Последовательность распознавания - Recognition sequence

А последовательность распознавания это Последовательность ДНК к которому структурный мотив из ДНК-связывающий домен проявляет специфичность связывания. Последовательности распознавания палиндромы.[1]

Фактор транскрипции Sp1 например, связывает последовательности 5 '- (G / T) GGGCGG (G / A) (G / A) (C / T) -3', где (G / T) указывает, что домен будет связывать гуанин или тимин на этой позиции.

В эндонуклеаза рестрикции PstI распознает, связывает и расщепляет последовательность 5'-CTGCAG-3 '.

А последовательность распознавания отличается от сайт признания. Данная последовательность распознавания может встречаться один или несколько раз или не встречаться вообще на конкретном фрагменте ДНК. А сайт признания определяется положением сайта. Например, в следующем фрагменте последовательности ДНК есть два сайта узнавания PstI, начиная с основания 9 и 31 соответственно. Последовательность распознавания - это определенная последовательность, обычно очень короткая (менее 10 оснований). В зависимости от степени специфичности белка ДНК-связывающий белок может связываться с более чем одной конкретной последовательностью. Для PstI, который имеет специфичность одной последовательности, это 5'-CTGCAG-3 '. Это всегда одно и то же, будь то первый сайт узнавания или второй в следующей последовательности примеров. Для Sp1, который имеет множественную (16) специфичность последовательностей, как показано выше, два сайта узнавания в следующем примере фрагмента последовательности находятся в 18 и 32, а их соответствующие последовательности узнавания - это 5'-GGGGCGGAGC-3 'и 5'-TGGGCGGAAC- 3 '.

5'-AACGTTAGCTGCAGTCGGGGCGGAGCTAGGCTGCAGГААТTGGGCGGAACКТ-3 '

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Гауэрс, DM; Беллами, SR; Халфорд, С.Е. (2004). «Одна последовательность распознавания, семь рестрикционных ферментов, пять механизмов реакции». Нуклеиновые кислоты Res. 32: 3469–79. Дои:10.1093 / нар / гх685. ЧВК  443551. PMID  15226412.