин в последовательности ДНК от 5 ’к 3’, a CpG сайт.) Метилирование сайтов CpG в промоторной области гена обычно подавляет транскрипцию гена,[45] в то время как метилирование CpG в теле гена увеличивает экспрессию.[46] Ферменты TET играют центральную роль в деметилировании метилированных цитозинов. Деметилирование CpG в промоторе гена путем Фермент TET активность увеличивает транскрипцию гена.[47]

В Сайты связывания ДНК из 519 факторов транскрипции.[48] Из них 169 факторов транскрипции (33%) не имели динуклеотидов CpG в своих сайтах связывания, а 33 фактора транскрипции (6%) могли связываться с CpG-содержащим мотивом, но не проявляли предпочтения в отношении сайта связывания с метилированными или неметилированный CpG. Было 117 факторов транскрипции (23%), которым было запрещено связываться со своей связывающей последовательностью, если она содержала метилированный сайт CpG, 175 факторов транскрипции (34%) имели усиленное связывание, если их связывающая последовательность имела метилированный сайт CpG, и 25 транскрипционных факторов. факторы (5%) либо ингибировались, либо имели усиленное связывание в зависимости от того, где в связывающей последовательности был расположен метилированный CpG.

Ферменты ТЕТ не связываются специфически с метилцитозином, за исключением случаев его набора (см. Деметилирование ДНК ). Множественные факторы транскрипции, важные для дифференцировки клеток и спецификации клонов, включая NANOG, SALL4A, WT1, EBF1, PU.1, и E2A, было показано, что они вербуют Ферменты TET к конкретным геномным локусам (в первую очередь энхансерам), чтобы воздействовать на метилцитозин (mC) и преобразовывать его в гидроксиметилцитозин hmC (и в большинстве случаев маркировать их для последующего полного деметилирования до цитозина).[49] TET-опосредованное превращение mC в hmC, по-видимому, нарушает связывание 5mC-связывающих белков, включая MECP2 и MBD (Метил-CpG-связывающий домен ) белки, способствующие ремоделированию нуклеосом и связыванию факторов транскрипции, тем самым активируя транскрипцию этих генов. EGR1 это важный фактор транскрипции в объем памяти формирование. Он играет важную роль в мозг нейрон эпигенетический перепрограммирование. Фактор транскрипции EGR1 набирает TET1 белок, который инициирует путь Деметилирование ДНК.[50] EGR1 вместе с TET1 используется для программирования распределения сайтов метилирования в ДНК мозга во время развития мозга и в учусь (видеть Эпигенетика в обучении и памяти ).

Структура

Схематическая диаграмма аминокислотной последовательности (амино-конец слева и конец карбоновой кислоты справа) прототипного фактора транскрипции, который содержит (1) ДНК-связывающий домен (DBD), (2) сигнально-чувствительный домен (SSD) , и домен активации (AD). Порядок размещения и количество доменов могут различаться для разных типов факторов транскрипции. Кроме того, функции трансактивации и восприятия сигналов часто содержатся в одном домене.

Факторы транскрипции имеют модульную структуру и содержат следующие домены:[1]

  • ДНК-связывающий домен (DBD), который прикрепляется к определенным последовательностям ДНК (усилитель или же промоутер. Необходимый компонент для всех векторов. Используется для управления транскрипцией трансгена вектора промоутер последовательности), прилегающие к регулируемым генам. Последовательности ДНК, которые связывают факторы транскрипции, часто называют элементы ответа.
  • Домен активации (ОБЪЯВЛЕНИЕ), который содержит сайты связывания для других белков, таких как корегуляторы транскрипции. Эти сайты связывания часто называют функции активации (AFs), Домен трансактивации (TAD) или же Трансактивационный домен TAD но не смешивать с топологически ассоциированным доменом TAD.[51]
  • Необязательный сигнальная область (SSD) (например, лиганд-связывающий домен), который воспринимает внешние сигналы и, в ответ, передает эти сигналы остальной части транскрипционного комплекса, что приводит к повышающей или понижающей регуляции экспрессии генов. Кроме того, DBD и сигнально-чувствительные домены могут находиться на отдельных белках, которые связаны в пределах комплекса транскрипции для регулирования экспрессии генов.

ДНК-связывающий домен

Пример доменной архитектуры: Репрессор лактозы (LacI). N-концевой ДНК-связывающий домен (помечен) лак репрессор связывает свою целевую последовательность ДНК (золото) в большой бороздке, используя спираль-поворот-спираль мотив. Связывание эффекторной молекулы (зеленый) происходит в коровом домене (помечено), в домене, воспринимающем сигнал. Это запускает аллостерический ответ, опосредованный линкерной областью (помечен).
Основная статья: ДНК-связывающий домен

Часть (домен ) фактора транскрипции, связывающего ДНК, называется его ДНК-связывающим доменом. Ниже приведен частичный список некоторых основных семейств ДНК-связывающих доменов / факторов транскрипции:

СемьяИнтерПроPfamSCOP
основная спираль-петля-спираль[52]ИнтерПро: IPR001092Pfam PF00010SCOP 47460
основная лейциновая молния (bZIP )[53]ИнтерПро: IPR004827Pfam PF00170SCOP 57959
С-концевой эффекторный домен регуляторов двудольного ответаИнтерПро: IPR001789Pfam PF00072SCOP 46894
Коробка AP2 / ERF / GCCИнтерПро: IPR001471Pfam PF00847SCOP 54176
спираль-поворот-спираль[54]
гомеодоменные белки, которые кодируются гомеобокс гены, являются факторами транскрипции. Гомеодоменные белки играют решающую роль в регуляции разработка.[55][56]ИнтерПро: IPR009057Pfam PF00046SCOP 46689
лямбда репрессор -подобноИнтерПро: IPR010982SCOP 47413
SRF-подобный (фактор ответа сыворотки )ИнтерПро: IPR002100Pfam PF00319SCOP 55455
парная коробка[57]
крылатая спиральИнтерПро: IPR013196Pfam PF08279SCOP 46785
цинковые пальцы[58]
* мультидоменный Cys2Его2 цинковые пальцы[59]ИнтерПро: IPR007087Pfam PF00096SCOP 57667
* Zn2/ Cys6SCOP 57701
* Zn2/ Cys8 ядерный рецептор цинковый палецИнтерПро: IPR001628Pfam PF00105SCOP 57716

Элементы ответа

Последовательность ДНК, с которой связывается фактор транскрипции, называется сайт связывания фактора транскрипции или же элемент ответа.[60]

Факторы транскрипции взаимодействуют со своими сайтами связывания, используя комбинацию электростатический (из которых водородные связи являются частным случаем) и Силы Ван-дер-Ваальса. Из-за природы этих химических взаимодействий большинство факторов транскрипции связывают ДНК специфическим для последовательности образом. Тем не менее, не все базы в сайте связывания фактора транскрипции может фактически взаимодействовать с фактором транскрипции. Кроме того, некоторые из этих взаимодействий могут быть слабее других. Таким образом, факторы транскрипции не связывают только одну последовательность, но способны связывать подмножество близкородственных последовательностей, каждая из которых имеет разную силу взаимодействия.

Например, хотя консенсусный сайт связывания для ТАТА-связывающий белок (TBP) представляет собой TATAAAA, фактор транскрипции TBP также может связывать аналогичные последовательности, такие как TATATAT или TATATAA.

Поскольку факторы транскрипции могут связывать набор родственных последовательностей, а эти последовательности обычно короткие, потенциальные сайты связывания факторов транскрипции могут возникать случайно, если последовательность ДНК достаточно длинная. Однако маловероятно, что фактор транскрипции свяжет все совместимые последовательности в геном из клетка. Другие ограничения, такие как доступность ДНК в клетке или наличие кофакторы может также помочь определить, где на самом деле будет связываться фактор транскрипции. Таким образом, учитывая последовательность генома, все еще трудно предсказать, где фактор транскрипции действительно свяжется в живой клетке.

Однако дополнительная специфичность распознавания может быть получена посредством использования более чем одного ДНК-связывающего домена (например, тандемных DBD в одном и том же факторе транскрипции или посредством димеризации двух факторов транскрипции), которые связываются с двумя или более соседними последовательностями ДНК.

Клиническое значение

Факторы транскрипции имеют клиническое значение по крайней мере по двум причинам: (1) мутации могут быть связаны с конкретными заболеваниями, и (2) они могут быть мишенями для лекарств.

Расстройства

Из-за их важной роли в развитии, межклеточной передаче сигналов и клеточном цикле некоторые болезни человека были связаны с мутации в факторах транскрипции.[61]

Многие факторы транскрипции либо опухолевые супрессоры или же онкогены, и, таким образом, их мутации или аберрантная регуляция связаны с раком. Известно, что три группы факторов транскрипции играют важную роль при раке человека: (1) NF-kappaB и АП-1 семьи, (2) СТАТ семья и (3) стероидные рецепторы.[62]

Ниже приведены несколько наиболее изученных примеров:

УсловиеОписаниеLocus
Синдром РеттаМутации в MECP2 фактор транскрипции связаны с Синдром Ретта, нарушение психического развития.[63][64]Xq28
Сахарный диабетРедкая форма сахарный диабет называется MODY (Диабет зрелости у молодых) может быть вызван мутациями в ядерные факторы гепатоцитов (HNFs)[65] или же фактор-промотор инсулина-1 (IPF1 / Pdx1).[66]несколько
Развивающаяся вербальная диспраксияМутации в FOXP2 фактор транскрипции связаны с вербальная диспраксия, связанная с развитием, заболевание, при котором люди не могут производить точно скоординированные движения, необходимые для речи.[67]7q31
Аутоиммунные заболеванияМутации в FOXP3 фактор транскрипции вызывает редкую форму аутоиммунное заболевание называется IPEX.[68]Xp11.23-q13.3
Синдром Ли-ФраумениВызвано мутациями в супрессоре опухоли p53.[69]17p13.1
Рак молочной железыВ СТАТ семья имеет отношение к рак молочной железы.[70]несколько
Множественный ракВ HOX семьи вовлечены в различные виды рака.[71]несколько
ОстеоартрозМутация или снижение активности SOX9[72]

Возможные мишени для наркотиков

Смотрите также: Терапевтическая генная модуляция

Примерно 10% назначаемых в настоящее время лекарств напрямую нацелены на ядерный рецептор класс факторов транскрипции.[73] Примеры включают тамоксифен и бикалутамид для лечения грудь и рак простаты соответственно, и различные типы противовоспалительное средство и анаболический стероиды.[74] Кроме того, факторы транскрипции часто косвенно модулируются лекарствами через сигнальные каскады. Возможно, удастся напрямую воздействовать на другие менее изученные факторы транскрипции, такие как NF-κB с наркотиками.[75][76][77][78] Считается, что на факторы транскрипции вне семейства ядерных рецепторов труднее воздействовать малая молекула терапии, поскольку неясно, являются ли они "лекарственный" но прогресс был достигнут на Pax2[79][80] и выемка путь.[81]

Роль в эволюции

Дальнейшая информация: Эволюционная биология развития

Дупликации генов сыграли решающую роль в эволюция видов. Это особенно относится к факторам транскрипции. Как только они появляются в виде дубликатов, накопленные мутации, кодирующие одну копию, могут иметь место без негативного воздействия на регуляцию нижестоящих мишеней. Однако изменения специфичности связывания ДНК однокопии ЛИФИ Фактор транскрипции, который встречается у большинства наземных растений, был недавно выяснен. В этом отношении фактор транскрипции с одной копией может претерпевать изменение специфичности через беспорядочный промежуточный продукт без потери функции. Подобные механизмы были предложены в контексте всех альтернативных филогенетический гипотезы, а также роль факторов транскрипции в эволюции всех видов.[82][83]

Анализ

Существуют разные технологии анализа факторов транскрипции. На геномный уровень, ДНК-последовательность действий[84] и исследования базы данных обычно используются[85] Белковая версия фактора транскрипции определяется с помощью специфических антитела. Образец обнаружен на вестерн-блот. Используя анализ сдвига электрофоретической подвижности (EMSA),[86] профиль активации факторов транскрипции может быть обнаружен. А мультиплекс Подход к профилированию активации представляет собой систему микросхем TF, в которой можно параллельно обнаруживать несколько различных факторов транскрипции.

Наиболее часто используемый метод определения сайтов связывания факторов транскрипции - иммунопреципитация хроматина (ЧИП).[87] Этот метод основан на химической фиксации хроматина с помощью формальдегид с последующим соосаждением ДНК и интересующего фактора транскрипции с использованием антитело который специально нацелен на этот белок. Затем последовательности ДНК можно идентифицировать с помощью микроматрицы или высокопроизводительного секвенирования (ChIP-seq ) для определения сайтов связывания факторов транскрипции. Если антитела к интересующему белку отсутствуют, DamID может быть удобной альтернативой.[88]

Классы

Как более подробно описано ниже, факторы транскрипции можно классифицировать по их (1) механизму действия, (2) регуляторной функции или (3) гомологии последовательностей (и, следовательно, структурному сходству) в их ДНК-связывающих доменах.

Механистический

Существует два механистических класса факторов транскрипции:

  • Общие факторы транскрипции участвуют в формировании преинициативный комплекс. Наиболее распространенные сокращенно обозначаются как TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, ТФИИФ, и TFIIH. Они распространены повсеместно и взаимодействуют с основной областью промотора, окружающей сайт (сайты) начала транскрипции всех гены класса II.[89]
  • Факторы восходящей транскрипции представляют собой белки, которые связываются где-то выше сайта инициации, чтобы стимулировать или подавлять транскрипцию. Это примерно синонимы специфические факторы транскрипции, потому что они значительно различаются в зависимости от того, что последовательности распознавания присутствуют в непосредственной близости от гена.[90]
Примеры конкретных факторов транскрипции[90]
ФакторСтруктурный типПоследовательность распознаванияСвязывает как
SP1Цинковый палец5' -GGGCGG-3'Мономер
АП-1Базовая молния5'-TGA (G / C) TCA-3 'Димер
C / EBPБазовая молния5'-ATTGCGCAAT-3 'Димер
Фактор теплового удараБазовая молния5'-XGAAX-3 'Тример
ATF / CREBБазовая молния5'-TGACGTCA-3 'Димер
c-MycБазовая спираль-петля-спираль5'-CACGTG-3 'Димер
Октябрь-1Спираль-поворот-спираль5'-ATGCAAAT-3 'Мономер
NF-1Роман5'-TTGGCXXXXXGCCAA-3 'Димер
(G / C) = G или C
X = А, Т, грамм или же C

Функциональный

Факторы транскрипции были классифицированы в соответствии с их регуляторной функцией:[11]

  • Я. конститутивно активный - постоянно присутствует во всех камерах - общие факторы транскрипции, Sp1, NF1, CCAAT
  • II. условно активный - требуется активация
    • II.A развивающий (специфично для клетки) - экспрессия строго контролируется, но после экспрессии не требует дополнительной активации - GATA, HNF, PIT-1, MyoD, Myf5, Hox, Крылатая спираль
    • II.B зависимый от сигнала - требуется внешний сигнал для активации
      • II.B.1 внеклеточный лиганд (эндокринный или же паракринный ) -зависимый – ядерные рецепторы
      • II.B.2 внутриклеточный лиганд (автокринный ) -зависимый - активируется небольшими внутриклеточными молекулами - SREBP, p53, орфанные ядерные рецепторы
      • II.B.3 рецептор-зависимая клеточная мембрана - сигнальные каскады вторичных мессенджеров, приводящие к фосфорилированию фактора транскрипции
        • II.B.3.a резидентные ядерные факторы - находиться в ядре независимо от состояния активации - CREB, АП-1, Mef2
        • II.B.3.b латентные цитоплазматические факторы - неактивные формы находятся в цитоплазме, но при активации перемещаются в ядро ​​- СТАТ, R-SMAD, NF-κB, Notch, TUBBY, NFAT

Структурные

Факторы транскрипции часто классифицируют на основе сходство последовательностей и, следовательно, третичная структура их ДНК-связывающих доменов:[91][10][92][9]

  • 1 Суперкласс: основные домены
    • 1.1 Класс: Лейциновая молния факторы (bZIP )
      • 1.1.1 Семья: АП-1 (-подобные) компоненты; включает (c-Fos /с-июн )
      • 1.1.2 Семья: CREB
      • 1.1.3 Семья: C / EBP -подобные факторы
      • 1.1.4 Семейство: bZIP / PAR
      • 1.1.5 Семейство: факторы связывания G-бокса растений
      • 1.1.6 Семейство: только ZIP
    • 1.2 Класс: Факторы спирали-петли-спирали (bHLH )
      • 1.2.1 Семья: универсальные (класс А) факторы
      • 1.2.2 Семья: миогенные факторы транскрипции (MyoD )
      • 1.2.3 Семья: Ахет-Скут
      • 1.2.4 Семья: Тал / Твист / Атонал / Курица
    • 1.3 Класс: Спираль-петля-спираль / факторы лейциновой молнии (bHLH-ZIP )
      • 1.3.1 Семейство: универсальные факторы bHLH-ZIP; включает USF (USF1, USF2 ); SREBP (SREBP )
      • 1.3.2 Семья: факторы, контролирующие клеточный цикл; включает c-Myc
    • 1.4 Класс: NF-1
      • 1.4.1 Семейство: NF-1 (А, B, C, Икс )
    • 1.5 Класс: RF-X
      • 1.5.1 Семейство: RF-X (1, 2, 3, 4, 5, АНК )
    • 1.6 Класс: bHSH
  • 2 Суперкласс: цинк-координирующие ДНК-связывающие домены
  • 3 Суперкласс: Спираль-поворот-спираль
    • 3.1 Класс: Домен Homeo
      • 3.1.1 Семья: только домен Homeo; включает Ubx
      • 3.1.2 Семья: POU домен факторы; включает Октябрь
      • 3.1.3 Семья: Homeo домен с LIM регионом
      • 3.1.4 Семейство: гомео-домен плюс мотивы цинковых пальцев
    • 3.2 Класс: парная коробка
      • 3.2.1 Семья: парный плюс домашний домен
      • 3.2.2 Семья: только парный домен
    • 3.3 Класс: Головка вилки / крылатая спираль
      • 3.3.1 Семья: регуляторы развития; включает вилка
      • 3.3.2 Семейство: тканевые регуляторы
      • 3.3.3 Семья: факторы, контролирующие клеточный цикл
      • 3.3.0 Семейство: другие регуляторы
    • 3.4 Класс: Факторы теплового удара
      • 3.4.1 Семья: HSF
    • 3.5 Класс: кластеры триптофана
    • 3.6 Класс: домен TEA (фактора усиления транскрипции)
  • 4 Суперкласс: факторы бета-каркаса с контактами второстепенной канавки
  • 0 Суперкласс: другие факторы транскрипции
    • 0.1 Класс: Белки медного кулака
    • 0.2 Класс: HMGI (Y) (HMGA1 )
      • 0.2.1 Семья: HMGI (Y)
    • 0.3 Класс: Карманный домен
    • 0.4 Класс: факторы, подобные E1A
    • 0.5 Класс: факторы, связанные с AP2 / EREBP
      • 0.5.1 Семья: AP2
      • 0.5.2 Семейство: EREBP
      • 0.5.3 Надсемейство: AP2 / B3
        • 0.5.3.1 Семья: ARF
        • 0.5.3.2 Семейство: ABI
        • 0.5.3.3 Семья: РАВ

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Latchman DS (декабрь 1997 г.). «Факторы транскрипции: обзор». Международный журнал биохимии и клеточной биологии. 29 (12): 1305–12. Дои:10.1016 / S1357-2725 (97) 00085-X. ЧВК  2002184. PMID  9570129.
  2. ^ Карин М (февраль 1990 г.). «Слишком много факторов транскрипции: положительные и отрицательные взаимодействия». Новый биолог. 2 (2): 126–31. PMID  2128034.
  3. ^ а б Бабу М.М., Ласкомб Н.М., Аравинд Л., Герштейн М., Тайхманн С.А. (июнь 2004 г.). «Структура и эволюция сетей регуляции транскрипции» (PDF). Текущее мнение в структурной биологии. 14 (3): 283–91. Дои:10.1016 / j.sbi.2004.05.004. PMID  15193307.
  4. ^ Рёдер Р.Г. (сентябрь 1996 г.). «Роль общих факторов инициации в транскрипции РНК-полимеразой II». Тенденции в биохимических науках. 21 (9): 327–35. Дои:10.1016 / S0968-0004 (96) 10050-5. PMID  8870495.
  5. ^ Николов Д.Б., Берлей С.К. (январь 1997 г.). «Инициирование транскрипции РНК-полимеразы II: структурный взгляд». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 94 (1): 15–22. Bibcode:1997ПНАС ... 94 ... 15Н. Дои:10.1073 / пнас.94.1.15. ЧВК  33652. PMID  8990153.
  6. ^ Ли Т.И., Янг Р.А. (2000). «Транскрипция генов, кодирующих эукариотические белки». Ежегодный обзор генетики. 34: 77–137. Дои:10.1146 / annurev.genet.34.1.77. PMID  11092823.
  7. ^ Митчелл П.Дж., Тьянь Р. (июль 1989 г.). «Регуляция транскрипции в клетках млекопитающих с помощью последовательностей ДНК-связывающих белков». Наука. 245 (4916): 371–8. Bibcode:1989Научный ... 245..371М. Дои:10.1126 / science.2667136. PMID  2667136.
  8. ^ Пташне М, Ганн А (апрель 1997 г.). «Активация транскрипции путем набора». Природа. 386 (6625): 569–77. Bibcode:1997Натура.386..569P. Дои:10.1038 / 386569a0. PMID  9121580. S2CID  6203915.
  9. ^ а б Джин Дж, Чжан Х, Конг Л., Гао Г, Ло Дж (январь 2014 г.). «PlantTFDB 3.0: портал для функционального и эволюционного изучения факторов транскрипции растений». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с базой данных): D1182-7. Дои:10.1093 / nar / gkt1016. ЧВК  3965000. PMID  24174544.
  10. ^ а б Матис В., Кель-Маргулис О. В., Фрике Э., Либих И., Лэнд С., Барре-Дирри А., Рейтер I, Чекменев Д., Круль М., Хорнишер К., Фосс Н., Стегмайер П., Левицки-Потапов Б., Саксель Н. , Wingender E (январь 2006 г.). «TRANSFAC и его модуль TRANSCompel: регуляция транскрипционных генов у эукариот». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с базой данных): D108-10. Дои:10.1093 / нар / gkj143. ЧВК  1347505. PMID  16381825.
  11. ^ а б c Бриванлоу А.Х., Дарнелл Дж. Э. (февраль 2002 г.). «Сигнальная трансдукция и контроль экспрессии генов». Наука. 295 (5556): 813–8. Bibcode:2002Наука ... 295..813B. Дои:10.1126 / science.1066355. PMID  11823631. S2CID  14954195.
  12. ^ ван Нимвеген Э (сентябрь 2003 г.). «Законы масштабирования в функциональном содержании геномов». Тенденции в генетике. 19 (9): 479–84. arXiv:физика / 0307001. Дои:10.1016 / S0168-9525 (03) 00203-8. PMID  12957540. S2CID  15887416.
  13. ^ Список всех факторов транскрипции у человека
  14. ^ Джилл Джи (2001). «Регуляция инициации эукариотической транскрипции». Очерки биохимии. 37: 33–43. Дои:10.1042 / bse0370033. PMID  11758455.
  15. ^ Нарликар GJ, Fan HY, Kingston RE (февраль 2002 г.). «Сотрудничество между комплексами, регулирующими структуру и транскрипцию хроматина». Клетка. 108 (4): 475–87. Дои:10.1016 / S0092-8674 (02) 00654-2. PMID  11909519. S2CID  14586791.
  16. ^ Сюй Л., Гласс С.К., Розенфельд М.Г. (апрель 1999 г.). «Коактиваторные и корепрессорные комплексы в функции ядерных рецепторов». Текущее мнение в области генетики и развития. 9 (2): 140–7. Дои:10.1016 / S0959-437X (99) 80021-5. PMID  10322133.
  17. ^ Роберт О. Дж. Вайнциерль (1999). Механизмы экспрессии генов: структура, функция и эволюция базального транскрипционного аппарата. Всемирная научная издательская компания. ISBN  1-86094-126-5.
  18. ^ Риз JC (апрель 2003 г.). «Базальные факторы транскрипции». Текущее мнение в области генетики и развития. 13 (2): 114–8. Дои:10.1016 / S0959-437X (03) 00013-3. PMID  12672487.
  19. ^ Шилатифард А, Конавей Р.К., Конавей Дж. У. (2003). «Комплекс элонгации РНК-полимеразы II». Ежегодный обзор биохимии. 72: 693–715. Дои:10.1146 / annurev.biochem.72.121801.161551. PMID  12676794.
  20. ^ Томас MC, Чанг CM (2006). «Общий аппарат транскрипции и общие кофакторы». Критические обзоры в биохимии и молекулярной биологии. 41 (3): 105–78. Дои:10.1080/10409230600648736. PMID  16858867. S2CID  13073440.
  21. ^ Лобе CG (1992). Факторы транскрипции и развитие млекопитающих. Актуальные темы биологии развития. 27. С. 351–83. Дои:10.1016 / S0070-2153 (08) 60539-6. ISBN  978-0-12-153127-0. PMID  1424766.
  22. ^ Лимоны Д., МакГиннис В. (сентябрь 2006 г.). «Геномная эволюция кластеров генов Hox». Наука. 313 (5795): 1918–22. Bibcode:2006Научный ... 313.1918L. Дои:10.1126 / science.1132040. PMID  17008523. S2CID  35650754.
  23. ^ Moens CB, Selleri L (март 2006 г.). «Hox кофакторы в развитии позвоночных». Биология развития. 291 (2): 193–206. Дои:10.1016 / j.ydbio.2005.10.032. PMID  16515781.
  24. ^ Оттоленги К., Уда М., Криспони Л., Омари С., Цао А., Форабоско А., Шлессингер Д. (январь 2007 г.). «Определение и стабильность пола». BioEssays. 29 (1): 15–25. Дои:10.1002 / bies.20515. PMID  17187356. S2CID  23824870.
  25. ^ Поусон Т. (1993). «Сигнальная трансдукция - консервативный путь от мембраны к ядру». Генетика развития. 14 (5): 333–8. Дои:10.1002 / dvg.1020140502. PMID  8293575.
  26. ^ Осборн К.К., Шифф Р., Фукуа С.А., Шоу Дж. (Декабрь 2001 г.). «Рецептор эстрогена: современное понимание его активации и модуляции». Клинические исследования рака. 7 (12 Дополнение): 4338s – 4342s, обсуждение 4411s – 4412s. PMID  11916222.
  27. ^ Шамовский И., Нудлер Э. (март 2008 г.). «Новое понимание механизма активации реакции теплового шока». Клеточные и молекулярные науки о жизни. 65 (6): 855–61. Дои:10.1007 / s00018-008-7458-у. PMID  18239856. S2CID  9912334.
  28. ^ Бенизри Э., Жинувес Э., Берра Э. (апрель 2008 г.). «Магия сигнального каскада гипоксии». Клеточные и молекулярные науки о жизни. 65 (7–8): 1133–49. Дои:10.1007 / s00018-008-7472-0. PMID  18202826. S2CID  44049779.
  29. ^ Weber LW, Boll M, Stampfl A (ноябрь 2004 г.). «Поддержание гомеостаза холестерина: белки, связывающие регуляторные элементы стеролов». Всемирный журнал гастроэнтерологии. 10 (21): 3081–7. Дои:10.3748 / wjg.v10.i21.3081. ЧВК  4611246. PMID  15457548.
  30. ^ Уитон К., Атаджа П., Риабовол К. (1996). «Регуляция активности факторов транскрипции при старении клеток». Биохимия и клеточная биология. 74 (4): 523–34. Дои:10.1139 / o96-056. PMID  8960358.
  31. ^ Meyyappan M, Atadja PW, Riabowol KT (1996). «Регулирование экспрессии генов и активность связывания факторов транскрипции во время клеточного старения». Биологические сигналы. 5 (3): 130–8. Дои:10.1159/000109183. PMID  8864058.
  32. ^ Эван Дж., Харрингтон Е., Фаниди А., Лэнд Х, Амати Б., Беннет М. (август 1994 г.). «Комплексный контроль пролиферации и гибели клеток с помощью онкогена c-myc». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки. 345 (1313): 269–75. Bibcode:1994RSPTB.345..269E. Дои:10.1098 / rstb.1994.0105. PMID  7846125.
  33. ^ Бох Дж, Бонас У (2010). "Эффекторы Xanthomonas AvrBs3 типа III: открытие и функции". Ежегодный обзор фитопатологии. 48: 419–36. Дои:10.1146 / annurev-phyto-080508-081936. PMID  19400638.
  34. ^ Москоу MJ, Богданов AJ (декабрь 2009 г.). «Простой шифр управляет распознаванием ДНК эффекторами TAL». Наука. 326 (5959): 1501. Bibcode:2009Научный ... 326.1501M. Дои:10.1126 / science.1178817. PMID  19933106. S2CID  6648530.
  35. ^ Boch J, Scholze H, Schornack S, Landgraf A, Hahn S, Kay S, Lahaye T, Nickstadt A, Bonas U (декабрь 2009 г.). «Нарушение кода специфичности связывания ДНК эффекторов TAL-типа III». Наука. 326 (5959): 1509–12. Bibcode:2009Sci ... 326.1509B. Дои:10.1126 / science.1178811. PMID  19933107. S2CID  206522347.
  36. ^ Войтас Д.Ф., Джунг Дж. К. (декабрь 2009 г.). «Наука о растениях. Связывание ДНК стало проще». Наука. 326 (5959): 1491–2. Bibcode:2009Научный ... 326.1491V. Дои:10.1126 / science.1183604. PMID  20007890. S2CID  33257689.
  37. ^ Пан Г, Ли Дж, Чжоу Й, Чжэн Х, Пей Д. (август 2006 г.). «Петля отрицательной обратной связи факторов транскрипции, которая контролирует плюрипотентность и самообновление стволовых клеток». Журнал FASEB. 20 (10): 1730–2. Дои:10.1096 / fj.05-5543fje. PMID  16790525.
  38. ^ а б Whiteside ST, Goodbourn S (апрель 1993 г.). «Передача сигнала и ядерное нацеливание: регуляция активности фактора транскрипции посредством субклеточной локализации». Журнал клеточной науки. 104 (4): 949–55. PMID  8314906.
  39. ^ Боманн Д. (ноябрь 1990 г.). «Фосфорилирование фактора транскрипции: связь между сигнальной трансдукцией и регуляцией экспрессии генов». Раковые клетки. 2 (11): 337–44. PMID  2149275.
  40. ^ Вайгель Н.Л., Мур Н.Л. (октябрь 2007 г.). «Фосфорилирование стероидных рецепторов: ключевой модулятор множества функций рецепторов». Молекулярная эндокринология. 21 (10): 2311–9. Дои:10.1210 / me.2007-0101. PMID  17536004.
  41. ^ Тейф В.Б., Риппе К. (сентябрь 2009 г.). «Прогнозирование положения нуклеосом на ДНК: сочетание предпочтений внутренней последовательности и активности ремоделиров». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (17): 5641–55. Дои:10.1093 / нар / gkp610. ЧВК  2761276. PMID  19625488.
  42. ^ Тейф В.Б., Риппе К. (октябрь 2010 г.). «Статистико-механические решетчатые модели связывания белок-ДНК в хроматине». Журнал физики: конденсированное вещество. 22 (41): 414105. arXiv:1004.5514. Bibcode:2010JPCM ... 22O4105T. Дои:10.1088/0953-8984/22/41/414105. PMID  21386588. S2CID  103345.
  43. ^ Амуциас Г.Д., Робертсон Д.Л., Ван де Пер Й., Оливер С.Г. (май 2008 г.). «Выбери себе партнеров: димеризация в факторах транскрипции эукариот». Тенденции в биохимических науках. 33 (5): 220–9. Дои:10.1016 / j.tibs.2008.02.002. PMID  18406148.
  44. ^ Копленд Дж. А., Шеффилд-Мур М., Колдзич-Живанович Н., Джентри С., Лампру Дж., Цорцату-Статопулу Ф., Зумпурлис В., Урбан Р. Дж., Влахопулос С. А. (июнь 2009 г.). «Рецепторы половых стероидов в дифференцировке скелета и эпителиальной неоплазии: возможно ли тканеспецифическое вмешательство?». BioEssays. 31 (6): 629–41. Дои:10.1002 / bies.200800138. PMID  19382224. S2CID  205469320.
  45. ^ Weber M, Hellmann I, Stadler MB, Ramos L, Pääbo S, Rebhan M, Schübeler D (апрель 2007 г.). «Распространение, потенциал молчания и эволюционное влияние метилирования промоторной ДНК в геноме человека». Nat. Genet. 39 (4): 457–66. Дои:10,1038 / нг1990. PMID  17334365. S2CID  22446734.
  46. ^ Ян Х, Хан Х, Де Карвалью Д. Д., Лэй Ф. Д., Джонс ПА, Лян Г. (октябрь 2014 г.). «Метилирование тела гена может изменять экспрессию генов и является терапевтической мишенью при раке». Раковая клетка. 26 (4): 577–90. Дои:10.1016 / j.ccr.2014.07.028. ЧВК  4224113. PMID  25263941.
  47. ^ Maeder ML, Angstman JF, Richardson ME, Linder SJ, Cascio VM, Tsai SQ, Ho QH, Sander JD, Reyon D, Bernstein BE, Costello JF, Wilkinson MF, Joung JK (декабрь 2013 г.). «Целевое деметилирование ДНК и активация эндогенных генов с использованием программируемых слитых белков TALE-TET1». Nat. Биотехнология. 31 (12): 1137–42. Дои:10.1038 / nbt.2726. ЧВК  3858462. PMID  24108092.
  48. ^ Yin Y, Morgunova E, Jolma A, Kaasinen E, Sahu B, Khund-Sayeed S, Das PK, Kivioja T, Dave K, Zhong F, Nitta KR, Taipale M, Popov A, Ginno PA, Domcke S, Yan J, Шубелер Д., Винсон С., Тайпале Дж. (Май 2017 г.). «Влияние метилирования цитозина на специфичность связывания ДНК факторов транскрипции человека». Наука. 356 (6337): eaaj2239. Дои:10.1126 / science.aaj2239. PMID  28473536. S2CID  206653898.
  49. ^ Лио Си Джей, Рао А (2019). «Ферменты TET и 5hmC в адаптивных и врожденных иммунных системах». Фронт Иммунол. 10: 210. Дои:10.3389 / fimmu.2019.00210. ЧВК  6379312. PMID  30809228.
  50. ^ Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H EGR1 рекрутирует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при активности нейронов. Nat Commun. 2019 29 августа; 10 (1): 3892. DOI: 10.1038 / s41467-019-11905-3. PMID: 31467272
  51. ^ Варнмарк А., Тройтер Е., Райт А. П., Густафссон Дж. А. (октябрь 2003 г.). «Активационные функции 1 и 2 ядерных рецепторов: молекулярные стратегии транскрипционной активации». Молекулярная эндокринология. 17 (10): 1901–9. Дои:10.1210 / me.2002-0384. PMID  12893880.
  52. ^ Литтлвуд Т. Д., Эван Г. И. (1995). «Факторы транскрипции 2: спираль-петля-спираль». Белковый профиль. 2 (6): 621–702. PMID  7553065.
  53. ^ Винсон С., Мякишев М., Ачарья А., Мир А.А., Молл Дж. Р., Бонович М. (сентябрь 2002 г.). «Классификация белков B-ZIP человека на основе свойств димеризации». Молекулярная и клеточная биология. 22 (18): 6321–35. Дои:10.1128 / MCB.22.18.6321-6335.2002. ЧВК  135624. PMID  12192032.
  54. ^ Винтьенс Р., Руман М. (сентябрь 1996 г.). «Структурная классификация ДНК-связывающих доменов HTH и способы взаимодействия белок-ДНК». Журнал молекулярной биологии. 262 (2): 294–313. Дои:10.1006 / jmbi.1996.0514. PMID  8831795.
  55. ^ Геринг WJ, Affolter M, Bürglin T (1994). «Гомеодоменные белки». Ежегодный обзор биохимии. 63: 487–526. Дои:10.1146 / annurev.bi.63.070194.002415. PMID  7979246.
  56. ^ Bürglin TR, Affolter M (июнь 2016 г.). «Гомеодоменные белки: обновление». Хромосома. 125 (3): 497–521. Дои:10.1007 / s00412-015-0543-8. ЧВК  4901127. PMID  26464018.
  57. ^ Даль Э, Косеки Х, Баллинг Р. (сентябрь 1997 г.). «Гены Pax и органогенез». BioEssays. 19 (9): 755–65. Дои:10.1002 / bies.950190905. PMID  9297966. S2CID  23755557.
  58. ^ Лэйти Дж. Х., Ли Б. М., Райт ЧП (февраль 2001 г.). «Белки цинкового пальца: новое понимание структурного и функционального разнообразия». Текущее мнение в структурной биологии. 11 (1): 39–46. Дои:10.1016 / S0959-440X (00) 00167-6. PMID  11179890.
  59. ^ Вулф С.А., Неклюдова Л., Пабо КО (2000). «Распознавание ДНК белками цинкового пальца Cys2His2». Ежегодный обзор биофизики и структуры биомолекул. 29: 183–212. Дои:10.1146 / annurev.biophys.29.1.183. PMID  10940247.
  60. ^ Ван Дж.С. (март 2005 г.). «Поиск первичных мишеней регуляторов транскрипции». Клеточный цикл. 4 (3): 356–8. Дои:10.4161 / cc.4.3.1521. PMID  15711128.
  61. ^ Семенза, Грегг Л. (1999). Факторы транскрипции и болезни человека. Оксфорд [Оксфордшир]: Издательство Оксфордского университета. ISBN  978-0-19-511239-9.
  62. ^ Либерманн Т.А., Зербини Л.Ф. (февраль 2006 г.). «Нацеливание факторов транскрипции для генной терапии рака». Современная генная терапия. 6 (1): 17–33. Дои:10.2174/156652306775515501. PMID  16475943.
  63. ^ Moretti P, Zoghbi HY (июнь 2006 г.). «Дисфункция MeCP2 при синдроме Ретта и родственных расстройствах». Текущее мнение в области генетики и развития. 16 (3): 276–81. Дои:10.1016 / j.gde.2006.04.009. PMID  16647848.
  64. ^ Chadwick LH, Wade PA (апрель 2007 г.). "MeCP2 при синдроме Ретта: репрессор транскрипции или архитектурный белок хроматина?". Текущее мнение в области генетики и развития. 17 (2): 121–5. Дои:10.1016 / j.gde.2007.02.003. PMID  17317146.
  65. ^ Маэстро MA, Cardalda C, Boj SF, Luco RF, Servitja JM, Ferrer J (2007). «Определенные роли HNF1, HNF1 α и HNF4 α в регулировании развития поджелудочной железы, функции Β-клеток и роста». Различная роль HNF1beta, HNF1alpha и HNF4alpha в регуляции развития поджелудочной железы, функции и роста бета-клеток. Эндокринное развитие. 12. С. 33–45. Дои:10.1159/000109603. ISBN  978-3-8055-8385-5. PMID  17923767.
  66. ^ Аль-Куобайли Ф., Монтенарх М. (апрель 2008 г.). «Панкреатический дуоденальный гомеобокс-фактор-1 и сахарный диабет 2 типа (обзор)». Международный журнал молекулярной медицины. 21 (4): 399–404. Дои:10.3892 / ijmm.21.4.399. PMID  18360684.
  67. ^ Леннон П.А., Купер М.Л., Пайффер Д.А., Гундерсон К.Л., Патель А., Петерс С., Чунг С.В., Бачино, Калифорния (апрель 2007 г.). «Удаление 7q31.1 поддерживает участие FOXP2 в нарушении речи: клинический отчет и обзор». Американский журнал медицинской генетики. Часть А. 143A (8): 791–8. Дои:10.1002 / ajmg.a.31632. PMID  17330859. S2CID  22021740.
  68. ^ ван дер Влит HJ, Nieuwenhuis EE (2007). «IPEX в результате мутации в FOXP3». Клиническая иммунология и иммунология развития. 2007: 1–5. Дои:10.1155/2007/89017. ЧВК  2248278. PMID  18317533.
  69. ^ Ивакума Т., Лосано Г., Флорес Е.Р. (июль 2005 г.). «Синдром Ли-Фраумени: семейное дело р53». Клеточный цикл. 4 (7): 865–7. Дои:10.4161 / cc.4.7.1800. PMID  15917654.
  70. ^ "Роль и регуляция факторов транскрипции семейства Stat при раке груди человека" 2004 г.
  71. ^ «Факторы транскрипции как мишени и маркеры рака» Семинар 2007 г.
  72. ^ Говиндарадж, Каннан; Хендрикс, Ян; Lidke, Diane S .; Карпериен, Марсель; Пост, Жанин Н. (1 января 2019 г.). «Изменения в восстановлении флуоресценции после фотообесцвечивания (FRAP) как индикатор активности фактора транскрипции SOX9». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - механизмы регуляции генов. 1862 (1): 107–117. Дои:10.1016 / j.bbagrm.2018.11.001. ISSN  1874-9399. PMID  30465885.
  73. ^ Overington JP, Аль-Лазикани Б., Хопкинс А.Л. (декабрь 2006 г.). «Сколько существует мишеней для наркотиков?». Обзоры природы. Открытие наркотиков. 5 (12): 993–6. Дои:10.1038 / nrd2199. PMID  17139284. S2CID  11979420.
  74. ^ Гронемейер Х., Густафссон Я.А., Лауде В. (ноябрь 2004 г.). «Принципы модуляции надсемейства ядерных рецепторов». Обзоры природы. Открытие наркотиков. 3 (11): 950–64. Дои:10.1038 / nrd1551. PMID  15520817. S2CID  205475111.
  75. ^ Бастин С.А., Маккей И.А. (июнь 1994 г.). «Факторы транскрипции: мишени для новых дизайнерских наркотиков». Британский журнал биомедицинских наук. 51 (2): 147–57. PMID  8049612.
  76. ^ Батт Т.Р., Каратанасис СК (1995). «Факторы транскрипции как мишени для лекарств: возможности для терапевтической селективности». Экспрессия гена. 4 (6): 319–36. ЧВК  6134363. PMID  7549464.
  77. ^ Папавассилиу А.Г. (август 1998 г.). «Агенты, модулирующие транскрипционный фактор: точность и селективность в разработке лекарств». Молекулярная медицина сегодня. 4 (8): 358–66. Дои:10.1016 / С1357-4310 (98) 01303-3. PMID  9755455.
  78. ^ Гош Д., Папавассилиу А.Г. (2005). «Терапевтические средства транскрипционного фактора: дальнобойный или магнитный камень». Современная лекарственная химия. 12 (6): 691–701. Дои:10.2174/0929867053202197. PMID  15790306.
  79. ^ Гримли Э., Ляо Ц., Рангини Э., Николовска-Колеска З., Дресслер Г (2017). «Ингибирование активации транскрипции Pax2 небольшой молекулой, нацеленной на ДНК-связывающий домен». ACS Химическая биология. 12 (3): 724–734. Дои:10.1021 / acschembio.6b00782. ЧВК  5761330. PMID  28094913.
  80. ^ Гримли Э., Дресслер Г. Р. (2018). «Являются ли белки Pax потенциальными терапевтическими мишенями при заболевании почек и раке?». Kidney International. 94 (2): 259–267. Дои:10.1016 / j.kint.2018.01.025. ЧВК  6054895. PMID  29685496.
  81. ^ Moellering RE, Cornejo M, Davis TN, Del Bianco C, Aster JC, Blacklow SC, Kung AL, Gilliland DG, Verdine GL, Bradner JE (ноябрь 2009 г.). «Прямое ингибирование комплекса факторов транскрипции NOTCH». Природа. 462 (7270): 182–8. Bibcode:2009Натура 462..182М. Дои:10.1038 / природа08543. ЧВК  2951323. PMID  19907488. Сложить резюме – Ученый.
  82. ^ Sayou C, Monniaux M, Nanao MH, Moyroud E, Brockington SF, Thévenon E, Chahtane H, Warthmann N, Melkonian M, Zhang Y, Wong GK, Weigel D, Parcy F, Dumas R (февраль 2014 г.). «Беспорядочный промежуточный продукт лежит в основе эволюции специфичности связывания ДНК LEAFY». Наука. 343 (6171): 645–8. Bibcode:2014Sci ... 343..645S. Дои:10.1126 / science.1248229. PMID  24436181. S2CID  207778924.
  83. ^ Джин Дж, Хе К, Тан X, Ли З, Ур Л, Чжао Й, Ло Дж, Гао Г (июль 2015 г.). «Карта регуляторов транскрипции Arabidopsis выявляет отличительные функциональные и эволюционные особенности новых факторов транскрипции». Молекулярная биология и эволюция. 32 (7): 1767–73. Дои:10.1093 / molbev / msv058. ЧВК  4476157. PMID  25750178.
  84. ^ База данных EntrezGene
  85. ^ Грау Дж., Бен-Гал I, Пош С., Гросс I (июль 2006 г.). «VOMBAT: прогнозирование сайтов связывания факторов транскрипции с использованием байесовских деревьев переменного порядка» (PDF). Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с веб-сервером): W529-33. Дои:10.1093 / нар / gkl212. ЧВК  1538886. PMID  16845064.
  86. ^ Wenta N, Strauss H, Meyer S, Vinkemeier U (июль 2008 г.). «Фосфорилирование тирозина регулирует разделение STAT1 между различными димерными конформациями». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (27): 9238–43. Bibcode:2008PNAS..105.9238W. Дои:10.1073 / pnas.0802130105. ЧВК  2453697. PMID  18591661.
  87. ^ Фьюри Т.С. (декабрь 2012 г.). «ChIP-seq и не только: новые и улучшенные методологии для обнаружения и характеристики взаимодействий белок-ДНК». Обзоры природы. Генетика. 13 (12): 840–52. Дои:10.1038 / nrg3306. ЧВК  3591838. PMID  23090257.
  88. ^ Огхи Г. Н., Саутхолл ТД (январь 2016 г.). «Черт возьми, это хорошо! DamID-профили взаимодействия белок-ДНК». Междисциплинарные обзоры Wiley: биология развития. 5 (1): 25–37. Дои:10.1002 / wdev.205. ЧВК  4737221. PMID  26383089.
  89. ^ Орфаниды Г., Лагранж Т., Рейнберг Д. (ноябрь 1996 г.). «Общие факторы транскрипции РНК-полимеразы II». Гены и развитие. 10 (21): 2657–83. Дои:10.1101 / gad.10.21.2657. PMID  8946909.
  90. ^ а б Бор WF (2003). Медицинская физиология: клеточный и молекулярный подход. Elsevier / Saunders. С. 125–126. ISBN  1-4160-2328-3.
  91. ^ Стегмайер П., Кел А.Е., Вингендер Е. (2004). «Систематическая классификация ДНК-связывающих доменов факторов транскрипции». Геномная информатика. Международная конференция по геномной информатике. 15 (2): 276–86. PMID  15706513. Архивировано из оригинал 19 июня 2013 г.
  92. ^ «База данных ТРАНСФАК». Получено 5 августа 2007.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка