SATB2 - SATB2

SATB2
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1WI3, 1WIZ, 2CSF
Идентификаторы
Псевдонимы	SATB2, GLSS, SATB homeobox 2
Внешние идентификаторы	OMIM: 608148 MGI: 2679336 ГомолоГен: 32249 Генные карты: SATB2
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 2 (человек)[1] Группа 2q33.1 Начинать 199,269,500 бп[1] Конец 199,471,266 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 1 (мышь)[2] Группа 1 | 1 C1.3 Начинать 56,793,981 бп[2] Конец 56,978,650 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • последовательное связывание ДНК • Связывание ДНК • связывание хроматина • GO: 0001948 связывание с белками • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Активность ДНК-связывающего активатора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • Связывание ДНК, специфичное для последовательности регуляторной области РНК-полимеразы II • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II Сотовый компонент • гистондеацетилазный комплекс • комплекс регуляторов транскрипции • ядерная матрица • ядро клетки • нуклеоплазма Биологический процесс • привязанность нейрональной клетки к определенному типу нейрона в переднем мозге • морфогенез эмбриональной скелетной системы • клеточный ответ на органическое вещество • ремоделирование хроматина • развитие неба • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • спецификация эмбрионального паттерна • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • миграция нейронов • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция, ДНК-шаблон • развитие многоклеточного организма • развитие хряща • регуляция экспрессии генов • развитие остеобластов • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • организация хроматина Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	23314	212712
Ансамбль	ENSG00000119042	ENSMUSG00000038331
UniProt	Q9UPW6	Q8VI24
RefSeq (мРНК)	NM_001172509 NM_001172517 NM_015265	NM_139146 NM_001358580 NM_001358581
RefSeq (белок)	NP_001165980 NP_001165988 NP_056080	NP_631885 NP_001345509 NP_001345510
Расположение (UCSC)	Chr 2: 199,27 - 199,47 Мб	Chr 1: 56.79 - 56.98 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Специальный АТ-богатый связывающий последовательность белок 2 (SATB2) также известный как ДНК-связывающий белок SATB2 это белок что у людей кодируется SATB2 ген.^[5] SATB2 - это ДНК-связывающий белок что конкретно связывает ядерная матрица области прикрепления и участвует в транскрипционная регуляция и ремоделирование хроматина.^[6] SATB2 показывает ограниченный способ выражения [1] и экспрессируется в определенных ядрах клеток [2]. Белок SATB2 в основном экспрессируется в эпителиальных клетках толстой и прямой кишки, а затем в ядрах нейронов головного мозга.^[7]

Функция

При средней распространенности во всем мире 1/800 живорожденных расщелины ротовой полости являются одним из наиболее распространенных врожденных дефектов.^[8] Хотя более 300 синдромов пороков развития могут включать расщелину ротовой полости, несиндромальные формы составляют около 70% случаев заячья губа с или без волчья пасть (CL / P) и примерно в 50% случаев только с волчьей пастью (CP). Несиндромальные расщелины ротовой полости считаются «сложными» или «многофакторными» в том смысле, что в этиологию влияют как гены, так и факторы окружающей среды. Текущие исследования показывают, что несколько генов могут контролировать риск, а также факторы окружающей среды, такие как материнское курение.^[9]

Исследования повторного секвенирования для выявления специфических мутаций предполагают, что несколько разных генов могут контролировать риск развития щелей полости рта, и было обнаружено множество различных вариантов или мутаций в очевидно причинных генах, отражающих высокую степень аллельной гетерогенности. Хотя большинство этих мутаций чрезвычайно редки и часто демонстрируют неполную пенетрантность (т.е. здоровый родитель или другой родственник также может нести мутацию), в совокупности они могут составлять до 5% несиндромальных оральных щелей.^[9]

Было обнаружено, что мутации в гене SATB2 вызывают изолированную волчью пасть.^[10] SATB2 также, вероятно, влияет на развитие мозга. Это согласуется с исследованиями на мышах, которые показывают, что SATB2 необходим для правильного установления кортикальных нейронных связей через мозолистое тело, несмотря на внешне нормальное мозолистое тело у гетерозиготных нокаутные мыши.^[11]

Структура

SATB2 - это 733 аминокислоты гомеодомен -содержащий человеческий белок с молекулярной массой 82,5 кДа, кодируемый SATB2 ген на 2q33. Белок содержит две области вырожденного гомеодомена, известные как CUT домены (аминокислоты 352–437 и 482–560) и классический гомеодомен (аминокислота 614–677). Существует чрезвычайно высокая степень консервативности последовательности: только три предсказанные аминокислотные замены в белке из 733 остатков, при этом I481V, A590T и I730T представляют собой аминокислотные различия между человеческим и мышиным белками.

Клиническое значение

Считается, что SATB2 является причиной расщелины или верхнего неба у людей с синдромом микроделеции 2q32q33.^[11]

SATB2 был обнаружен нарушенный в двух несвязанных случаях с de novo очевидно сбалансированный хромосомные транслокации связана с волчья пасть и Последовательность Пьера Робена.^[12]

Роль SATB2 в развитии зубов и челюстей подтверждается идентификацией de novo Мутация SATB2 у мужчины с глубокой интеллектуальной недостаточностью и аномалиями челюсти и зубов, а также транслокация, прерывающая SATB2 у человека с последовательностью Робина. Кроме того, мышиные модели продемонстрировали гаплонедостаточность SATB2, приводящую к черепно-лицевым дефектам, которые фенокопируют дефекты, вызванные делецией 2q32q33 у людей; более того, полная функциональная потеря SATB2 усиливает эти дефекты.^[11]

Экспрессия SATB2 высокоспецифична для рака нижних Желудочно-кишечный тракт и был вовлечен как биомаркер рака за колоректальный рак.^[13][14]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000119042 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038331 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Кикуно Р., Нагасе Т., Исикава К., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О. (июнь 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XIV. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК исследования. 6 (3): 197–205. Дои:10.1093 / днарес / 6.3.197. PMID  10470851.
6. "Entrez Gene: SATB homeobox 2".
7. Улен, Матиас; Фагерберг, Линн; Hallström, Björn M .; Линдског, Сесилия; Оксволд, Пер; Мардиноглу, Адиль; Сивертссон, Аса; Кампф, Кэролайн; Шёстедт, Эвелина (23 января 2015 г.). «Тканевая карта протеома человека». Наука. 347 (6220): 1260419. Дои:10.1126 / science.1260419. ISSN  0036-8075. PMID  25613900. S2CID  802377.
8. Jugessur A, Shi M, Gjessing HK, Lie RT, Wilcox AJ, Weinberg CR, Christensen K, Boyles AL, Daack-Hirsch S, Nguyen TT, Christiansen L, Lidral AC, Murray JC (2010). «Материнские гены и лицевые расщелины у потомства: всесторонний поиск генетических ассоциаций в двух популяционных исследованиях расщелин в Скандинавии». PLOS ONE. 5 (7): e11493. Bibcode:2010PLoSO ... 511493J. Дои:10.1371 / journal.pone.0011493. ЧВК  2901336. PMID  20634891.
9. Beaty TH, Hetmanski JB, Fallin MD, Park JW, Sull JW, McIntosh I, Liang KY, Vanderkolk CA, Redett RJ, Boyadjiev SA, Jabs EW, Chong SS, Cheah FS, Wu-Chou YH, Chen PK, Chiu YF, Йео В., Нг И.С., Ченг Дж., Хуанг С., Е Икс, Ван Х, Ингерсолл Р., Скотт А.Ф. (ноябрь 2006 г.). «Анализ генов-кандидатов на хромосоме 2 в трио родителей-родителей из трех популяций». Генетика человека. 120 (4): 501–18. Дои:10.1007 / s00439-006-0235-9. PMID  16953426. S2CID  7836461.
10. Диксон MJ, Marazita ML, Beaty TH, Murray JC (март 2011 г.). «Расщелина губы и неба: понимание генетических влияний и факторов окружающей среды». Обзоры природы. Генетика. 12 (3): 167–78. Дои:10.1038 / nrg2933. ЧВК  3086810. PMID  21331089.
11. Розенфельд Дж. А., Баллиф BC, Лукас А., Спенс Э. Дж., Пауэлл С., Эйлсворт А. С., Торчиа Б. А., Шаффер Л. Г. (2009). «Небольшие делеции SATB2 вызывают некоторые клинические признаки синдрома микроделеции 2q33.1». PLOS ONE. 4 (8): e6568. Bibcode:2009PLoSO ... 4.6568R. Дои:10.1371 / journal.pone.0006568. ЧВК  2719055. PMID  19668335.
12. ФитцПатрик Д.Р., Карр И.М., Макларен Л., Лик Дж. П., Уайтман П., Уильямсон К., Готье П., Макгилл Н., Хейворд К., Ферт Н., Маркхэм А.Ф., Фантес Дж. А., Бонтрон Д. Т. (октябрь 2003 г.). «Идентификация SATB2 как гена волчьей пасти на 2q32-q33». Молекулярная генетика человека. 12 (19): 2491–501. Дои:10.1093 / hmg / ddg248. PMID  12915443.
13. Магнуссон, Кристина; Остроумие, Мейке де; Бреннан, Донал Дж .; Джонсон, Луи Б .; Макги, Шэрон Ф .; Лундберг, Эмма; Найкер, Кирша; Klinger, Rut; Кампф, Кэролайн (2011). «SATB2 в сочетании с Cytokeratin 20 выявляет более 95% всех колоректальных карцином». Американский журнал хирургической патологии. 35 (7): 937–948. Дои:10.1097 / pas.0b013e31821c3dae. PMID  21677534. S2CID  33883685.
14. Драгомир, Анка; де Вит, Мейке; Йоханссон, Кристина; Улен, Матиас; Понтен, Фредрик (01.05.2014). «Роль SATB2 как диагностического маркера опухолей колоректального происхождения - результаты клинического проспективного исследования на основе патологии». Американский журнал клинической патологии. 141 (5): 630–638. Дои:10.1309 / ajcpww2urz9jkqju. ISSN  0002-9173. PMID  24713733.

дальнейшее чтение

• Добрева Г., Дамбахер Дж, Гроссчедл Р. (декабрь 2003 г.). «Модификация SUMO нового MAR-связывающего белка, SATB2, модулирует экспрессию гена иммуноглобулина mu». Гены и развитие. 17 (24): 3048–61. Дои:10.1101 / гад.1153003. ЧВК  305257. PMID  14701874.
• Добрева Г., Чахрур М., Даутценберг М., Чиривелла Л., Канцлер Б., Фариньяс И., Карсенти Г., Гроссчедль Р. (июнь 2006 г.). «SATB2 - это многофункциональный фактор, определяющий формирование черепно-лицевого паттерна и дифференцировку остеобластов». Клетка. 125 (5): 971–86. Дои:10.1016 / j.cell.2006.05.012. PMID  16751105. S2CID  2882724.
• Алькамо Э.А., Чиривелла Л., Даутценберг М., Добрева Г., Фариньяс И., Гроссчедль Р., МакКоннелл С.К. (февраль 2008 г.). «Satb2 регулирует идентичность нейронов каллозальной проекции в развивающейся коре головного мозга». Нейрон. 57 (3): 364–77. Дои:10.1016 / j.neuron.2007.12.012. PMID  18255030. S2CID  6716396.
• Beaty TH, Hetmanski JB, Fallin MD, Park JW, Sull JW, McIntosh I, Liang KY, Vanderkolk CA, Redett RJ, Boyadjiev SA, Jabs EW, Chong SS, Cheah FS, Wu-Chou YH, Chen PK, Chiu YF, Йео В., Нг И.С., Ченг Дж., Хуанг С., Е Икс, Ван Х, Ингерсолл Р., Скотт А.Ф. (ноябрь 2006 г.). «Анализ генов-кандидатов на хромосоме 2 в трио родителей-родителей из трех популяций». Генетика человека. 120 (4): 501–18. Дои:10.1007 / s00439-006-0235-9. PMID  16953426. S2CID  7836461.
• Мачадо Р.Д., Паучуло М.В., Фретвелл Н., Телятина С., Томсон Дж. Р., Вилариньо Гуэль С., Олдред М., Браннон К.А., Трембат Р.С., Николс В.К. (сентябрь 2000 г.). «Физическая карта и карта транскриптов, основанная на уточнении критического интервала для PPH1, гена семейной первичной легочной гипертензии. Международный консорциум PPH». Геномика. 68 (2): 220–8. Дои:10.1006 / geno.2000.6291. PMID  10964520.
• Jugessur A, Shi M, Gjessing HK, Lie RT, Wilcox AJ, Weinberg CR, Christensen K, Boyles AL, Daack-Hirsch S, Nguyen TT, Christiansen L, Lidral AC, Murray JC (2010). «Материнские гены и лицевые расщелины у потомства: всесторонний поиск генетических ассоциаций в двух популяционных исследованиях расщелин в Скандинавии». PLOS ONE. 5 (7): e11493. Bibcode:2010PLoSO ... 511493J. Дои:10.1371 / journal.pone.0011493. ЧВК  2901336. PMID  20634891.
• Картер Т.К., Моллой А.М., Пангилинан Ф., Трэндл Дж.Ф., Кирк П.Н., Конли М.Р., Орр ДиДжей, Эрли М., Маккирнан Э., Линн Е.К., Дойл А., Скотт Дж. М., Броди Л.С., Миллс Дж. «Тестирование сообщило об ассоциациях генетических факторов риска расщелины ротовой полости в большом ирландском исследуемом населении». Исследование врожденных дефектов. Часть A, Клиническая и молекулярная тератология. 88 (2): 84–93. Дои:10.1002 / bdra.20639. ЧВК  3503531. PMID  19937600.
• Розенфельд Дж. А., Баллиф BC, Лукас А., Спенс Э. Дж., Пауэлл С., Эйлсворт А. С., Торчиа Б. А., Шаффер Л. Г. (2009). «Небольшие делеции SATB2 вызывают некоторые клинические признаки синдрома микроделеции 2q33.1». PLOS ONE. 4 (8): e6568. Bibcode:2009PLoSO ... 4.6568R. Дои:10.1371 / journal.pone.0006568. ЧВК  2719055. PMID  19668335.
• Виейра А.Р., Авила-младший, Даак-Хирш С., Драган Е., Феликс TM, Рахимов Ф., Харрингтон Дж., Шульц Р. Р., Ватанабе И., Джонсон М., Фанг Дж., О'Брайен С. Е., Ориоли И. М., Кастилья Е. Е., Фитцпатрик Д. Р., Цзян Р., Маразита М.Л., Мюррей Дж. К. (декабрь 2005 г.). «Медицинское секвенирование генов-кандидатов несиндромной расщелины губы и неба». PLOS Genetics. 1 (6): e64. Дои:10.1371 / journal.pgen.0010064. ЧВК  1298935. PMID  16327884.

внешняя ссылка

• SATB2 расположение человеческого гена в Браузер генома UCSC.
• SATB2 детали человеческого гена в Браузер генома UCSC.

Реестр дел SATB2 http://satb2gene.com

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.