Rev-ErbA бета - Rev-ErbA beta

NR1D2
Rev-ErbA beta.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыNR1D2, BD73, EAR-1R, RVR, ядерный рецептор подсемейства 1, член группы D 2, REVERBB, REVERBbeta
Внешние идентификаторыOMIM: 602304 MGI: 2449205 ГомолоГен: 3763 Генные карты: NR1D2
Расположение гена (человек)
Хромосома 3 (человек)
Chr.Хромосома 3 (человек)[1]
Хромосома 3 (человек)
Геномное расположение NR1D2
Геномное расположение NR1D2
Группа3п24.2Начинать23,945,286 бп[1]
Конец23,980,617 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE NR1D2 209750 в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

9975

353187

Ансамбль

ENSG00000174738

ENSMUSG00000021775

UniProt

Q14995
Q6NSM0

Q60674

RefSeq (мРНК)

NM_001145425
NM_005126

NM_011584

RefSeq (белок)

NP_001138897
NP_005117

NP_035714

Расположение (UCSC)Chr 3: 23.95 - 23.98 МбChr 14: 18,2 - 18,24 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Rev-ErbA бета (Rev-erbβ), также известный как NR1D2 (подсемейство ядерных рецепторов 1, группа D, член 2) представляет собой белок что у людей кодируется NR1D2 ген.[5][6]

Rev-erbβ является членом Rev-ErbA семья факторы транскрипции. Rev-erbβ, вроде Rev-erbα, принадлежит ядерный рецептор надсемейство и может модулировать экспрессия гена путем прямой привязки к их промоутеры.[7][8]

Структура

Мультяшная диаграмма лиганд-связывающего домена Rev-ErbA beta (цвет радуги, N-конец = синий, C-конец = красный) в комплексе с гем (модель, заполняющая пространство, атомы углерода = белый, азот = синий, кислород = красный, железо = пурпурный) на основе PDB: 3CQV​ кристаллографический координаты.

Rev-erbβ похож на Rev-erbα по своей структуре белка и функционирует как репрессор транскрипции. Кристаллическая структура не связанного с лигандом домена Rev-erbβ (LBD) была разрешена (см. Рисунок справа) и показывает чрезвычайно маленький карман для связывания лиганда.[9] Однако было показано, что Rev-erbβ взаимодействует с гем, что кажется важным для его функции.[10]

Структура Rev-erbβ в комплексе с гемом (см. Рисунок слева) показывает существенное движение спирали 1 (N-конец ) и 11 (C-конец ), который открывает внутри белка большой связывающий карман, способный вместить этот лиганд.[11]

Функция

Rev-erbβ участвует в контроле липидов и энергии. гомеостаз в скелетных мышцах.[12]

Rev-erbβ также является циркадный регулируемый ген; его мРНК демонстрирует ритмическую экспрессию in vivo и в синхронизированных с сывороткой культурах клеток. Однако в настоящее время неизвестно, в какой степени Rev-erbβ вносит вклад в колебания основных циркадных часов. Однако было показано, что гем подавляет экспрессию глюконеогенного гена в печени и продукцию глюкозы через родственный рецептор Rev-erbα, который опосредует репрессию гена. Следовательно, рецептор Rev-erbα обнаруживает гем и тем самым координирует клеточные часы, гомеостаз глюкозы и энергетический метаболизм.[13]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000174738 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000021775 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Дюма Б., Хардинг Х.П., Чой Х.С., Леманн К.А., Чанг М., Лазар М.А., Мур Д.Д. (август 1994 г.). «Новый сиротский член суперсемейства рецепторов ядерных гормонов, тесно связанный с Rev-Erb». Молекулярная эндокринология. 8 (8): 996–1005. Дои:10.1210 / me.8.8.996. PMID  7997240.
  6. ^ Ко Ю.С., Мур Д.Д. (апрель 1999 г.). «Связывание генов рецепторов ядерных гормонов NR1D2, THRB и RARB: свидетельство древней крупномасштабной дупликации». Геномика. 57 (2): 289–92. Дои:10.1006 / geno.1998.5683. PMID  10198169.
  7. ^ Bonnelye E, Vanacker JM, Desbiens X, Begue A, Stehelin D, Laudet V (декабрь 1994 г.). «Rev-erb beta, новый член суперсемейства ядерных рецепторов, экспрессируется в нервной системе во время развития цыплят». Рост и дифференциация клеток. 5 (12): 1357–65. PMID  7696184.
  8. ^ Джамбиаги Н., Кассия Р., Петропулос I, Часть D, Серегини С., Закин М.М., Очоа А. (декабрь 1995 г.). «Rev-erb beta 2, новая изоформа семейства Rev-erb орфанных ядерных рецепторов». Международная биохимия и молекулярная биология. 37 (6): 1091–1102. PMID  8747539.
  9. ^ Woo EJ, Jeong DG, Lim MY, Jun Kim S, Kim KJ, Yoon SM, Park BC, Ryu SE (октябрь 2007 г.). «Структурное понимание конститутивной репрессивной функции ядерного рецептора Rev-erbbeta». Журнал молекулярной биологии. 373 (3): 735–44. Дои:10.1016 / j.jmb.2007.08.037. PMID  17870090.
  10. ^ Рагурам С., Стейрук К.Р., Хуанг П., Роджерс П.М., Нози А.К., МакКлюр Д. Б., Беррис Л. Л., Хорасанизаде С., Беррис Т. П., Растинежад Ф. (декабрь 2007 г.). «Идентификация гема как лиганда орфанных ядерных рецепторов REV-ERBalpha и REV-ERBbeta». Структурная и молекулярная биология природы. 14 (12): 1207–13. Дои:10.1038 / nsmb1344. ЧВК  2743565. PMID  18037887.
  11. ^ PDB: 3CQV​; «Человеческое подсемейство ядерных рецепторов 1, группа D, член 2 в комплексе с гемом». Консорциум структурной геномики (SGC). Архивировано из оригинал на 2013-02-04. Получено 2008-08-09.; Pardee KI, Xu X, Reinking J, Schuetz A, Dong A, Liu S, Zhang R, Tiefenbach J, Lajoie G, Plotnikov AN, Botchkarev A, Krause HM, Edwards A (февраль 2009 г.). «Структурная основа ответной на газ транскрипции рецептором ядерного гормона человека REV-ERBbeta». PLOS Биология. 7 (2): e43. Дои:10.1371 / journal.pbio.1000043. ЧВК  2652392. PMID  19243223.
  12. ^ Рамакришнан С.Н., Лау П., Берк Л.Дж., Маскат Г.Е. (март 2005 г.). «Rev-erbbeta регулирует экспрессию генов, участвующих в абсорбции липидов в клетках скелетных мышц: доказательства перекрестного взаимодействия между орфанными ядерными рецепторами и миокинами». Журнал биологической химии. 280 (10): 8651–9. Дои:10.1074 / jbc.M413949200. PMID  15623503.
  13. ^ Инь Л., Ву Н., Куртин Дж. К., Катанани М., Сцверголд Н. Р., Рид Р. А., Вайтт Г. М., Паркс ди-джей, Пирс К. Х., Мудрый Великобритания, Лазар М. А. (декабрь 2007 г.). «Rev-erbα, гемовый сенсор, координирующий метаболические и циркадные процессы». Наука. 318 (5857): 1786–9. Bibcode:2007Научный ... 318.1786Y. Дои:10.1126 / наука.1150179. PMID  18006707. S2CID  84073753.

дальнейшее чтение

  • Рамакришнан С.Н., Лау П., Кроутер Л.М., Клисби М.Э., Миллард С., Леонг Г.М., Куни Дж. Дж., Маскат Дж. Э. (октябрь 2009 г.). «Rev-erb beta регулирует промотор Srebp-1c и экспрессию мРНК в клетках скелетных мышц». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 388 (4): 654–9. Дои:10.1016 / j.bbrc.2009.08.045. PMID  19682428.

внешняя ссылка